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- PDB-9fiz: Structure of the F13 protein (mutant A295E) of Vaccinia virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fiz
タイトルStructure of the F13 protein (mutant A295E) of Vaccinia virus
要素Envelope phospholipase OPG057
キーワードVIRAL PROTEIN / poxvirus / phospholipase D / vaccinia virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral membrane / viral budding from Golgi membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / phospholipase D / phospholipase D activity / viral budding via host ESCRT complex / host cell Golgi apparatus / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
PLD-like domain / PLD-like domain / : / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Envelope phospholipase OPG057
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vernuccio, R. / Guardado-Calvo, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE11-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into tecovirimat antiviral activity and poxvirus resistance.
著者: Vernuccio, R. / Martinez Leon, A. / Poojari, C.S. / Buchrieser, J. / Selverian, C.N. / Jaleta, Y. / Meola, A. / Guivel-Benhassine, F. / Porrot, F. / Haouz, A. / Chevreuil, M. / Raynal, B. / ...著者: Vernuccio, R. / Martinez Leon, A. / Poojari, C.S. / Buchrieser, J. / Selverian, C.N. / Jaleta, Y. / Meola, A. / Guivel-Benhassine, F. / Porrot, F. / Haouz, A. / Chevreuil, M. / Raynal, B. / Mercer, J. / Simon-Loriere, E. / Chandran, K. / Schwartz, O. / Hub, J.S. / Guardado-Calvo, P.
履歴
登録2024年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope phospholipase OPG057
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,71415
ポリマ－42,3251
非ポリマー1,38914
水1,06359
1
A: Envelope phospholipase OPG057
ヘテロ分子

A: Envelope phospholipase OPG057
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,42830
ポリマ－84,6502
非ポリマー2,77928
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation28_555x,-y+1/2,-z+1/21
Buried area2380 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)280.979, 280.979, 280.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Space group name HallF423
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-z,y
#3: x,z,-y
#4: z,y,-x
#5: -z,y,x
#6: -y,x,z
#7: y,-x,z
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z,x
#11: z,-x,-y
#12: -y,z,-x
#13: -z,-x,y
#14: -z,x,-y
#15: y,-z,-x
#16: x,-y,-z
#17: -x,y,-z
#18: -x,-y,z
#19: y,x,-z
#20: -y,-x,-z
#21: z,-y,x
#22: -z,-y,-x
#23: -x,z,y
#24: -x,-z,-y
#25: x,y+1/2,z+1/2
#26: x,-z+1/2,y+1/2
#27: x,z+1/2,-y+1/2
#28: z,y+1/2,-x+1/2
#29: -z,y+1/2,x+1/2
#30: -y,x+1/2,z+1/2
#31: y,-x+1/2,z+1/2
#32: z,x+1/2,y+1/2
#33: y,z+1/2,x+1/2
#34: -y,-z+1/2,x+1/2
#35: z,-x+1/2,-y+1/2
#36: -y,z+1/2,-x+1/2
#37: -z,-x+1/2,y+1/2
#38: -z,x+1/2,-y+1/2
#39: y,-z+1/2,-x+1/2
#40: x,-y+1/2,-z+1/2
#41: -x,y+1/2,-z+1/2
#42: -x,-y+1/2,z+1/2
#43: y,x+1/2,-z+1/2
#44: -y,-x+1/2,-z+1/2
#45: z,-y+1/2,x+1/2
#46: -z,-y+1/2,-x+1/2
#47: -x,z+1/2,y+1/2
#48: -x,-z+1/2,-y+1/2
#49: x+1/2,y,z+1/2
#50: x+1/2,-z,y+1/2
#51: x+1/2,z,-y+1/2
#52: z+1/2,y,-x+1/2
#53: -z+1/2,y,x+1/2
#54: -y+1/2,x,z+1/2
#55: y+1/2,-x,z+1/2
#56: z+1/2,x,y+1/2
#57: y+1/2,z,x+1/2
#58: -y+1/2,-z,x+1/2
#59: z+1/2,-x,-y+1/2
#60: -y+1/2,z,-x+1/2
#61: -z+1/2,-x,y+1/2
#62: -z+1/2,x,-y+1/2
#63: y+1/2,-z,-x+1/2
#64: x+1/2,-y,-z+1/2
#65: -x+1/2,y,-z+1/2
#66: -x+1/2,-y,z+1/2
#67: y+1/2,x,-z+1/2
#68: -y+1/2,-x,-z+1/2
#69: z+1/2,-y,x+1/2
#70: -z+1/2,-y,-x+1/2
#71: -x+1/2,z,y+1/2
#72: -x+1/2,-z,-y+1/2
#73: x+1/2,y+1/2,z
#74: x+1/2,-z+1/2,y
#75: x+1/2,z+1/2,-y
#76: z+1/2,y+1/2,-x
#77: -z+1/2,y+1/2,x
#78: -y+1/2,x+1/2,z
#79: y+1/2,-x+1/2,z
#80: z+1/2,x+1/2,y
#81: y+1/2,z+1/2,x
#82: -y+1/2,-z+1/2,x
#83: z+1/2,-x+1/2,-y
#84: -y+1/2,z+1/2,-x
#85: -z+1/2,-x+1/2,y
#86: -z+1/2,x+1/2,-y
#87: y+1/2,-z+1/2,-x
#88: x+1/2,-y+1/2,-z
#89: -x+1/2,y+1/2,-z
#90: -x+1/2,-y+1/2,z
#91: y+1/2,x+1/2,-z
#92: -y+1/2,-x+1/2,-z
#93: z+1/2,-y+1/2,x
#94: -z+1/2,-y+1/2,-x
#95: -x+1/2,z+1/2,y
#96: -x+1/2,-z+1/2,-y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-549-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Envelope phospholipase OPG057 / 37 kDa protein / Envelope phospholipase F13 / Palmitoylated EV membrane protein / p37K


