[日本語] English
万見
- PDB-9fkr: KAT6A IN COMPLEX WITH SMALL MOLECULE INHIBITOR BAY-184 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fkr
タイトルKAT6A IN COMPLEX WITH SMALL MOLECULE INHIBITOR BAY-184
要素Histone acetyltransferase KAT6A
キーワードTRANSFERASE / HISTONE ACETYLTRANSFERASE / SMALL MOLECULE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / protein acetylation / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / chromosome organization / histone H4K16 acetyltransferase activity ...histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / protein acetylation / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / chromosome organization / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / transcription coregulator activity / PML body / cellular senescence / nucleosome / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 ...: / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / PHD-finger / Acyl-CoA N-acyltransferase / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone acetyltransferase KAT6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Puetter, V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and Characterization of BAY-184: A New Potent and Selective Acylsulfonamide-Benzofuran In Vivo -Active KAT6AB Inhibitor.
著者: Ter Laak, A. / Hillig, R.C. / Ferrara, S.J. / Korr, D. / Barak, N. / Lienau, P. / Herbert, S. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Neuhaus, R. / Gorjanacz, M. / Puetter, V. / Badock, V. / Bone, W. / ...著者: Ter Laak, A. / Hillig, R.C. / Ferrara, S.J. / Korr, D. / Barak, N. / Lienau, P. / Herbert, S. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Neuhaus, R. / Gorjanacz, M. / Puetter, V. / Badock, V. / Bone, W. / Strathdee, C. / Siegel, F. / Schatz, C. / Nowak-Reppel, K. / Doehr, O. / Gradl, S. / Hartung, I.V. / Meyerson, M. / Bouche, L.
履歴
登録2024年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase KAT6A
B: Histone acetyltransferase KAT6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7958
ポリマ－64,3462
非ポリマー1,4486
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer in gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area26900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.805, 59.921, 65.850
Angle α, β, γ (deg.)92.22, 90.82, 103.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase KAT6A / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / MYST-3 / Monocytic leukemia zinc finger protein / Runt- ...MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / MYST-3 / Monocytic leukemia zinc finger protein / Runt-related transcription factor-binding protein 2 / Zinc finger protein 220


分子量: 32173.229 Da / 分子数: 2 / 変異: R507G, C508S, C638S, C646S, C723S, C773S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: R507G, C508S are cloning artifacts, from TEV cleavage site. C638S, C646S, C723S, C773S are engineered.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT6A, MOZ, MYST3, RUNXBP2, ZNF220
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92794, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-A1IDR / 6-(dimethylamino)-~{N}-(2-phenylphenyl)sulfonyl-1-benzofuran-2-carboxamide


分子量: 420.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20N2O4S
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: RESERVOIR 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.1-7.5, 17-21% PEG 3350 (W/V). PROTEIN CONCENTRATION 7.1 MG/ML, PROTEIN PREINCUBATED WITH 4 MILLIMOLAR ACETYL-COA. DROPS MADE FROM 0.8 MICROLITER PROTEIN ...詳細: RESERVOIR 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.1-7.5, 17-21% PEG 3350 (W/V). PROTEIN CONCENTRATION 7.1 MG/ML, PROTEIN PREINCUBATED WITH 4 MILLIMOLAR ACETYL-COA. DROPS MADE FROM 0.8 MICROLITER PROTEIN AND 0.8 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION. CRYSTAL WASHED IN RESERVOIR SOLUTION, THEN COMPOUND BACKSOAKED FOR 10 DAYS AT 10 MILLIMOLAR.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→65.79 Å / Num. obs: 15260 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 68.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 2317 / CC1/2: 0.606 / Rrim(I) all: 1.307 / Rsym value: 1.188 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
pointless1.10.18データスケーリング
XDSVERSION Nov 11, 2017データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→44.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 33.966 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23766 763 5 %RANDOM
Rwork0.19703 ---
obs0.199 14496 97.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å2-0.4 Å2-0.22 Å2
2---0.02 Å20.09 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.69→44.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4343 0 76 42 4461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134579
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.6716200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0321.5839855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.59421.845233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84215803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4611524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9134.1252096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9134.1252095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8339.2672614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8339.2672615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3334.4122483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3244.4042481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4169.7733585
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.75347.894788
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.75847.9164789
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8122 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.756 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 48 -
Rwork0.419 920 -
obs--83.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2720.02390.79063.2885-0.37663.82950.1375-0.0830.1373-0.1389-0.06990.08940.46570.0475-0.06760.0693-0.01330.05950.0456-0.1490.5073-10.67529.269-15.965
22.49160.721.10912.17171.63438.44510.12940.5162-0.0786-0.4249-0.1210.12690.86320.4348-0.00840.44340.12330.13250.1701-0.07440.2356-8.88927.44-43.227
32.4921.1721-0.03893.48520.74693.16760.0948-0.18090.03770.00050.0275-0.0428-0.26960.2783-0.12240.0313-0.04410.06390.0798-0.16770.5697-5.42857.613-7.109
41.58320.10380.09531.15450.92736.72150.2595-0.4193-0.25960.6102-0.2344-0.2159-0.37350.3406-0.02510.6461-0.2225-0.04220.509-0.04850.5695-3.93157.87719.239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A507 - 679
2X-RAY DIFFRACTION2A680 - 778
3X-RAY DIFFRACTION3B507 - 679
4X-RAY DIFFRACTION4B680 - 778

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る