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万見
- PDB-9fml: Aerolysin heptamer in membrane inserted form reconstituted in amp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fml
タイトルAerolysin heptamer in membrane inserted form reconstituted in amphipoles.
要素Aerolysin
キーワードTOXIN / pore forming toxin / aerolysin / amphipole reconstitution / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Aerolysin / : / Aerolysin toxin / Aerolysin toxin / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Iacovache, I. / Zuber, B.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179520 スイス
Swiss National Science Foundation32NE30_185536 スイス
Swiss National Science Foundation32NE30_185536 スイス
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2025
タイトル: Aerolysin Nanopore Structures Revealed at High Resolution in a Lipid Environment.
著者: Jana S Anton / Ioan Iacovache / Juan F Bada Juarez / Luciano A Abriata / Louis W Perrin / Chan Cao / Maria J Marcaida / Benoît Zuber / Matteo Dal Peraro /
要旨: Aerolysin is a β-pore-forming toxin produced by most Aeromonas bacteria, which has attracted large attention in the field of nanopore sensing due to its narrow and charged pore lumen. Structurally ...Aerolysin is a β-pore-forming toxin produced by most Aeromonas bacteria, which has attracted large attention in the field of nanopore sensing due to its narrow and charged pore lumen. Structurally similar proteins, belonging to the aerolysin-like family, are present throughout all kingdoms of life, but very few of them have been structurally characterized in a lipid environment. Here, we present the first high-resolution atomic cryo-EM structures of aerolysin prepore and pore in a membrane-like environment. These structures allow the identification of key interactions, which are relevant for understanding the pore formation mechanism and for correctly positioning the pore β-barrel and its anchoring β-turn motif in the membrane. Moreover, we elucidate at high resolution the architecture of key pore mutations and precisely identify four constriction rings in the pore lumen that are highly relevant for nanopore sensing experiments.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerolysin
B: Aerolysin
C: Aerolysin
D: Aerolysin
E: Aerolysin
F: Aerolysin
G: Aerolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,8637
ポリマ－363,8637
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46420 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area123210 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Aerolysin


分子量: 51980.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: aerA / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P09167
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: aerolysin heptamer in A8-35 / タイプ: COMPLEX
詳細: Heptamerization was induced by trypsinization of proaerolysin.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.350 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Aeromonas hydrophila (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: DE3 / プラスミド: pet22c
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM Hepes 7.4 100mM NaCl 0.05% A8-35
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
12RELION5最終オイラー角割当
13RELION5分類
14RELION5３次元再構成
15PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1070455 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
詳細: ModelAngelo was used with the final map to generate the first model.
原子モデル構築詳細: modelangelo / Source name: Other / タイプ: other
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 15.22 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002823933
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.564732676
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04683409
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044263
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.73763236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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