PDB-9fnu: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fnu

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH13579

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH13579
著者: Scaletti, E. / Stenmark, P.

履歴

登録	2024年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fnu.cif.gz	206.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fnu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fnu_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fnu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9fnu_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	9fnu_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.890, 81.114, 170.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-A1ID3 / 3-(2-azanylethyl)-2-pyridin-3-yl-1~{H}-indol-5-ol 分子量: 253.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₅N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Ethylene Glycols, 0.1 M sodium HEPES/MOPS pH 7.5, 50 % GOL_P4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→73.2 Å / Num. obs: 76437 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 4487 / CC_1/2: 0.727

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→73.158 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.116 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2564	3760	4.928 %
R_work	0.2168	72540	-
all	0.219	-	-
obs	-	76300	99.902 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.571 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.123 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.448 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→73.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7394	0	64	147	7605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7689
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.657	10471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.469	1.581	16284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.289	5	929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.789	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.877	10	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.172	10	362
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	6458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.292	5.643	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.293	5.643	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.222	10.118	4655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.222	10.119	4656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.564	6.11	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.563	6.109	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.246	10.972	5816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.246	10.971	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.95	57.001	8843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.955	56.939	8822

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.356	311	0.31	5271	0.312	5591	0.914	0.933	99.839	0.299
2.052-2.108	0.321	265	0.293	5144	0.294	5419	0.923	0.941	99.8155	0.276
2.108-2.169	0.328	246	0.277	5005	0.279	5262	0.93	0.951	99.791	0.255
2.169-2.236	0.302	240	0.258	4920	0.26	5168	0.939	0.957	99.8452	0.236
2.236-2.309	0.316	275	0.266	4705	0.269	4989	0.937	0.957	99.8196	0.24
2.309-2.39	0.3	233	0.237	4617	0.24	4855	0.951	0.967	99.897	0.215
2.39-2.48	0.327	235	0.247	4410	0.251	4646	0.937	0.964	99.9785	0.225
2.48-2.581	0.286	205	0.229	4283	0.232	4490	0.946	0.969	99.9555	0.212
2.581-2.696	0.269	201	0.24	4144	0.242	4346	0.951	0.965	99.977	0.225
2.696-2.827	0.305	200	0.234	3904	0.238	4104	0.944	0.967	100	0.225
2.827-2.98	0.271	188	0.233	3747	0.235	3935	0.949	0.967	100	0.227
2.98-3.161	0.283	170	0.248	3567	0.249	3737	0.952	0.962	100	0.246
3.161-3.378	0.27	188	0.243	3353	0.245	3541	0.955	0.967	100	0.248
3.378-3.648	0.25	136	0.226	3123	0.227	3259	0.957	0.972	100	0.235
3.648-3.996	0.251	149	0.208	2892	0.21	3041	0.96	0.974	100	0.225
3.996-4.465	0.194	136	0.172	2634	0.173	2770	0.977	0.983	100	0.198
4.465-5.153	0.223	139	0.172	2319	0.175	2458	0.973	0.983	100	0.199
5.153-6.303	0.262	106	0.2	1999	0.203	2106	0.968	0.98	99.9525	0.229
6.303-8.881	0.207	100	0.179	1566	0.181	1666	0.975	0.983	100	0.215
8.881-73.158	0.212	37	0.189	937	0.19	990	0.974	0.974	98.3838	0.295

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