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万見
- PDB-9ftg: Closed conformation of the pentameric ligand-gated ion channel, D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ftg
タイトルClosed conformation of the pentameric ligand-gated ion channel, DeCLIC at pH 5 with 10 mM Ca2+
要素Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel / bacterial ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rovsnik, U. / Anden, O. / Lycksell, M. / Delarue, M. / Howard, R.J. / Lindahl, E.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of pH-modulated closed and open states in a pentameric ligand-gated ion channel
著者: Rovsnik, U. / Anden, O. / Lycksell, M. / Delarue, M. / Howard, R.J. / Lindahl, E.
履歴
登録2024年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
B: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
D: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
E: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
C: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,65810
ポリマ－339,4575
非ポリマー2005
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein


分子量: 67891.492 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)
遺伝子: JKP90_15375, N839_03575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4JF97
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pentameric ligan-gated ion channel DeCLIC / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Desulfacinum sp. (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 5
緩衝液成分濃度: 10 mM / 名称: Calcium chloride / 式: CaCl2
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 43.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 26259

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5000000
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00321660
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48529530
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.6422980
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433435
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033810

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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