PDB-9fm0: Human antibody (Fab) and P. aeruginosa (T3SS) protein PcrV-fragme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fm0

タイトル

Human antibody (Fab) and P. aeruginosa (T3SS) protein PcrV-fragment complex

要素

Human Fab Heavy Chain (FabHC) V-region
Human Fab Light Chain (FabLC) V-region
Type III secretion protein PcrV

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HUMAN ANTIBODIES / TYPE III SECRETION SYSTEM / PCRV / VIRULENCE / PSEUDOMONAS / BACTERIAL INFECTION / antimicrobials / anti-virulence / mAb / AMR

機能・相同性

Low calcium response V antigen / Virulence-associated V antigen superfamily / V antigen (LcrV) protein / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / extracellular space / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Type III secretion protein PcrV

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Desveaux, J.M. / Contreras Martel, C. / Dessen, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human antibodies that target the Type III Secretion System of Pseudomonas aeruginosa inhibit translocon function and cytotoxicity
著者: Desveaux, J.M. / Faudry, E. / Contreras-Martel, C. / Cretin, F. / Dergan-Dylon, S. / Amen, A. / Bally, I. / Tardivy-Casemajor, V. / Chenavier, F. / Caspar, Y. / Attree, I. / Dessen, A. / Poignard, P.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fm0.cif.gz	573.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fm0.ent.gz	363.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9fm0_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fm0_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	9fm0_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	9fm0_validation.cif.gz	67.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fm0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1732137788 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15151/ESRF-ES-1131971883

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Human Fab Heavy Chain (FabHC) V-region

B: Human Fab Heavy Chain (FabHC) V-region

C: Human Fab Light Chain (FabLC) V-region

D: Human Fab Light Chain (FabLC) V-region

E: Type III secretion protein PcrV

F: Type III secretion protein PcrV

ヘテロ分子

124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Human Fab Heavy Chain (FabHC) V-region

C: Human Fab Light Chain (FabLC) V-region

E: Type III secretion protein PcrV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, (ab/c) and (ab/c)2 can be observed under gel filtration
61.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Human Fab Heavy Chain (FabHC) V-region

D: Human Fab Light Chain (FabLC) V-region

F: Type III secretion protein PcrV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.582, 92.308, 105.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.828, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	1 - 225
2	1	1	A	1 - 225
3	2	2	A	1 - 214
4	2	2	A	1 - 214
5	3	3	A	122 - 249
6	3	3	A	122 - 249

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質	Type III secretion protein PcrV 分子量: 14359.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-ter TAG from residue K17 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: pcrV, PA1706 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD49

-
抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: 抗体	Human Fab Heavy Chain (FabHC) V-region 分子量: 23748.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: MEMORY B / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Human Fab Light Chain (FabLC) V-region 分子量: 23320.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: MEMORY B / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): KIDNEY

-
非ポリマー , 3種, 402分子

#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.2 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Micro-seeding, 0.1 M Sodium Acetate pH 5, 25% PEG 1000, 0.001M ZnCl2 PH範囲: 4.5-5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.559→49.21 Å / Num. obs: 52157 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.38 % / B_iso Wilson estimate: 45.86 Å² / CC_1/2: 0.977 / R_sym value: 0.2 / Net I/σ(I): 5.02
反射シェル	解像度: 2.56→2.71 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 8128 / CC_1/2: 0.312 / R_sym value: 1.53 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	20220820	データ削減
XSCALE	20220820	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.56→49.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 27.515 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.262 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	2086	3.999 %
R_work	0.2097	50071	-
all	0.211	-	-
obs	-	52157	99.54 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.739 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.306 Å²	0 Å²	-0.474 Å²
2-	-	-0.233 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.156 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→49.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8596	0	46	392	9034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	8835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8148
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.002	0.01	470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.802	11978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.456	1.741	18847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.449	5	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.495	5	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.536	10	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.825	10	361
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	10459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	7397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.102	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.154	2.908	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.152	2.908	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.543	5.215	5660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.543	5.215	5661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.81	3.238	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.81	3.239	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.588	5.773	6315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.588	5.774	6316
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.67	30.463	9782
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.646	30.022	9750
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.027	0.05	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.042	0.05	6613
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.051	0.05	4041

