PDB-9fol: Succinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase (BbsEF), D178-Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fol

タイトル

Succinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase (BbsEF), D178-CoA adduct + succinate (weakly occupied)

要素

(Subunit of Benzylsuccinate CoA- ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / CoA transferase / toluene degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

CoA-transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aromatoleum aromaticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ermler, U. / Heider, J. / Demmer, U.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the succinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase
著者: Schuehle, K. / Demmer, U. / Heider, J. / Ermler, U.

履歴

登録	2024年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fol.cif.gz	656.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fol.ent.gz	539.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fn0C 9funC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase

B: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase

C: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase

D: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.210, 100.630, 192.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Subunit of Benzylsuccinate CoA- ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase 分子量: 45443.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum (バクテリア) 遺伝子: bbsE, c2A312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5P687
#2: タンパク質	Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase 分子量: 44795.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum (バクテリア) 遺伝子: bbsF, c2A311 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5P688

-
非ポリマー , 6種, 780分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID 分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 10000, Tris/HCl pH 8.5, glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 157123 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 13.86

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.8-1.9	0.629	24193	0.713	0.761	1
1.9-2	0.375	19622	0.863	0.451	1
2-2.2	0.204	28954	0.95	0.247	1
2.2-2.5	0.102	27429	0.986	0.123	1
2.5-3	0.052	24267	0.996	0.063	1
3-3.8	0.03	16629	0.998	0.037	1
3.8-4.7	0.025	7410	0.998	0.03	1
4.7-6	0.022	4420	0.999	0.027	1
6-8	0.023	2389	0.999	0.027	1
8-12	0.02	1252	0.999	0.024	1
12-50	0.02	558	0.999	0.024	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.67 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	7848	5 %
R_work	0.1831	-	-
obs	0.1847	157031	94.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12578	0	246	758	13582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.107	4870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1881
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3118	245	0.2999	5149	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.84	0.3358	292	0.3005	5082	X-RAY DIFFRACTION	98
1.84-1.86	0.3241	281	0.2855	5085	X-RAY DIFFRACTION	98
1.86-1.89	0.2981	261	0.261	5118	X-RAY DIFFRACTION	98
1.89-1.91	0.3244	239	0.2578	5120	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.94	0.289	270	0.2497	5127	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-1.97	0.2664	248	0.249	5176	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2	0.3036	260	0.2548	5091	X-RAY DIFFRACTION	98
2-2.03	0.2758	265	0.2362	5121	X-RAY DIFFRACTION	98
2.03-2.06	0.2571	238	0.2193	5101	X-RAY DIFFRACTION	97
2.06-2.1	0.2674	283	0.2132	5081	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1-2.13	0.2335	271	0.2012	5061	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.18	0.2329	275	0.1931	4993	X-RAY DIFFRACTION	97
2.18-2.22	0.2436	277	0.1955	4993	X-RAY DIFFRACTION	96
2.22-2.27	0.2323	269	0.1882	4999	X-RAY DIFFRACTION	96
2.27-2.32	0.2215	269	0.1864	5010	X-RAY DIFFRACTION	96
2.32-2.38	0.2147	279	0.1863	4957	X-RAY DIFFRACTION	95
2.38-2.44	0.2178	241	0.1882	4967	X-RAY DIFFRACTION	95
2.44-2.51	0.217	272	0.1888	4915	X-RAY DIFFRACTION	94
2.51-2.6	0.2233	245	0.1864	4977	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6-2.69	0.2164	262	0.1809	4882	X-RAY DIFFRACTION	94
2.69-2.8	0.2167	254	0.1807	4883	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8-2.92	0.2179	271	0.173	4792	X-RAY DIFFRACTION	92
2.92-3.08	0.212	260	0.1826	4854	X-RAY DIFFRACTION	92
3.08-3.27	0.2047	274	0.1806	4810	X-RAY DIFFRACTION	91
3.27-3.52	0.2039	269	0.1639	4757	X-RAY DIFFRACTION	91
