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万見
- PDB-9frx: Porcine Retinol-Binding Protein 3 (RBP3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9frx
タイトルPorcine Retinol-Binding Protein 3 (RBP3)
要素Retinol binding protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Retinoids / Interphotoreceptor matrix (IPM) / Visual cycle / Shuttle
機能・相同性N-terminal domain of Peptidase_S41 in eukaryotic IRBP / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / serine-type peptidase activity / proteolysis / Retinol-binding protein 3
機能・相同性情報
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Kaushik, V. / Gessa, L. / Kumar, N. / Pinkas, M. / Czarnocki-Cieciura, M. / Palczewski, K. / Novacek, J. / Fernandes, H.
資金援助 ポーランド, European Union, 3件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceMAB/2019/12 ポーランド
Foundation for Polish ScienceFENG.02.01-IP.05-T005/23 ポーランド
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionPAN.BFB.S.BDN.315.022.2022European Union
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2025
タイトル: CryoEM structure and small-angle X-ray scattering analyses of porcine retinol-binding protein 3.
著者: Vineeta Kaushik / Luca Gessa / Nelam Kumar / Matyáš Pinkas / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Krzysztof Palczewski / Jiří Nováček / Humberto Fernandes /
要旨: The vertebrate visual cycle hinges on enzymatically converting all--retinol (at-ROL) into 11--retinal (11c-RAL), the chromophore that binds to opsins in photoreceptors, forming light-responsive ...The vertebrate visual cycle hinges on enzymatically converting all--retinol (at-ROL) into 11--retinal (11c-RAL), the chromophore that binds to opsins in photoreceptors, forming light-responsive pigments. When struck by a photon, these pigments activate the phototransduction pathway and initiate the process of vision. The enzymatic isomerization of at-ROL, crucial for restoring the visual pigments and preparing them to receive new light stimuli, relies on various enzymes found in both the photoreceptors and retinal pigment epithelium cells. To function effectively, retinoids must shuttle between these two cell types. Retinol-binding protein 3 (RBP3), located in the interphotoreceptor matrix, probably plays a pivotal role in this transport mechanism. Comprised of four retinoid-binding modules, RBP3 also binds fatty acids, potentially aiding retinal function by facilitating the loading and unloading of different retinoids at specific cell types thereby directing the cycle. In this study, we present a 3.67 Å cryoEM structure of porcine RBP3, along with molecular docking analysis and corroborative in-solution small-angle X-ray scattering data for titration of RBP3 with relevant ligands, that also give insights on RBP3 conformational adaptability.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6221
ポリマ－138,6221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Retinol binding protein 3


分子量: 138621.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: RBP3 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A908
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Retinol binding protein 3 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Retinol binding protein 3 / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 138.487 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (Pig)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMHEPES1
2300 mMNCl1
31 mMDTT1
40.01 %DDM1
50.5 %CHAPSO1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 23606
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択template picker
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
8PHENIXモデル精密化
12cryoSPARC分類Hetero Refinement
13cryoSPARC３次元再構成Local Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7462000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 611246 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028492
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5111567
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.7781167
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411371
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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