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- PDB-9fm2: Cryo-EM structure of Influenza B/Washington/02/2019 virus neurami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fm2
タイトルCryo-EM structure of Influenza B/Washington/02/2019 virus neuraminidase in complex with single-domain antibody hVHH-525.
要素
  • Neuraminidase
  • Single-domain antibody hVHH-525
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / neuraminidase / single-domain antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Felix, J. / Matthys, A. / Savvides, S.N. / Saelens, X.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S93223N ベルギー
Other privateFlanders Institute for Biotechnology (VIB) grant C0101 ベルギー
Other privateFlanders Institute for Biotechnology (VIB) grant C0301 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Single-domain antibodies directed against hemagglutinin and neuraminidase protect against influenza B viruses.
著者: Arne Matthys / Jan Felix / Joao Paulo Portela Catani / Kenny Roose / Wim Nerinckx / Benthe Van Buyten / Daria Fijalkowska / Nico Callewaert / Savvas N Savvides / Xavier Saelens /
要旨: Influenza B viruses are antigenically diverse and contribute significantly to the annual influenza burden. Here we report influenza B virus neutralizing single-domain antibodies that target highly ...Influenza B viruses are antigenically diverse and contribute significantly to the annual influenza burden. Here we report influenza B virus neutralizing single-domain antibodies that target highly conserved regions of the hemagglutinin and neuraminidase. Structural studies by single particle electron cryo-microscopy (cryo-EM) revealed that one of these single-domain antibodies prevents the conformational transition of the viral hemagglutinin to the post-fusion state by targeting a quaternary epitope spanning two protomers in the hemagglutinin-stem region. A second single-domain antibody broadly inhibits influenza B neuraminidase activity, including an oseltamivir-resistant neuraminidase, and its complex with neuraminidase elucidated by single particle cryo-EM established that it binds to residues in the neuraminidase catalytic site. Head-to-tail fusions of these single-domain antibodies led to bispecific binders that further improved the neutralization breadth and potency against influenza B viruses. These single-domain antibodies, fused to a human IgG1-Fc domain, fully protected female mice against an otherwise lethal influenza B virus challenge. Our findings underscore the potential of engineered single-domain antibodies to help control influenza B virus infections.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-domain antibody hVHH-525
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
E: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,1439
ポリマ－227,2585
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11330 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area54160 Å2

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要素

#1: 抗体 Single-domain antibody hVHH-525


分子量: 13094.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Komagataella phaffii (菌類)
#2: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 53540.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5J6DRQ4, exo-alpha-sialidase
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus neuraminidase (tetramer) and one copy of single-domain antibody hVHH-525
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.264 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
10.137 MSodium chloride1
20.0027 MPotassium Chloride1
30.01 MSodium Phosphate Dibasic1
40.0018 MPotassium Phosphate Monobasic1
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 28057

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.2CTF補正
10cryoSPARC4.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2分類
13cryoSPARC4.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 697697
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158674
詳細: Compositional heterogeneity of the sample necessitated the use of a 3D processing strategy combining symmetry expansion, focused 3D classification without alignment, signal subtraction and ...詳細: Compositional heterogeneity of the sample necessitated the use of a 3D processing strategy combining symmetry expansion, focused 3D classification without alignment, signal subtraction and localized refinement. The final particle set consists of 158674 symmetry expanded and signal subtracted particles.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.6→123.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / SU B: 34.585 / SU ML: 0.484 / ESU R: 0.868
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.34089 --
obs0.34089 69384 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 184.806 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 11567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.01211866
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01610830
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3521.82416053
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.4761.76525029
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.79251473
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg2.717579
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.57101956
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0680.21726
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.0213958
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.022730
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it29.2817.6955949
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other29.26717.6965949
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it45.6931.6457403
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other45.68831.6447404
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it30.00120.0115917
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other29.99820.0125918
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other46.36835.7658651
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined62.647215.2444296
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other62.646215.2444297
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.532 5113 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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