3.52-3.88	0.1876	245	0.157	4751	X-RAY DIFFRACTION	89
3.88-4.44	0.1657	235	0.1453	4676	X-RAY DIFFRACTION	88
4.44-5.59	0.1737	234	0.1489	4767	X-RAY DIFFRACTION	88
5.59-48.67	0.1938	264	0.1891	4888	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2404	0.065	0.0948	1.2634	-0.3023	1.2204	0.1012	0.3265	-0.4747	-0.3837	-0.0687	-0.0533	0.3916	0.1614	-0.0344	0.4174	0.0483	0.0198	0.2658	-0.1303	0.3588	-13.2548	-28.986	14.3822
2	0.3106	0.178	0.1706	0.5334	-0.1844	0.3661	0.0294	0.0531	-0.0484	-0.0368	-0.0078	-0.082	0.1129	0.0446	-0.0234	0.2277	0.0006	0.0166	0.2229	-0.0391	0.2015	-14.8985	-10.3582	28.3038
3	0.9939	-0.0736	-0.0248	2.1246	-0.1126	0.4031	0.055	0.1478	-0.0643	-0.326	-0.0136	-0.042	0.0957	0.101	-0.0361	0.2259	0.0119	0.0087	0.2816	-0.0165	0.15	-14.5096	-0.2189	13.5342
4	2.0157	-0.3284	-0.4027	1.3948	0.8889	2.1539	0.1096	0.1452	0.2656	-0.074	-0.0961	-0.2282	-0.2736	0.2293	-0.0039	0.232	-0.0065	0.0427	0.3523	0.0296	0.3503	5.8871	-3.2249	31.971
5	1.2785	-0.5555	0.2469	1.3263	-0.3523	1.059	-0.0099	0.179	0.0067	-0.1659	-0.0419	-0.3119	0.0504	0.2917	0.0493	0.2961	0.0283	0.0612	0.33	-0.0197	0.2536	-3.4483	-4.118	16.0709
6	1.4576	-0.0692	-0.0859	1.01	-0.0751	1.1931	0.0004	0.0736	-0.054	-0.1091	0.0004	-0.0435	0.0218	0.0795	0.0073	0.256	0.0034	0.0203	0.1707	-0.0181	0.2006	-19.2018	-14.1242	32.4409
7	1.8104	0.4982	-0.3805	2.0517	-0.4873	1.7076	-0.0212	-0.3535	0.4785	0.2147	0.0928	-0.0892	-0.2476	-0.0206	-0.0691	0.2417	0.0534	-0.0365	0.2628	-0.1207	0.3101	-9.3025	27.5337	-15.5202
8	1.1535	-0.234	0.4535	1.0048	0.562	1.4823	-0.02	-0.0641	0.1682	0.0383	0.0347	-0.1465	0.0133	-0.021	-0.0117	0.1509	0.0162	0.0073	0.1664	-0.013	0.1891	-11.2907	15.4112	-31.755
9	1.3461	-0.0008	0.7809	1.4551	-0.2841	2.3582	0.1716	-0.0346	-0.1494	-0.0769	0.0227	-0.0715	0.8106	0.0516	-0.2019	0.475	0.0635	0.0024	0.3197	-0.0364	0.1788	-14.2986	0.6838	-17.5457
10	2.0937	-0.0093	0.9751	1.1499	0.5897	1.8239	0.1143	0.1046	-0.2001	-0.1168	-0.011	-0.1418	0.2048	0.0998	-0.109	0.1873	0.0351	-0.0026	0.1766	-0.0147	0.217	2.426	0.6417	-37.9655
11	1.5749	-0.6516	0.2135	2.4434	0.6	0.9895	0.0962	-0.2492	-0.2881	0.2085	0.0627	-0.2165	0.3292	0.0546	-0.1422	0.2911	0.0134	-0.0601	0.2331	0.0061	0.3139	13.6564	-5.7988	-25.3122
12	1.7522	0.0596	-0.4047	0.9913	-0.0665	0.6777	-0.0592	-0.1914	0.016	0.182	0.0926	-0.1076	0.1809	0.072	-0.0383	0.2637	0.0309	-0.013	0.2625	-0.0323	0.1871	-6.032	3.7324	-19.7589
13	1.0003	-0.236	0.3622	1.0551	0.2163	0.8686	-0.0753	-0.2887	0.0412	0.1737	-0.0021	0.1089	-0.0193	-0.2247	0.0658	0.1911	-0.0063	0.01	0.3014	-0.0321	0.2173	-30.309	14.0339	-28.548
14	1.8316	-0.4379	-0.258	1.072	0.1016	1.271	-0.0103	-0.164	0.1783	0.0782	0.0275	0.1683	-0.136	-0.2729	-0.0166	0.1857	0.0128	-0.0115	0.2433	-0.0195	0.2283	-30.0356	21.5136	-35.6717
15	1.3109	-1.3743	0.3854	1.4382	-0.4051	0.3031	0.1593	0.1553	0.1193	-0.1947	-0.0919	-0.348	0.1569	0.1841	-0.0677	0.2297	0.0455	0.034	0.2461	-0.0184	0.2769	10.2471	2.0715	-42.0042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 141 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 142 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 240 through 408 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 109 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 110 through 228 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 229 through 409 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2 through 107 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 108 through 239 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 240 through 409 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 5 through 79 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 80 through 124 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 125 through 228 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 229 through 263 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 264 through 349 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 350 through 409 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Subunit of Benzylsuccinate CoA- ... , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 6種, 780分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Subunit of Benzylsuccinate CoA- ... , 2種, 4分子 ACBD

-非ポリマー , 6種, 780分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Subunit of Benzylsuccinate CoA- ... , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 6種, 780分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)