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- PDB-9fjd: Expanded CVB1-VLP (Tween80) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fjd
タイトルExpanded CVB1-VLP (Tween80)
要素
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP2
  • Capsid protein VP3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / coxsackievirus B1 / vaccine / Tween80
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Plavec, Z. / Butcher, S.J.
資金援助 フィンランド, 4件
組織認可番号国
Sigrid Juselius Foundation95-7202-38 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation121-8570-56 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation210034 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation240002 フィンランド
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Comparison of structure and immunogenicity of CVB1-VLP and inactivated CVB1 vaccine candidates.
著者: Saana Soppela / Zlatka Plavec / Stina Gröhn / Minne Jartti / Sami Oikarinen / Mira Laajala / Varpu Marjomaki / Sarah J Butcher / Minna M Hankaniemi
要旨: Coxsackievirus B1 (CVB1) is a common cause of acute and chronic myocarditis, dilated cardiomyopathy and aseptic meningitis. However, no CVB-vaccines are available for human use. In this study, we ...Coxsackievirus B1 (CVB1) is a common cause of acute and chronic myocarditis, dilated cardiomyopathy and aseptic meningitis. However, no CVB-vaccines are available for human use. In this study, we investigated the immunogenicity of virus-like particle (VLP) and inactivated whole-virus vaccines for CVB1 when administrated to mice via either subcutaneous or intranasal routes formulated with and without commercial and experimental adjuvants. Here, the potential of utilizing epigallocatechin-3-gallate (EGCG) as a mucosal adjuvant synergistically with its ability to inactivate the virus were investigated. EGCG had promising adjuvant properties for CVB1-VLP when administered via the parenteral route but limited efficacy via intranasal administration. However, intranasal administration of the formalin-inactivated virus induced high CVB1-specific humoral, cellular, and mucosal immune responses. Also, based on CVB1-specific IgG-antibody responses, we conclude that CVB1-VLP can be taken up by immune cells when administrated intranasally and further structural engineering for the VLP may increase the mucosal immunogenicity. The preparations contained mixtures of compact and expanded A particles with 85% expanded in the formalin-inactivated virus, but only 52% in the VLP observed by cryogenic electron microscopy. To correlate the structure to immunogenicity, we solved the structures of the CVB1-VLP and the formalin-inactivated CVB1 virus at resolutions ranging from 2.15 A to 4.1 A for the expanded and compact VLP and virus particles by image reconstruction. These structures can be used in designing mutations increasing the stability and immunogenicity of CVB1-VLP in the future. Overall, our results highlight the potential of using formalin inactivated CVB1 vaccine in mucosal immunization programs and provide important information for future development of VLP-based vaccines against all enteroviruses.
履歴
登録2024年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年10月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_imaging / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model ..._em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id
解説: Sequence discrepancy / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.12025年10月1日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data collection / Data processing ...Data collection / Data processing / Database references / Experimental summary / Other / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_admin / em_imaging ...em_admin / em_imaging / em_software / entity / entity_poly / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model ..._em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP2
3: Capsid protein VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1553
ポリマ－78,1553
非ポリマー00
水00
1
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP2
3: Capsid protein VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,689,273180
ポリマ－4,689,273180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 24943.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A7T7KAA0
#2: タンパク質 Capsid protein VP2


分子量: 27725.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A7T7KAA0
#3: タンパク質 Capsid protein VP3


分子量: 25485.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A7T7KAA0
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Coxsackievirus B1 / タイプ: VIRUS
詳細: Coxsackievirus B1 virus-like particle based on CVB1-10796, isolated from Argentina.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: capsid
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影電子線照射量: 63.368 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117738 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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