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- PDB-9fie: X-ray structure of furin (PCSK3) in complex with the PC1/3 (PCSK1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fie
タイトルX-ray structure of furin (PCSK3) in complex with the PC1/3 (PCSK1) prodomain mutant R77A,R80A,R81A
要素
  • Furin
  • Neuroendocrine convertase 1
キーワードHYDROLASE / furin / proprotein convertase subtilisin/kexin type 3 / PCSK3 / PCSK1 / prodomain / complex / activation
機能・相同性
機能・相同性情報


proprotein convertase 1 / Peptide hormone biosynthesis / insulin processing / furin / nerve growth factor production / dibasic protein processing / plasma lipoprotein particle remodeling / NGF processing / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes ...proprotein convertase 1 / Peptide hormone biosynthesis / insulin processing / furin / nerve growth factor production / dibasic protein processing / plasma lipoprotein particle remodeling / NGF processing / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / regulation of cholesterol transport / signal peptide processing / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / peptide biosynthetic process / Pre-NOTCH Processing in Golgi / nerve growth factor binding / Synthesis and processing of ENV and VPU / cytokine precursor processing / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Formation of the cornified envelope / secretion by cell / Signaling by PDGF / trans-Golgi network transport vesicle / Signaling by NODAL / heparan sulfate binding / blastocyst formation / Elastic fibre formation / peptide hormone processing / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / zymogen activation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / Insulin processing / Activation of Matrix Metalloproteinases / Maturation of hRSV A proteins / regulation of protein catabolic process / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Collagen degradation / collagen catabolic process / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / Uptake and function of anthrax toxins / extracellular matrix disassembly / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / regulation of signal transduction / endopeptidase activator activity / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / transport vesicle / viral life cycle / extracellular matrix organization / serine-type peptidase activity / peptide binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein maturation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / serine-type endopeptidase inhibitor activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / trans-Golgi network / protein processing / Golgi lumen / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / cell-cell signaling / peptidase activity / heparin binding / protease binding / secretory granule lumen / endopeptidase activity / viral translation / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / neuron projection / endosome membrane / viral protein processing / membrane raft / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / serine-type endopeptidase activity / cell surface / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prohormone convertase enzyme / Prohormone convertase enzyme / Peptidase S8, pro-domain / Peptidase S8, pro-domain superfamily / Peptidase S8 pro-domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8, subtilisin, His-active site ...Prohormone convertase enzyme / Prohormone convertase enzyme / Peptidase S8, pro-domain / Peptidase S8, pro-domain superfamily / Peptidase S8 pro-domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Furin / Neuroendocrine convertase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dahms, S.O. / Brandstetter, H.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP36648-B オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into proprotein convertase activation facilitate the engineering of highly specific furin inhibitors.
著者: Klaushofer, R. / Bloch, K. / Eder, L.S. / Marzaro, S. / Schubert, M. / Bottcher-Friebertshauser, E. / Brandstetter, H. / Dahms, S.O.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Furin
B: Neuroendocrine convertase 1
C: Furin
D: Neuroendocrine convertase 1
E: Furin
F: Neuroendocrine convertase 1
G: Furin
H: Neuroendocrine convertase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,62428
ポリマ－247,7618
非ポリマー86320
水15,691871
1
A: Furin
B: Neuroendocrine convertase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1067
ポリマ－61,9402
非ポリマー1665
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
2
C: Furin
D: Neuroendocrine convertase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0836
ポリマ－61,9402
非ポリマー1434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
3
E: Furin
F: Neuroendocrine convertase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3288
ポリマ－61,9402
非ポリマー3876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
4
G: Furin
H: Neuroendocrine convertase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1067
ポリマ－61,9402
非ポリマー1665
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.800, 83.740, 103.160
Angle α, β, γ (deg.)98.500, 89.930, 95.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Furin / Dibasic-processing enzyme / Paired basic amino acid residue-cleaving enzyme / PACE


分子量: 52388.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FURIN, FUR, PACE, PCSK3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09958, furin
#2: タンパク質
Neuroendocrine convertase 1 / NEC 1 / Prohormone convertase 1 / Proprotein convertase 1 / PC1


分子量: 9551.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK1, NEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29120, proprotein convertase 1

