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- PDB-9fpx: Crystal structure of DYRK1A in complex with Curcumin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fpx
タイトルCrystal structure of DYRK1A in complex with Curcumin
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE / Kinase / kinase inhibitor / DYRK1A
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heterochromatin formation / peptidyl-serine autophosphorylation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 ...negative regulation of heterochromatin formation / peptidyl-serine autophosphorylation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / positive regulation of RNA splicing / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine phosphorylation / tau protein binding / circadian rhythm / nervous system development / peptidyl-serine phosphorylation / actin binding / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / transcription coactivator activity / histone H3T45 kinase activity / protein kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / axon / ribonucleoprotein complex / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
curcumin / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Grygier, P. / Pustelny, K. / Czarna, A.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2019/34/E/NZ1/00467 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Curcumin Inhibition of DYRK Kinases
著者: Menezes, F. / Grygier, P. / Pustelny, K. / Popowicz, G. / Czarna, A.
履歴
登録2024年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5555
ポリマ－86,6242
非ポリマー9313
水1,71195
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8743
ポリマ－43,3121
非ポリマー5632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6802
ポリマ－43,3121
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.048, 132.048, 91.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c

-
要素

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / MNBH / hMNB


分子量: 43311.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13627, [RNA-polymerase]-subunit kinase, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-CC9 / curcumin / (1E,6E)-1,7-bis(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)hepta-1,6-diene-3,5-dione / 1,7-ビス(3-メトキシ-4-ヒドロキシフェニル)-1,6-ヘプタジエン-3,5-ジオン


分子量: 368.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 26 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→48.53 Å / Num. obs: 24625 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 55.39 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 99777
反射 シェル解像度: 2.69→2.82 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.364 / Num. measured all: 11428 / Num. unique obs: 3315 / CC1/2: 0.44 / Rpim(I) all: 0.798 / Rrim(I) all: 1.593 / Χ2: 1.62 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→48.53 Å / SU ML: 0.3951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.0277
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 1143 4.89 %
Rwork0.2403 22248 -
obs0.2423 23391 92.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5096 0 67 95 5258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00565285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81817169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.58141849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.810.47911210.40252513X-RAY DIFFRACTION84.05
2.81-2.960.33321230.36272598X-RAY DIFFRACTION85.92
2.96-3.150.40031180.31462710X-RAY DIFFRACTION88.96
3.15-3.390.33371470.26922608X-RAY DIFFRACTION87.85
3.39-3.730.27681450.22732918X-RAY DIFFRACTION96.47
3.73-4.270.26711530.2062936X-RAY DIFFRACTION97.6
4.27-5.380.23431770.20752946X-RAY DIFFRACTION97.65
5.38-48.530.24061590.21823019X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.91868442806-0.4402899058050.5182044175355.74969619807-1.234952291875.549127297280.375771989620.433002699324-0.521151973262-0.0960406157836-0.02144724200460.637844439560.7227647267270.0287458081286-0.3292463858030.3961244942420.125645861314-0.03736518170190.3431580430860.03242125756730.290606427569-19.5923348722-20.8555581691-25.5369476636
23.497543658940.153495702588-0.3038589015561.30575940577-0.2550532270051.1508006070.519507237013-0.25615252735-1.252150083250.522096839623-0.377731915423-0.5100211197770.096437045674-0.0202488192406-0.07837194412360.535829297097-0.100966465738-0.2892597478210.3704511964050.1974752689320.5098481797244.89282741439-30.146633861-12.9787483761
38.7663954286-3.508580219020.12314015765.785486259532.825716444362.24228365178-0.0295805180079-0.765893006681-1.14571429271.138446351330.157701853041-0.8054797549751.78353225793-0.470963176172-0.1054438423491.09774734410.246652470115-0.1087559433210.9726162620070.3071234372331.0698611900525.9892043403-73.2344345929-15.8056346872
41.98597144541-2.368979546162.424907147084.12829572689-0.07478257527249.087804337240.397455411102-0.2744890419650.0744825212841-0.51394483204-0.187128443995-1.165652890070.356083497689-0.125048071177-0.2258300725980.6351757857180.214892513518-0.2692759782940.5809432651410.1289734882971.0793074017928.573267868-68.564427054-21.2098905849
54.63126031758-0.7263568433191.200623265694.53348083605-0.1316535936561.900094625320.3031560347640.589652463103-0.462514715982-0.942292653312-0.49748662987-0.877502075760.6942795667880.4724615434410.1520633382330.9668165900550.445718383250.04216100070190.7003042799350.1826236323360.86409799714627.7835680058-59.4299316695-32.3068381928
63.713826459270.6587741938790.081981077251.49591093576-0.8116942376332.2929102762-0.1838805946280.7432924334251.04475841475-0.504541080013-0.377204462116-0.117441360440.2368502358970.2679720714780.5257544985370.673094792160.281325637055-0.1747977261260.6664682838170.1051634428360.75856074270211.6678067245-46.3495117111-38.6436898545
70.4698408233910.6188778155770.9744694398461.59467081103-0.1919047622954.76518148428-0.2814023898950.3626725083141.09664236792-0.1428789268780.03590648503640.2952476041460.240716144216-0.1629734067490.2555110576740.7161856079140.283492119032-0.2816471218140.7592305815610.1564711670440.9291055939740.980966577508-35.4533963972-38.7843574314
83.43954944288-0.309021761112.222247147860.4608552868150.1743271867182.54299860645-0.3340143643951.052591236561.68434128045-0.289229916557-0.193140648166-0.0823681098185-0.2368448642080.8196432583650.578164137420.8045645716850.0945087772945-0.05852747224440.878078518460.5432394639571.4167549053227.5079412707-32.5242751251-35.2029788793
96.70467905676-1.601527222862.561554804510.582546261385-0.1858411987212.897296882460.3624652222462.301486515021.04024527695-0.726426078997-0.599093604251-0.4511303136220.5153068744321.422081292740.2513394676871.265710914810.442568747784-0.004446240070341.367251577810.4552840481190.83412757154625.294072443-44.6283197238-47.1815253058
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 136 through 239 )AA136 - 2391 - 104
22chain 'A' and (resid 240 through 479 )AA240 - 479105 - 337
33chain 'B' and (resid 143 through 164 )BB143 - 1641 - 22
44chain 'B' and (resid 165 through 193 )BB165 - 19323 - 51
55chain 'B' and (resid 194 through 320 )BB194 - 32052 - 178
66chain 'B' and (resid 322 through 397 )BB322 - 397180 - 255
77chain 'B' and (resid 398 through 421 )BB398 - 421256 - 278
88chain 'B' and (resid 422 through 459 )BB422 - 459279 - 316
99chain 'B' and (resid 460 through 480 )BB460 - 480317 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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