PDB-9ftr: Drosophila golgi alpha-mannosidase II (dGMII) in complex with ami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ftr

タイトル

Drosophila golgi alpha-mannosidase II (dGMII) in complex with amide modified swainsonine-configured alkyl indolizidine

要素

Alpha-mannosidase 2

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / glycosyl hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase / mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase activity / rhodopsin biosynthetic process / encapsulation of foreign target / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / mannosidase activity / alpha-mannosidase activity / N-glycan processing / mannose metabolic process / Golgi stack ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Bennett, M. / Koemans, T. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2024
タイトル: Structure-guided design of C3-branched swainsonine as potent and selective human Golgi alpha-mannosidase (GMII) inhibitor.
著者: Koemans, T. / Bennett, M. / Ferraz, M.J. / Armstrong, Z. / Artola, M. / Aerts, J.M.F.G. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2024年6月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ftr.cif.gz	235.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ftr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ftr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ftr_validation.pdf.gz	767.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ftr_full_validation.pdf.gz	781.4 KB	表示
XML形式データ	9ftr_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	9ftr_validation.cif.gz	62.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ftqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (12) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-mannosidase 2

ヘテロ分子

120 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.113, 91.939, 133.241
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-mannosidase 2 / Golgi alpha-mannosidase II / Man II / Golgi alpha-mannosidase IIa / Mannosyl-oligosaccharide 1 / 3- ...Golgi alpha-mannosidase II / Man II / Golgi alpha-mannosidase IIa / Mannosyl-oligosaccharide 1 / 3-1 / 6-alpha-mannosidase 分子量: 118208.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: alpha-Man-IIa, GmII, CG18802 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q24451, mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-A1IGB / amide modified swainsonine-configured alkyl indolizidine / (1S,2R,3S,8R,8aR)-1,2,8-tris(oxidanyl)-N-pentyl-2,3,4,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-indolizin-4-ium-3-carboxamide 分子量: 287.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₇N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM succinate pH 7.0 and 6-12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→57.681 Å / Num. obs: 61056 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4448 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.352 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.14→57.681 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 7.499 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	1578	2.585 %
R_work	0.1794	59478	-
all	0.181	-	-
obs	-	61056	99.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.64 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.729 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.911 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→57.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7902	0	107	309	8318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	8233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.58	1.826	11155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.349	5	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.114	5	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.391	10	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.212	10	385
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.183	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	6369
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	5412
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.517	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.68	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.062	3.71	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.4	6.651	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.308	3.721	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.048	6.728	6165
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.926	37.823	12303

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.14-2.196	0.305	129	0.272	4313	0.273	4442	0.926	0.94	100	0.26
2.196-2.256	0.406	104	0.275	4236	0.278	4340	0.878	0.939	100	0.258
2.256-2.321	0.314	113	0.268	4102	0.269	4215	0.93	0.945	100	0.246
2.321-2.392	0.279	90	0.228	4004	0.229	4094	0.944	0.961	100	0.2
2.392-2.47	0.257	119	0.218	3909	0.219	4028	0.956	0.966	100	0.187
2.47-2.557	0.289	106	0.209	3732	0.211	3838	0.939	0.968	100	0.172
2.557-2.653	0.275	80	0.196	3625	0.198	3705	0.949	0.973	100	0.162
2.653-2.761	0.302	103	0.192	3500	0.195	3603	0.943	0.974	100	0.156
2.761-2.884	0.267	76	0.18	3379	0.182	3455	0.957	0.978	100	0.146
2.884-3.024	0.263	95	0.178	3200	0.181	3295	0.952	0.979	100	0.147
3.024-3.187	0.294	85	0.182	3078	0.185	3164	0.945	0.978	99.9684	0.155
3.187-3.38	0.297	89	0.182	2884	0.186	2973	0.947	0.98	100	0.155
3.38-3.613	0.222	80	0.174	2734	0.175	2814	0.972	0.983	100	0.152
3.613-3.901	0.273	63	0.171	2566	0.173	2629	0.951	0.984	100	0.151
3.901-4.271	0.213	52	0.14	2399	0.142	2451	0.973	0.989	100	0.123
4.271-4.772	0.233	47	0.12	2160	0.122	2207	0.965	0.992	100	0.106
4.772-5.504	0.159	44	0.124	1911	0.125	1955	0.983	0.991	100	0.111
5.504-6.726	0.253	50	0.17	1641	0.173	1693	0.97	0.986	99.8819	0.154
6.726-9.448	0.203	31	0.166	1300	0.167	1331	0.978	0.986	100	0.152
9.448-57.681	0.24	22	0.199	788	0.199	810	0.953	0.974	100	0.198

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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