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02686	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02686	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04171	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04171	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05086	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05086	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.56-2.626	0.451	175	0.394	3647	0.396	3851	0.867	0.903	99.2469	0.399
2.626-2.698	0.374	141	0.402	3573	0.401	3746	0.916	0.893	99.1458	0.406
2.698-2.776	0.406	137	0.374	3465	0.375	3625	0.892	0.909	99.3655	0.371
2.776-2.861	0.318	140	0.328	3399	0.328	3544	0.934	0.933	99.8589	0.321
2.861-2.955	0.327	138	0.301	3310	0.302	3457	0.931	0.943	99.7397	0.289
2.955-3.058	0.295	133	0.262	3177	0.264	3318	0.943	0.956	99.7589	0.247
3.058-3.173	0.235	137	0.244	3075	0.244	3222	0.964	0.963	99.6896	0.222
3.173-3.302	0.249	124	0.234	2933	0.235	3061	0.959	0.968	99.8693	0.214
3.302-3.448	0.238	102	0.226	2828	0.226	2949	0.97	0.974	99.3557	0.208
3.448-3.616	0.222	124	0.205	2730	0.206	2857	0.97	0.979	99.895	0.19
3.616-3.81	0.249	100	0.197	2594	0.199	2718	0.96	0.98	99.117	0.182
3.81-4.04	0.211	103	0.181	2426	0.183	2556	0.975	0.982	98.9437	0.164
4.04-4.316	0.198	86	0.149	2298	0.15	2389	0.979	0.988	99.7907	0.136
4.316-4.659	0.177	93	0.135	2161	0.136	2260	0.983	0.989	99.7345	0.125
4.659-5.099	0.174	84	0.137	1998	0.138	2089	0.983	0.99	99.6649	0.126
5.099-5.694	0.182	67	0.139	1792	0.141	1862	0.979	0.99	99.8389	0.129
5.694-6.56	0.179	65	0.158	1608	0.159	1681	0.984	0.988	99.5241	0.145
6.56-7.999	0.218	70	0.175	1354	0.177	1425	0.973	0.983	99.9298	0.162
7.999-11.166	0.155	39	0.143	1065	0.143	1110	0.98	0.988	99.4595	0.145
11.166-49.21	0.197	28	0.204	638	0.203	669	0.98	0.975	99.5516	0.215

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.972	-0.0941	-0.534	0.4017	0.0407	1.9617	-0.0063	0.0973	-0.0354	-0.0472	0.0173	-0.0725	0.0211	0.0513	-0.011	0.103	-0.0168	-0.0246	0.0208	-0.0173	0.234	17.6407	-8.1989	49.7537
2	0.9817	-0.0678	0.4699	0.4342	-0.0741	1.9425	-0.0298	0.1251	0.0524	-0.0755	0.0131	0.0664	-0.0767	-0.0236	0.0167	0.0992	-0.0243	0.0029	0.0273	0.0243	0.2394	-0.8849	63.7661	49.6351
3	0.6695	0.1124	-0.358	0.8005	0.2687	1.3757	0.0215	0.2377	0.0693	-0.2476	0.0621	-0.0094	-0.1567	0.0096	-0.0836	0.1482	-0.0056	-0.0241	0.1204	0.0448	0.2728	23.3057	7.5298	42.7331
4	0.7216	0.1522	0.4598	0.8253	-0.3324	1.7333	0.0287	0.2438	-0.0781	-0.2146	0.0787	0.0469	0.1725	-0.0197	-0.1074	0.1245	-0.0128	0.0012	0.1396	-0.0449	0.267	-6.4741	48.0463	42.565
5	1.7968	-1.284	-0.068	3.9159	0.2199	1.6476	-0.0151	-0.1904	0.0502	0.2873	0.0754	0.0418	0.0279	-0.113	-0.0604	0.1354	-0.0125	-0.0393	0.1465	-0.0113	0.1835	8.6746	7.3384	88.6407
6	1.5133	-0.2443	0.1113	2.4248	-0.2316	1.8944	0.0079	-0.0882	-0.0069	0.3139	0.0131	0.0222	-0.0694	0.0378	-0.0209	0.153	-0.0111	0.0192	0.1139	0	0.1828	8.6795	47.9998	88.5453

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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