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- PDB-9fnm: Structure of human haptoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fnm
タイトルStructure of human haptoglobin
要素
  • Haptoglobin beta chain
  • Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain
キーワードPROTEIN BINDING / acute phase / hemolysis / hemoglobin binding / reactive oxygen specis
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / zymogen activation / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / antioxidant activity / Scavenging of heme from plasma / immune system process / endocytic vesicle lumen / acute-phase response / response to hydrogen peroxide ...negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / zymogen activation / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / antioxidant activity / Scavenging of heme from plasma / immune system process / endocytic vesicle lumen / acute-phase response / response to hydrogen peroxide / defense response / specific granule lumen / tertiary granule lumen / blood microparticle / defense response to bacterium / inflammatory response / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Torvund-Jensen, M. / Andersen, C.B.F.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research11-107169 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The Cryo-EM structure of human CD163 bound to haptoglobin-hemoglobin reveals molecular mechanisms of hemoglobin scavenging.
著者: Anders Etzerodt / Jakob Hauge Mikkelsen / Morten Torvund-Jensen / Dorle Hennig / Thomas Boesen / Jonas Heilskov Graversen / Søren Kragh Moestrup / Justin M Kollman / Christian Brix Folsted Andersen /
要旨: CD163, a macrophage-specific receptor, plays a critical role in scavenging hemoglobin released during hemolysis, protecting against oxidative effects of heme iron. In the bloodstream, hemoglobin is ...CD163, a macrophage-specific receptor, plays a critical role in scavenging hemoglobin released during hemolysis, protecting against oxidative effects of heme iron. In the bloodstream, hemoglobin is bound by haptoglobin, leading to its immediate endocytosis by CD163. While haptoglobin's structure and function are well understood, CD163's structure and its interaction with the haptoglobin-hemoglobin complex have remained elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the entire extracellular domain of human CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin. The structure reveals that CD163 assembles into trimers (and to some extent dimers), binding haptoglobin-hemoglobin in their center. Key acidic residues in CD163 interact with lysine residues from both haptoglobin and hemoglobin. Calcium-binding sites located near the haptoglobin-hemoglobin interface in CD163 provide explanation for the calcium dependence of the interaction. Furthermore, we show that the interaction facilitating CD163 oligomerization mimics ligand binding and is also calcium dependent. This structural insight into CD163 advances our understanding of its role in hemoglobin scavenging as well as its broader relevance to structurally related scavenger receptors.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain
B: Haptoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7233
ポリマ－36,5022
非ポリマー2211
水1,67593
1
A: Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain
B: Haptoglobin beta chain
ヘテロ分子

A: Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain
B: Haptoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4476
ポリマ－73,0054
非ポリマー4422
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area6900 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area30350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.887, 77.639, 65.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.508, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1105-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain / Zonulin / Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain


分子量: 9204.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00738
#2: タンパク質 Haptoglobin beta chain


分子量: 27298.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00738
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 6% 2-propanol 0.1 M sodium acetate trihydrate 26% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.516→65.023 Å / Num. obs: 14717 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.18 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 20.23
反射 シェル解像度: 2.516→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 5.45 / Num. unique obs: 1148 / CC1/2: 0.971

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.52→28.11 Å / SU ML: 0.3052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.2342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 1478 10.04 %
Rwork0.1912 13239 -
obs0.1948 14717 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→28.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2451 0 14 93 2558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58523432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0066939
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.60.27671080.2508884X-RAY DIFFRACTION70.96
2.6-2.690.28391270.24911240X-RAY DIFFRACTION99.64
2.69-2.80.29431400.24591234X-RAY DIFFRACTION99.71
2.8-2.920.30011400.25361217X-RAY DIFFRACTION99.34
2.92-3.080.33671440.22991248X-RAY DIFFRACTION99.57
3.08-3.270.25091390.22261231X-RAY DIFFRACTION99.42
3.27-3.520.25351300.21561252X-RAY DIFFRACTION99.5
3.52-3.880.21851380.17481247X-RAY DIFFRACTION99.57
3.88-4.440.16891380.1541228X-RAY DIFFRACTION99.27
4.44-5.580.18461380.14781262X-RAY DIFFRACTION99.36
5.58-28.110.19851360.18241196X-RAY DIFFRACTION93.08
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.4723554785 Å / Origin y: 50.4807119306 Å / Origin z: 0.90680621576 Å
111213212223313233
T0.273497619191 Å2-0.0137936520259 Å20.0399174065174 Å2-0.259401171253 Å20.0147534635736 Å2--0.323300856534 Å2
L0.972598333 °2-0.0335620367185 °20.708875347465 °2-1.0769280338 °20.194368147243 °2--2.43492318687 °2
S0.0182002403078 Å °-0.0541142706242 Å °-0.0841360563605 Å °0.177293433234 Å °0.0887750811503 Å °-0.161952277525 Å °0.0184715155755 Å °0.0269495008801 Å °-0.112132651495 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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