PDB-9fhk: Structure of the F13 protein of Vaccinia virus (P21 crystal form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fhk

タイトル

Structure of the F13 protein of Vaccinia virus (P21 crystal form)

要素

Envelope phospholipase OPG057

キーワード

VIRAL PROTEIN / poxvirus / tecovirimat / phospholipase D / vaccinia virus

機能・相同性

機能・相同性情報

viral membrane / viral budding from Golgi membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / phospholipase D / phospholipase D activity / viral budding via host ESCRT complex / host cell Golgi apparatus / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vernuccio, R. / Guardado-Calvo, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into tecovirimat antiviral activity and poxvirus resistance.
著者: Vernuccio, R. / Martinez Leon, A. / Poojari, C.S. / Buchrieser, J. / Selverian, C.N. / Jaleta, Y. / Meola, A. / Guivel-Benhassine, F. / Porrot, F. / Haouz, A. / Chevreuil, M. / Raynal, B. / ...

履歴

登録	2024年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fhk.cif.gz	349.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fhk.ent.gz	237.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fhk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fhk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fhsC 9fizC 9fj0C 9fj1C 9fjaC 9hahC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Envelope phospholipase OPG057

A: Envelope phospholipase OPG057

88.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Analytical ultracentrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.350, 94.111, 73.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.941, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 6 through 173 or resid 193 through 372))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	SER	SER	ILE	ILE	A	B	6 - 372	33 - 399
d_2	1	SER	SER	ALA	ALA	B	A	6 - 173	33 - 200
d_2	2	TYR	TYR	ILE	ILE	B	A	193 - 372	220 - 399

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.623590169669, -0.00293911942302, 0.781745906206), (1.0598630179E-5, -0.999992964148, -0.00375120549905), (0.781751431198, -0.00233092943786, 0.623585813331) ...

#1: タンパク質	Envelope phospholipase OPG057 / 37 kDa protein / Envelope phospholipase F13 / Palmitoylated EV membrane protein / p37K 分子量: 44363.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス) 遺伝子: OPG057, VACWR052, F13L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P04021, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素, phospholipase D
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20%(w/v) PEG 3350, 0.1M Hepes 7.5, 2%(v/v) Tacsimate (cryoprotected in 20% glycerol)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978564321995 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978564321995 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.44 Å / Num. obs: 40522 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 54.21 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 3297 / CC_1/2: 0.522

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→39.44 Å / SU ML: 0.3353 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3585
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	2009	4.96 %
R_work	0.2181	38474	-
obs	0.2197	40483	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5533	0	0	70	5603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	5647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4625	7651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0419	873
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	975
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.057	2051

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.69038835267 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.3906	166	0.3598	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.15-2.21	0.3426	126	0.3352	2712	X-RAY DIFFRACTION	97.76
2.21-2.28	0.3809	146	0.3137	2718	X-RAY DIFFRACTION	97.78
2.28-2.35	0.3222	131	0.2837	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.35-2.43	0.2862	125	0.2788	2726	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.43-2.53	0.2877	134	0.2825	2736	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.53-2.65	0.3351	146	0.2848	2748	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.65-2.79	0.2981	135	0.2672	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.79-2.96	0.2991	129	0.274	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.96-3.19	0.3186	162	0.2614	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.19-3.51	0.2544	130	0.2408	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.51-4.02	0.2315	159	0.2068	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.02-5.06	0.1934	164	0.1649	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.06-39.44	0.2183	156	0.1726	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.1

