PDB-9fpa: DUBS Parachlamydia sp. PcJOS orthorhombic crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fpa

タイトル

DUBS Parachlamydia sp. PcJOS orthorhombic crystal form

要素

Peptidase C39-like domain-containing protein
Ubiquitin

キーワード

HYDROLASE / Debiquitinylating enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Parachlamydia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Baumann, U. / Hermanns, T. / Uthoff, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: A family of bacterial Josephin-like deubiquitinases with an irreversible cleavage mode.
著者: Hermanns, T. / Kolek, S. / Uthoff, M. / de Heiden, R.A. / Mulder, M.P.C. / Baumann, U. / Hofmann, K.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fpa.cif.gz	354.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fpa.ent.gz	293.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fpa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fpa_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fpa_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9fpa_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	9fpa_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fpa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fpa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f5tC 9fn4C 9g7gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Ubiquitin

C: Peptidase C39-like domain-containing protein

A: Peptidase C39-like domain-containing protein

ヘテロ分子

73.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 2 PcJOS:1 diubioquitin

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.220, 108.180, 149.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin 分子量: 17135.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#2: タンパク質	Peptidase C39-like domain-containing protein 分子量: 28170.064 Da / 分子数: 2 / Mutation: C162A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parachlamydia sp. (バクテリア) / 遺伝子: CK425_03690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H9SU66
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Midas G6. 35 % v/v glycerol ethoxylate, 0.2 M lithium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873128 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 46803 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.03

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.18-2.24	1.329	1.37	3382	0.613	1.443	1
2.24-2.3	1.099		3316	0.751	1.174	1
2.3-2.36	0.863		3257	0.822	0.922	1
2.36-2.44	0.761		3135	0.854	0.813	1
2.44-2.52	0.628		3053	0.895	0.672	1
2.52-2.61	0.52		2967	0.924	0.556	1
2.61-2.7	0.408		2857	0.948	0.436	1
2.7-2.81	0.322		2739	0.966	0.345	1
2.81-2.94	0.254		2652	0.978	0.272	1
2.94-3.08	0.199		2526	0.986	0.213	1
3.08-3.25	0.154		2434	0.993	0.165	1
3.25-3.45	0.123		2284	0.993	0.132	1
3.45-3.68	0.102		2161	0.995	0.109	1
3.68-3.98	0.093		2024	0.995	0.1	1
3.98-4.36	0.08		1865	0.996	0.086	1
4.36-4.87	0.072		1704	0.996	0.078	1
4.87-5.63	0.069		1506	0.996	0.074	1
5.63-6.89	0.064		1312	0.997	0.069	1
6.89-9.75	0.049		1029	0.998	0.053	1
9.75-50	0.039		600	0.998	0.042	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→43.9 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	2263	4.84 %
R_work	0.1844	-	-
obs	0.1857	46730	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→43.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4684	0	26	230	4940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	6482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9	1796
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	745
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	845

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.23	0.3228	136	0.2817	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
2.23-2.28	0.2638	140	0.2575	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.34	0.2678	135	0.237	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.4	0.2443	142	0.2281	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.47	0.2547	148	0.2108	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.55	0.232	130	0.2015	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.64	0.223	146	0.1962	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.75	0.2338	147	0.1948	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.87	0.2432	126	0.1988	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.02	0.2481	143	0.2115	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.21	0.2453	150	0.1982	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.46	0.2341	137	0.2	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.81	0.2123	142	0.1889	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.36	0.1814	146	0.158	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-5.49	0.1617	146	0.1404	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
5.49-43.9	0.1816	149	0.1627	2961	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8187	0.9742	-0.2677	2.6803	-0.6831	3.8391	0.3887	-0.4196	-0.1732	0.4627	-0.2671	-0.0558	0.05	-0.0312	-0.1444	0.4287	-0.0721	-0.0214	0.561	0.102	0.3495	19.4704	11.9741	34.9543
2	3.7165	-1.1341	-0.7325	3.4446	-0.2777	4.1664	0.0106	-0.1533	-0.2532	0.2031	0.0779	-0.0674	0.4483	0.0527	-0.1197	0.4933	0.0406	-0.0699	0.3783	-0.0102	0.4189	21.5229	-4.3496	-1.1145
3	4.2831	0.812	-0.5207	3.1298	-0.2162	4.3712	-0.39	0.6527	-0.0238	-0.4077	0.3559	0.1226	-0.1565	-0.3298	0.0475	0.4723	-0.1134	-0.0091	0.5964	-0.0699	0.296	20.8196	7.5402	-36.2196
4	0.9557	-1.0727	1.3096	1.9257	-0.2916	7.7347	-0.0194	0.0643	-0.6199	-0.021	0.2099	-0.3637	1.6643	0.3141	-0.0823	0.7402	0.0844	0.0058	0.4308	-0.1211	0.7964	30.0798	-16.7483	-16.9699
5	2.0101	0.7282	0.344	2.69	0.08	3.5368	-0.1915	0.2322	-0.1709	-0.056	0.155	-0.4445	0.0955	0.2833	0.0572	0.3758	-0.031	0.0102	0.5257	-0.1201	0.4525	31.373	1.2089	-26.4844
6	3.0338	0.618	0.6216	1.8671	-0.023	2.2045	0.0937	0.1089	-0.153	-0.1048	-0.0243	0.0633	0.2563	-0.018	-0.0673	0.3282	0.0135	0.0012	0.3044	0.012	0.2917	11.0139	14.411	2.9999
7	1.856	1.2832	0.5726	3.9234	-2.7194	6.9816	0.2068	-0.5456	0.0004	0.6888	-0.5044	-0.2342	-0.1031	1.0152	0.2946	0.3636	-0.0643	-0.0111	0.643	0.0689	0.3482	34.8796	18.9555	24.3684
8	3.6171	0.557	-0.9002	7.8163	-2.1483	3.8278	0.019	-0.1037	-0.0757	0.5226	-0.0445	-0.2944	0.034	0.4382	0.0204	0.3226	-0.0104	-0.0359	0.4906	-0.0062	0.2909	27.3444	21.1827	19.4934
9	1.8593	-0.2384	0.34	1.5927	-0.0062	3.2891	0.0439	-0.0531	0.0064	0.0809	-0.0636	-0.002	0.07	-0.0884	-0.0003	0.2543	-0.0113	0.0036	0.3338	0.0227	0.2997	11.5433	21.5777	8.6805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 76)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 77 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 98 through 161 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 162 through 213 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 214 through 324 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 98 through 177)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 205 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 206 through 225 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 226 through 324 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)