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 890分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.75 M NaAc pH 7.0, 10 mM Hepes pH 7.4, 1 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885603 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885603 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.6 Å / Num. obs: 183598 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 25.36 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 5.52
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 13581 / CC1/2: 0.578 / Rrim(I) all: 1.261 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021データ削減
XSCALEVERSION Feb 5, 2021データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.6 Å / SU ML: 0.2338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.8888
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 9177 5 %
Rwork0.1956 174368 -
obs0.1967 183545 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16890 0 33 871 17794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002717777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.583424269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04412600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00513255
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.84476385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.34323040.31895772X-RAY DIFFRACTION98.89
2.02-2.050.33953060.3085829X-RAY DIFFRACTION99.9
2.05-2.070.31893080.28715837X-RAY DIFFRACTION99.82
2.07-2.10.30153070.27845845X-RAY DIFFRACTION99.84
2.1-2.130.30983040.27655786X-RAY DIFFRACTION99.89
2.13-2.150.29683070.26965841X-RAY DIFFRACTION99.87
2.15-2.190.2843070.25825824X-RAY DIFFRACTION99.85
2.19-2.220.26813050.24685790X-RAY DIFFRACTION99.85
2.22-2.250.29463070.24855834X-RAY DIFFRACTION99.68
2.25-2.290.27553070.24055828X-RAY DIFFRACTION99.45
2.29-2.330.26493050.23595799X-RAY DIFFRACTION99.38
2.33-2.370.25353050.22515786X-RAY DIFFRACTION99.35
2.37-2.420.25973040.21685785X-RAY DIFFRACTION99.67
2.42-2.470.25623070.2235842X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-2.520.23513060.21625847X-RAY DIFFRACTION99.87
2.52-2.580.25033070.21015819X-RAY DIFFRACTION99.82
2.58-2.640.25173060.2175823X-RAY DIFFRACTION99.85
2.64-2.710.24583050.21425791X-RAY DIFFRACTION99.74
2.71-2.790.23043070.21295823X-RAY DIFFRACTION99.84
2.79-2.880.25773080.22535858X-RAY DIFFRACTION99.76
2.88-2.990.24843050.21375800X-RAY DIFFRACTION99.69
2.99-3.110.21863060.20935812X-RAY DIFFRACTION99.77
3.11-3.250.21143070.19835814X-RAY DIFFRACTION99.76
3.25-3.420.20333040.18915779X-RAY DIFFRACTION99.23
3.42-3.630.18073050.16025800X-RAY DIFFRACTION99.41
3.63-3.910.17163060.14925822X-RAY DIFFRACTION99.8
3.91-4.310.14963070.12815819X-RAY DIFFRACTION99.76
4.31-4.930.13613070.12625829X-RAY DIFFRACTION99.58
4.93-6.210.1823040.1545776X-RAY DIFFRACTION99.41
6.21-46.60.18923040.18035758X-RAY DIFFRACTION98.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.852063950835-0.0801185583909-0.1472304620960.3578788671180.02948837322270.352214452174-0.004763984092710.08024670792130.1194967689460.00524600400942-0.00635604706289-0.01484744975960.03832645764090.0374827842674-7.61792967467E-70.2063939191950.0289366183893-0.0002164816285610.2417509678620.0103209342470.212244640557-17.1382500843-38.497386384430.7198373192
20.1969651698220.028233515516-0.03857940313560.07269358378930.02743234794930.0220985272891-0.153452215651-0.218880804937-0.02637217440730.09698824796330.1233164564740.0413844634479-0.03987196301020.00895811534338-2.89011776001E-50.2146378721140.05208291204010.01055435944850.3156427266520.01312050100810.3396200862719.32765714294-50.594407597830.4287878164
30.2230665211770.0430019963959-0.1018383695610.254047641529-0.06023872049710.490584348164-0.0119162421749-0.04806454403320.01324657296810.02824752214480.0207500003851-0.0212184395125-0.05798847943350.00839731664496-9.32580881091E-70.2041876790350.0262210135561-0.006758509410090.332600048858-0.008031440673950.19720247165214.9245472618-42.4751937651-19.5580575459
40.01539787998440.01090560758070.0787853954250.2840537299830.2018911657830.4931307316930.006623966574860.04158327046210.3541630030710.161969892757-0.08141604437420.340372837149-0.0287364047501-0.21261927207-0.01525797115610.2483012240140.0721739023112-0.02754046637240.294407261325-0.04042017956780.568356895983-0.442839878693-18.3129140148-10.9492806493
50.4787653091860.07168534413740.07002900144640.3827152799230.02194657002640.655126535545-0.0085981484002-0.00388731148248-0.0167959961053-0.0175032616946-0.0432117947172-0.004558413385590.0006762142765950.0155738429718-5.41576502749E-60.2237688204340.0367013084985-0.003821392452760.3016704739-0.01605284878590.198802924527-12.3458236512-72.471563233-26.7117382268
60.150075786945-0.0303356630560.03882659890820.0421807492969-0.01914307251820.0219239405059-0.102612517921-0.0831498588785-0.03232184303640.04440609748430.1004863360710.02762738440340.05429745597790.0534007732886-2.49434436354E-50.2153533660280.0683529262072-0.01702278136120.431558202568-0.06243855469050.311309126737-39.4208364758-60.7236768022-22.9697094074
70.4559550498840.05338640384570.09399343142380.263927344229-0.02181703389190.457087830163-0.006321825044980.00151693699241-0.0488455684082-0.01000035316190.01124898025730.03609081987970.0227357897587-0.03268566542163.4641868556E-60.1928221173890.0110394863412-0.002235443855650.242524852093-8.4332871521E-50.205236993174-44.4372404465-69.225924421328.4112769297
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA110 - 5741 - 465
22chain BBH29 - 1101 - 82
33chain CCI108 - 5741 - 467
44chain DDO29 - 1101 - 82
55chain EEP - K110 - 5741
66chain FFW29 - 1101 - 82
77chain GGX108 - 5741 - 467
88chain HHH29 - 1101 - 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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