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- PDB-9fsh: Crystal structure of the HECT domain of Smurf 2 in complex with i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fsh
タイトルCrystal structure of the HECT domain of Smurf 2 in complex with inhibitor 8
要素E3 ubiquitin-protein ligase SMURF2
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin-protein ligase SMURF2 / HECT domain / inhibitor / allosteric inhibition / BMP signaling / pulmonary vascular remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of trophoblast cell migration / Signaling by BMP / HECT-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / SMAD binding / negative regulation of BMP signaling pathway / ubiquitin ligase complex / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Asymmetric localization of PCP proteins ...regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of trophoblast cell migration / Signaling by BMP / HECT-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / SMAD binding / negative regulation of BMP signaling pathway / ubiquitin ligase complex / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Regulation of RUNX3 expression and activity / Hedgehog 'on' state / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / protein ubiquitination / membrane raft / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain ...E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / E3 ubiquitin-protein ligase SMURF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Ostermann, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Therapeutic potential of allosteric HECT E3 ligase inhibition.
著者: Rothman, A.M.K. / Florentin, A. / Zink, F. / Quigley, C. / Bonneau, O. / Hemmig, R. / Hachey, A. / Rejtar, T. / Thaker, M. / Jain, R. / Huang, S.M. / Sutton, D. / Roger, J. / Zhang, J.H. / ...著者: Rothman, A.M.K. / Florentin, A. / Zink, F. / Quigley, C. / Bonneau, O. / Hemmig, R. / Hachey, A. / Rejtar, T. / Thaker, M. / Jain, R. / Huang, S.M. / Sutton, D. / Roger, J. / Zhang, J.H. / Weiler, S. / Cotesta, S. / Ottl, J. / Srivastava, S. / Kordonsky, A. / Avishid, R. / Yariv, E. / Rathi, R. / Khvalevsky, O. / Troxler, T. / Binmahfooz, S.K. / Kleifeld, O. / Morrell, N.W. / Humbert, M. / Thomas, M.J. / Jarai, G. / Beckwith, R.E.J. / Cobb, J.S. / Smith, N. / Ostermann, N. / Tallarico, J. / Shaw, D. / Guth-Gundel, S. / Prag, G. / Rowlands, D.J.
履歴
登録2024年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase SMURF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6713
ポリマ－58,2041
非ポリマー4672
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.531, 71.75, 152.624
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase SMURF2 / hSMURF2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase SMURF2 / SMAD ubiquitination regulatory factor 2 / ...hSMURF2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase SMURF2 / SMAD ubiquitination regulatory factor 2 / SMAD-specific E3 ubiquitin-protein ligase 2


分子量: 58203.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMURF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAU4, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-TJQ / ethyl 5-[1,3-benzodioxol-5-ylmethyl(ethyl)carbamoyl]-2,4-dimethyl-1~{H}-pyrrole-3-carboxylate


分子量: 372.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M NaH2PO4/K2HPO4 pH 6.8, 100 mM NaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→76.31 Å / Num. obs: 35457 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.33 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.68
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 6.51 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / Num. unique obs: 675 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WAPI

解像度: 2.08→43.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1773 -RANDOM
Rwork0.2287 ---
obs0.2302 35456 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7642 Å20 Å20 Å2
2---0.301 Å20 Å2
3----5.4632 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→43.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3090 0 32 217 3339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.854331HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1134SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes542HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3202HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion388SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2392SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.42
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.09 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3175 35 -
Rwork0.2764 --
obs0.2783 710 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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