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- PDB-9fm3: KlenTaq DNA polymerase in a ternary complex with primer/template ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fm3
タイトルKlenTaq DNA polymerase in a ternary complex with primer/template and a selenophene-modified dUTP (SedUTP)
要素
  • DNA polymerase I, thermostable
  • DNA template
  • Primer with terminal DOC
キーワードTRANSFERASE / DNA Polymerase / Selenophene / Fluorescent nucleotide probe / KlenTaq
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Betz, K. / Srivatsan, S.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Structures of a DNA Polymerase Caught while Incorporating Responsive Dual-Functional Nucleotide Probes.
著者: Ghosh, P. / Betz, K. / Gutfreund, C. / Pal, A. / Marx, A. / Srivatsan, S.G.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: Primer with terminal DOC
C: DNA template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1176
ポリマ－69,2043
非ポリマー9133
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)114.164, 114.164, 91.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 60936.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 Primer with terminal DOC


分子量: 3328.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA template


分子量: 4939.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-A1IDZ / [[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)-5-selenophen-2-yl-pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 597.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N2O14P3Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-DOC / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / ddCMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 291.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: JBScreen Nuc-Pro HTS condition F12: 1M di-Sodium tartrate, 50 mM TRIS pH 7.5, 30 mM Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.42 Å / Num. obs: 38932 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 81.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.59-2.7565920.4072.542199.4
2.75-2.9462890.6631.4811100
2.94-3.1758250.910.7871
3.17-3.4844180.9660.4731
3.48-3.8838750.9820.3341
3.88-4.4839030.9910.1811
4.48-5.4736430.9930.141

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→35.67 Å / SU ML: 0.4963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.7461
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1925 4.95 %
Rwork0.1873 36986 -
obs0.1901 38911 94.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 34 11 4903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00365051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56836961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.11921986
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.660.34751520.37032768X-RAY DIFFRACTION98.68
2.66-2.730.34791040.35632780X-RAY DIFFRACTION99.97
2.73-2.810.29851260.31782851X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.90.40551400.32452801X-RAY DIFFRACTION100
2.9-30.34581680.29462776X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.120.33371560.26882804X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.270.32171820.23352774X-RAY DIFFRACTION99.97
3.27-3.410.33481190.25762256X-RAY DIFFRACTION98.79
3.46-3.630.27191060.21972159X-RAY DIFFRACTION96.75
3.69-3.940.2888780.19741820X-RAY DIFFRACTION75.26
3.94-4.330.26441350.1782800X-RAY DIFFRACTION99.93
4.33-4.960.20191650.1592796X-RAY DIFFRACTION99.97
4.96-6.230.18761360.15572794X-RAY DIFFRACTION100
6.24-35.670.19191580.12242807X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8568653305380.901965215706-0.1088775367611.08145224898-0.8273354366271.763386818330.05100476271470.1538343547750.010896538995-0.0624554332521-0.160449534353-0.1049224465170.08953079670230.3347812037275.74220170177E-50.6299630219230.155420828308-0.00901879515610.7154156561940.06795060109790.64132832290258.587475999914.6246700462-3.03674861175
20.2371062212490.575025431945-0.2640772219250.771945467840.1320156057141.233278763230.1177558896160.008430959738590.3345109445170.136142771996-0.1209204324730.21051365099-0.122085698651-0.02840589920721.7634594797E-70.6967310044030.1629107029160.06797164339260.6345281948980.04044433812490.80470231415930.225528527425.245663361916.867763641
30.6904856680080.391404330343-0.3631724559160.601985644814-0.5388544540420.3107723892230.123098840866-0.01204438021180.293282291096-0.0351381771012-0.01592665833660.1489903098190.0807705082861-0.561646354230.000102582528580.759990842432-0.0343295686994-0.07498150193210.8290394408760.01834075322570.72288888871221.5996706712.661331028596.44051195181
40.9833379503690.428019242239-0.01477330826830.3247640671210.144263977161.164003216380.003592595486790.135836035273-0.00281372378858-0.1856594983040.02527959472670.002068800274420.43894162013-0.241166271515-1.18621984992E-60.850042663103-0.0177199601656-0.06357071839170.55921504320.04196562239050.59421756574434.06132218672.502922316861.7386121342
50.117775640749-0.2608873335990.1812300710670.215519232768-0.4722267211690.649253835691-0.34975429131-0.28605628473-0.0477348905643-0.0128031718843-0.0251599857021-0.0728140967253-0.95277091509-0.3262913305890.0005416365844170.901436391451-0.072119150696-0.09540491077670.7150738802940.02533139606060.88412652537841.62572461421.274876684819.6127170843
60.06811361096390.03217894858050.07614644787660.009174000798240.02924313289460.103354232421-0.638926269589-0.5943209370361.114724225960.6800076430460.472491228077-0.171890637719-0.176697976717-0.567054742180.0004447754154140.9149903030760.0296893244578-0.02972490236390.799490417027-0.004310527729140.75349114959731.00969704924.3947704110822.359220368
70.004294502195280.0360084086044-0.1016156492590.0292574938399-0.05775126153010.07102476273720.366448843381-1.29734231524-0.3494843958190.207759734834-0.8353299077830.928327099826-0.1578643207690.000734026753263-0.0002528918546470.7334854002970.02051293860890.06504018092870.699180438254-0.01218002314820.749130231939.935855316216.262322487513.251891092
80.170377807766-0.00700693831359-0.0332103380781-0.0298717073673-0.0385750491158-0.0124702188253-0.572793261341-0.3564236155850.411143974155-0.6055227606470.148536108590.0464734626748-2.223089797440.362359486935-8.51583975948E-51.01548140556-0.176479169289-0.1133764372510.940892845281-0.1305842731080.83760947529546.348474183528.282026911927.7583355825
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 294 through 452 )AA294 - 4522 - 160
22chain 'A' and (resid 453 through 603 )AA453 - 603161 - 311
33chain 'A' and (resid 604 through 685 )AA604 - 685312 - 393
44chain 'A' and (resid 686 through 832 )AA686 - 832394 - 540
55chain 'B' and (resid 101 through 112 )BC101 - 112
66chain 'C' and (resid 201 through 205 )CD201 - 205
77chain 'C' and (resid 206 through 210 )CD206 - 210
88chain 'C' and (resid 211 through 216 )CD211 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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