PDB-9fuh: CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED WILD TYPE THREE-DOMAIN HEME-CU NITRI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fuh

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED WILD TYPE THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / REDOX REACTIONS / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia pickettii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of haem three-domain copper nitrite reductase mutants from Ralstonia pickettii
著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fuh.cif.gz	477 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fuh.ent.gz	317.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fuh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fuh_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fuh_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9fuh_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	9fuh_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fuh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qq2C 8qgfC 9fuiC 9fukC 3ziy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
148 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.842, 127.842, 86.337
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1226- HOH
2	1	A-1233- HOH
3	1	A-1278- HOH
4	1	A-1287- HOH
5	1	A-1306- HOH

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 48615.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア) 遺伝子: nirK, D7S62_04310 / プラスミド: PET-26 / 詳細 (発現宿主): PET-26_RpNiR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NAW4, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→37.685 Å / Num. obs: 177553 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 9.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.17→1.19 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 8766 / CC_1/2: 0.354 / R_pim(I) all: 0.836 / R_rim(I) all: 1.846 / Χ²: 0.94 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.17→37.685 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.982 / WR_factor R_free: 0.135 / WR_factor R_work: 0.111 / SU B: 1.298 / SU ML: 0.024 / Average fsc free: 0.9754 / Average fsc work: 0.9811 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1461	8797	4.957 %	RANDOM
R_work	0.1217	168663	-	-
all	0.123	-	-	-
obs	-	177460	99.944 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.971 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.118 Å²	0.059 Å²	-0 Å²
2-	-	0.118 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.384 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→37.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3423	0	50	711	4184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.883	1.841	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.69	1.753	8305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.016	5	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.068	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.725	10	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.202	10	163
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	735
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.212	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.838	1.354	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.816	1.354	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.209	2.443	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.216	2.444	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.157	1.575	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.148	1.573	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.583	2.792	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.577	2.789	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.016	22.712	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.712	17.085	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.963	3	7398

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.17-1.2	0.295	697	0.281	12480	0.282	13198	0.943	0.947	99.8409	0.281
1.2-1.233	0.273	628	0.262	12145	0.263	12792	0.951	0.954	99.8515	0.26
1.233-1.269	0.277	574	0.25	11726	0.251	12311	0.951	0.961	99.9106	0.244
1.269-1.308	0.248	655	0.223	11466	0.225	12131	0.961	0.969	99.9176	0.215
1.308-1.351	0.224	555	0.197	11175	0.199	11741	0.97	0.976	99.9063	0.185
1.351-1.398	0.214	590	0.181	10717	0.183	11316	0.972	0.98	99.9205	0.167
1.398-1.451	0.203	569	0.158	10375	0.16	10949	0.977	0.985	99.9543	0.143
1.451-1.51	0.168	501	0.13	10014	0.132	10521	0.982	0.989	99.943	0.114
1.51-1.577	0.147	467	0.108	9589	0.11	10057	0.987	0.993	99.9901	0.095
1.577-1.654	0.123	466	0.095	9205	0.096	9672	0.99	0.995	99.9897	0.083
1.654-1.743	0.112	411	0.083	8736	0.084	9148	0.992	0.996	99.9891	0.073
1.743-1.849	0.119	423	0.083	8277	0.085	8700	0.992	0.996	100	0.076
1.849-1.976	0.12	395	0.086	7766	0.088	8161	0.992	0.996	100	0.081
1.976-2.134	0.118	356	0.091	7215	0.093	7571	0.993	0.996	100	0.088
2.134-2.337	0.116	346	0.085	6653	0.086	6999	0.992	0.996	100	0.082
2.337-2.611	0.109	338	0.084	5969	0.085	6307	0.992	0.996	100	0.083
2.611-3.013	0.121	299	0.097	5278	0.099	5577	0.99	0.994	100	0.099
3.013-3.684	0.111	244	0.101	4462	0.101	4706	0.992	0.994	100	0.105
3.684-5.185	0.128	168	0.118	3487	0.119	3655	0.991	0.994	100	0.127
5.185-37.685	0.182	115	0.186	1928	0.186	2043	0.984	0.986	100	0.198

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関連情報:EMDBヘッダ

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