分子量: 42324.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
遺伝子: OPG057, VACWR052, F13L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P04021, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素, phospholipase D
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 M Na3 citrate, 0.1 M Imidazole pH 8 (cryoprotected with 33% glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.67 Å / Num. obs: 29768 / % possible obs: 96.14 % / 冗長度: 80.7 % / Biso Wilson estimate: 73.64 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 2921 / CC1/2: 0.644

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.67 Å / SU ML: 0.5764 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.8533
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 1396 4.88 %
Rwork0.2159 27236 -
obs0.218 28632 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2888 0 91 59 3038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48394079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0424459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.43291099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.73991020.83181723X-RAY DIFFRACTION62.41
2.69-2.80.64731180.60642756X-RAY DIFFRACTION99.1
2.8-2.930.43121480.38792753X-RAY DIFFRACTION99.93
2.93-3.080.36071480.28752791X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.280.32281410.26372775X-RAY DIFFRACTION99.9
3.28-3.530.33651390.26982821X-RAY DIFFRACTION99.97
3.53-3.880.22841500.19362810X-RAY DIFFRACTION99.97
3.89-4.450.23891390.17232851X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.60.2071430.15982882X-RAY DIFFRACTION99.97
5.6-49.670.19651680.17993074X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81946768976-0.3387578915090.9692729199772.48435438536-0.2640894941663.320341551930.1052373356020.153160034654-0.237268133491-0.177235231445-0.064739827592-0.1896305945810.2526046061350.131545249885-0.02878940299140.4778760961750.03979781052020.09246698523720.635234010182-0.03250671102590.599780713055-22.50303424844.923297260743.894816888
24.166216134410.779702297995-0.737625601565.373896413241.264339598022.28600628278-0.0792280421675-0.225185502029-0.05364610192980.449908614243-0.0255992271306-0.9999782155490.06603375653410.6739764350350.09432074580430.4543051120910.0179995704219-0.02496452181720.7689739605750.09887434866940.612271454821-12.40172691754.104408837151.966185879
32.80999794759-0.191450304771.119621450464.035261838230.7987782999474.597504848910.0122529851835-0.0807666771333-0.03113516895230.165272155932-0.2242312165230.329626245268-0.344285956029-0.4874149589070.1763789078230.4714446943930.01424180936610.02242540931710.522037910828-0.07705739364720.515957473066-30.362454906465.889308976656.2949868353
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 137 )6 - 1371 - 132
22chain 'A' and (resid 138 through 229 )138 - 229133 - 224
33chain 'A' and (resid 230 through 372 )230 - 372225 - 367

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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