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- PDB-9fm1: Cryo-EM structure of Influenza B/Washington/02/2019 virus hemaggl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fm1
タイトルCryo-EM structure of Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutinin in complex with single-domain antibody hVHH-69.
要素
  • Hemagglutinin
  • Single-domain antibody hVHH-69
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / single-domain antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Felix, J. / Matthys, A. / Savvides, S.N. / Saelens, X.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S93223N ベルギー
Other privateFlanders Institute for Biotechnology (VIB) grant C0101
Other privateFlanders Institute for Biotechnology (VIB) grant C0301
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Single-domain antibodies directed against hemagglutinin and neuraminidase protect against influenza B viruses
著者: Matthys, A. / Felix, J. / Catani, J.P.P. / Roose, K. / Nerinckx, W. / Van Buyten, B. / Fijalkowska, D. / Callewaert, N. / Savvides, S.N. / Saelens, X.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Single-domain antibody hVHH-69
E: Single-domain antibody hVHH-69
F: Single-domain antibody hVHH-69
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,48512
ポリマ－237,1576
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area61650 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 65530.621 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6B9RSJ6
#2: 抗体 Single-domain antibody hVHH-69


分子量: 13521.857 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Komagataella phaffii (菌類)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutinin and single-domain antibody hVHH-69
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.27 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
10.137 MSodium chloride1
20.0027 MPotassium Chloride1
30.01 MSodium Phosphate Dibasic1
40.0018 MPotassium Phosphate Monobasic1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4352
詳細: Images were collected at 40 degree tilt to overcome preferred orientations.

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.2CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2分類
13cryoSPARC4.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4124258
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157829 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311844
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70416128
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.2984251
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491854
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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