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- PDB-9foy: Ternary complex of a Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase core f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9foy
タイトルTernary complex of a Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase core fusion with DNA and the inhibitor AMK32b
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR / FUSION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily ...: / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kokot, M. / Hrast, M. / Feng, L. / Mitchenall, L.A. / Lawson, D.M. / Maxwell, A. / Minovski, N. / Anderluh, M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012523/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006983/1 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Unraveling the Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase-DNA-NBTI complex
著者: Kokot, M. / Hrast, M. / Feng, L. / Mitchenall, L.A. / Lawson, D.M. / Maxwell, A. / Minovski, N. / Anderluh, M.
履歴
登録2024年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,9618
ポリマ－180,9486
非ポリマー1,0132
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15860 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area63460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.041, 131.703, 96.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A / Type IIA topoisomerase subunit GyrA


分子量: 84383.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion of C-terminal domain of GyrB (residues 426-675; UniProtKB entry P9WG45) to the N-terminal domain of GyrA (residues 2-500; UniProtKB entry P9WG47). In the coordinate file the fusion is ...詳細: Fusion of C-terminal domain of GyrB (residues 426-675; UniProtKB entry P9WG45) to the N-terminal domain of GyrA (residues 2-500; UniProtKB entry P9WG47). In the coordinate file the fusion is treated as a single polypeptide chain. For the GyrB component, the numbering is relative to the full-length wild-type sequence, and for the GyrA component, the sequence numbering is advanced by 1000. Short non-native sequences SNA and IGSG are appended to the N- and C-termini of the fusion, respectively. There are two fusion polypeptides in the asymmetric unit corresponding to the biologically relevant assembly.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: gyrB, Rv0005, MTCY10H4.03, gyrA, Rv0006, MTCY10H4.04
プラスミド: PET-28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 PLYSS
参照: UniProt: P9WG45, UniProt: P9WG47, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 2451.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
プラスミド: PET-28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 PLYSS
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-A1ID8 / (1~{S})-2-[4-[[4-bromanyl-3,5-bis(fluoranyl)phenyl]methylamino]cyclohexyl]-1-(6-methoxy-1,5-naphthyridin-4-yl)ethanol


分子量: 506.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26BrF2N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-A1ID9 / (1~{R})-2-[4-[[4-bromanyl-3,5-bis(fluoranyl)phenyl]methylamino]cyclohexyl]-1-(6-methoxy-1,5-naphthyridin-4-yl)ethanol


分子量: 506.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26BrF2N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 % / 解説: NULL
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→69.23 Å / Num. obs: 50035 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.414 / Rpim(I) all: 0.167 / Rrim(I) all: 0.447 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 355596
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.731 / Num. measured all: 31268 / Num. unique obs: 4567 / CC1/2: 0.414 / Rpim(I) all: 0.715 / Rrim(I) all: 1.875 / Χ2: 0.49 / Net I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→69.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.846 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.816 / SU B: 30.465 / SU ML: 0.544 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30408 2542 5.1 %RANDOM
Rwork0.27933 ---
obs0.28059 47469 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å2-0 Å2-0.86 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---4.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→69.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11438 814 64 0 12316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01312594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01511821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.65217191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.221.58427116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.44151454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.62720.642701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.185152066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.60915136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2484.4015834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2484.4015833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.4666.6027282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.4666.6027283
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1874.3596760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1874.3596760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.3666.539910
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.85788528
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.85788529
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A237060.06
12B237060.06
21F9400.02
22H9400.02
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 212 -
Rwork0.37 3474 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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