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.45110539307	-0.306120245483	-0.678441533984	2.94431917249	-0.194228767327	3.15098158017	0.13033822723	0.308882089983	-0.509448378459	-0.12712029646	-0.173025789966	0.0736326453999	0.60022768293	-0.239399078937	-1.88797948591E-5	0.661693356624	0.00173566915528	-0.0695307657054	0.502755234056	-0.142596614601	0.602410836713	5.17654161842	-56.0161024102	-22.8614306033
2	1.73205453988	-1.40781028926	-0.602406749363	1.32501599367	0.277653588334	1.50964672281	0.00653484057371	-0.824719664448	0.38021435546	0.359823460287	-0.0282694589218	0.0763932706938	-0.203556479259	0.194102170578	-9.39547831261E-5	0.652628003463	-0.0335889624937	-0.0257089866954	0.716665137222	0.00394257215352	0.594453750123	6.11264914111	-41.0658972729	-9.77319320473
3	2.11398270949	-1.81192296813	-1.03295763165	3.17158207437	-0.477682377394	2.42496404676	0.228593274792	0.396777878378	-0.122330787028	-0.146911028465	-0.265819388139	0.340417036458	0.0833774957338	-0.171616883148	-0.000151545776755	0.54144907428	-0.00643361500251	-0.0100765875176	0.600888290351	-0.0690431594236	0.4698109129	-4.01839084647	-30.3795430533	-25.100551462
4	1.72385960845	-2.0253325869	-0.357438705657	2.3091143235	0.229257236558	2.05024543413	0.397018694218	0.867659500307	0.0578541327922	-0.632924320627	-0.424736947256	0.234933381313	0.00451708984579	-0.0760693210767	1.80075658208E-5	0.586755610067	0.0722748529014	-0.0504434733615	0.647951415578	-0.011549897064	0.501008155645	-1.91420568009	-31.2658297653	-31.9529887065
5	1.12604671292	0.244592967561	0.194418026232	3.14443003271	-0.401706800494	1.646827781	0.362588869017	0.671673477689	-0.181748540201	-0.403964585964	-0.267858700115	-0.0366961356961	-0.0494501572094	-0.084572322611	0.000102203623848	0.580988264459	0.0832699313928	0.0375318820111	0.682032688813	-0.0603262224254	0.511846769979	4.21900356835	-37.2952015089	-28.9852119823
6	1.98284116046	-0.425323626675	0.526648752787	3.0105058226	-0.155270811768	2.18767575108	-0.398306872427	-0.0293209406735	0.344405622289	0.198431827793	0.199648193068	0.374004069872	-0.68759691199	-0.505617024213	-8.33735920626E-5	0.744200189291	0.246550179278	-0.0449974468353	0.657021145659	-0.00511614776251	0.691654405017	-25.9249550032	9.57364268934	-10.398196003
7	1.5441479545	0.814742031845	0.298617407713	1.87356160182	0.210094482077	1.33997732573	-0.495993085528	0.155919594614	0.730359803775	0.0546197639373	0.379921754813	0.114028990827	-0.940398116044	0.219043720909	-0.000630861127653	0.828927031564	0.0677646236755	-0.0803672969804	0.537585481726	0.0425683580779	0.609648776566	-13.3701710268	10.170313968	-12.3321797656
8	0.760011949455	0.0374336872691	-0.230184351682	1.13094145382	0.15652318299	0.0870312663664	-0.168396777219	-0.266701206267	0.212304897385	0.319538977703	0.0924801858302	0.0565829167956	-0.591741134962	-0.0697426565244	-0.000201898087138	0.655787239537	0.139051972991	-0.0507523822421	0.607940872867	-0.0314805290911	0.621621284334	-19.9769539496	4.02547727401	-7.02579950603
9	1.10252074856	-0.648204860998	0.177981061695	1.09581666875	0.523520858566	0.760438688395	0.51334914688	-1.09132161263	-0.335304971871	1.26530756355	-0.414056220909	-0.104085645483	-0.548193523033	0.67515402324	0.00103882171267	0.874547413469	0.0951473377355	0.043000893593	0.802493374584	-0.0073386048441	0.557673094019	-15.2485373239	-7.36890780781	0.340226915391
10	0.828039994667	-0.357061794322	-0.563774791584	1.11587526466	-0.232130231115	1.26004652297	-0.16110479221	-0.283243459839	-0.0656128636575	0.238994209228	0.1867144179	0.178640849275	0.329704435764	-0.236943633015	5.63272096727E-5	0.544637291678	0.0285749540125	0.0825507287537	0.510657125421	0.00272422296002	0.548878331585	-15.0128652188	-13.4840387448	-9.54600899322
11	2.14601526193	-1.55255414917	0.367168476208	1.6935450694	0.505820884882	1.0793745441	0.240630723631	0.0622240911536	0.165408241535	-0.00924890966343	-0.0128339045818	0.109016281133	-0.157131465825	0.131380167172	0.000620694683871	0.518434582086	-0.0916277153103	0.098861089212	0.507184658837	-0.0799610114936	0.565933808149	-11.6460560939	-18.3204050193	-20.4435800831
12	1.05679868268	-0.611471788099	0.0863630892027	0.795944820077	0.314158762093	0.348351566274	0.202918440097	1.24537405744	0.0634860105654	-1.26577571765	-0.0406272468986	0.497933438961	0.0771203443269	-0.115819606732	-0.00322276660251	0.736778257216	0.00939325644468	0.0392659594875	0.879489324493	-0.0409301678674	0.806602778558	-20.8203886516	-17.8377445428	-28.1142101136
13	2.33416241904	-0.573465316569	0.439197722545	2.03595694752	-0.106740072266	2.03866839339	-0.242852529759	0.169694547439	-0.322642139385	-0.0321449134393	0.109910139668	0.3421164764	0.0178459053729	-0.350261110897	-9.35847125349E-5	0.450812752305	-0.0125802746773	0.0848815660221	0.536872927774	-0.025113871755	0.581836520918	-21.6889278921	-11.4176106429	-14.8888460035
14	0.716857504616	0.385143726423	0.251776357763	1.42525663206	0.152003947717	0.745005884419	-0.287382536889	0.028005206545	-1.0891645319	0.0640219816347	-0.410365264302	0.919597487951	-0.0530605548834	-0.221361121786	-0.0531244392361	0.436846028284	-0.0329426851417	0.0141577037988	0.883684425842	-0.0008655426082	0.992544420504	-33.4899065583	-12.4131769778	-17.3405845157

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 6 through 170 )	A	B	6 - 170	1 - 165
2	2	chain 'A' and (resid 171 through 218 )	A	B	171 - 218	166 - 194
3	3	chain 'A' and (resid 219 through 283 )	A	B	219 - 283	195 - 259
4	4	chain 'A' and (resid 284 through 325 )	A	B	284 - 325	260 - 301
5	5	chain 'A' and (resid 326 through 372 )	A	B	326 - 372	302 - 348
6	6	chain 'B' and (resid 6 through 87 )	B	A	6 - 87	1 - 82
7	7	chain 'B' and (resid 88 through 132 )	B	A	88 - 132	83 - 127
8	8	chain 'B' and (resid 133 through 170 )	B	A	133 - 170	128 - 165
9	9	chain 'B' and (resid 171 through 207 )	B	A	171 - 207	166 - 184
10	10	chain 'B' and (resid 208 through 243 )	B	A	208 - 243	185 - 220
11	11	chain 'B' and (resid 244 through 268 )	B	A	244 - 268	221 - 245
12	12	chain 'B' and (resid 269 through 297 )	B	A	269 - 297	246 - 274
13	13	chain 'B' and (resid 298 through 347 )	B	A	298 - 347	275 - 324
14	14	chain 'B' and (resid 348 through 372 )	B	A	348 - 372	325 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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