PDB-9fhf: Crystal structure of human Glucose-6-phosphate isomerase with dih...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fhf

タイトル

Crystal structure of human Glucose-6-phosphate isomerase with dihydroxyacetone phosphate ligand

要素

Glucose-6-phosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Metabolic regulation / glycolysis / modular inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / hemostasis / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / Gluconeogenesis / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / Glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jonatansdottir, Y.Y. / Hjorleifsson, G.J.

資金援助

Iceland, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Human glycolysis isomerases are inhibited by weak metabolite modulators.
著者: Jonatansdottir, Y.Y. / Rolfsson, O. / Hjorleifsson, J.G.

履歴

登録	2024年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fhf.cif.gz	1023.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fhf.ent.gz	689.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fhf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fhf_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fhf_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9fhf_validation.xml.gz	96.5 KB	表示
CIF形式データ	9fhf_validation.cif.gz	128.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fhf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f69C 9fcwC 9ffcC 9fkcC 9fkfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (9) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Glucose-6-phosphate isomerase

A: Glucose-6-phosphate isomerase

C: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

254 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Glucose-6-phosphate isomerase

A: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.676, 108.313, 271.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Autocrine motility factor / AMF / Neuroleukin / NLK / Phosphoglucose isomerase / PGI / ...GPI / Autocrine motility factor / AMF / Neuroleukin / NLK / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI / Sperm antigen 36 / SA-36 分子量: 63229.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: P06744, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl, 20 dihydroxyacetone phosphate ligand. Reservoir: 21% w/v PEG3500, 0.16 M CaCl2, and 0.058 M HEPES, pH 7.0 Co-crystallization with ligand: ...詳細: Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl, 20 dihydroxyacetone phosphate ligand. Reservoir: 21% w/v PEG3500, 0.16 M CaCl2, and 0.058 M HEPES, pH 7.0 Co-crystallization with ligand: Hanging drop: 1.5:0.5:1.5 ul - Protein (8 mg/ml):Seed stock:Reservoir. Cryoprotectant = a mixture containing the mother liquor, 24% v/v glycerol, and 15-20 mM ligand. Temp details: RT

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl, 20 dihydroxyacetone phosphate ligand. Reservoir: 21% w/v PEG3500, 0.16 M CaCl2, and 0.058 M HEPES, pH 7.0 Co-crystallization with ligand: ...
Temp details: RT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.05 Å / Num. obs: 220113 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.2689 / R_pim(I) all: 0.07588 / R_rim(I) all: 0.2796 / Net I/σ(I): 9.74
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 3.017 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 21752 / CC_1/2: 0.695 / CC star: 0.906 / R_pim(I) all: 0.8364 / R_rim(I) all: 3.133 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→45.05 Å / SU ML: 0.2205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1598
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	11027	5.01 %
R_work	0.1857	208885	-
obs	0.1878	219912	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17684	0	68	874	18626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	18185
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0924	24611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0575	2665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0132	3172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.372	2420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3746	340	0.3369	6870	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.82-1.84	0.3374	343	0.316	6940	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.84-1.86	0.3391	362	0.2989	6884	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.86-1.89	0.3171	361	0.2834	6917	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.89-1.91	0.3301	322	0.2795	6891	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.91-1.94	0.3271	383	0.2662	6912	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.94-1.97	0.3355	388	0.2566	6934	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.97-2	0.3235	353	0.2512	6874	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2-2.03	0.2947	345	0.2443	6933	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.03-2.06	0.27	355	0.2315	6894	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.06-2.1	0.28	327	0.2203	6960	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.1-2.13	0.263	397	0.2105	6894	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.13-2.18	0.2461	365	0.2018	6948	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.18-2.22	0.2513	355	0.2104	6881	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.22-2.27	0.2589	364	0.1945	6943	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.27-2.32	0.2421	341	0.1905	6961	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.32-2.38	0.2528	363	0.1846	6957	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.38-2.44	0.2257	374	0.1784	6923	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.44-2.51	0.238	366	0.1867	6948	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.51-2.6	0.2334	372	0.1793	6969	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.6-2.69	0.2223	392	0.1717	6917	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.8	0.2088	395	0.1752	6937	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.8-2.92	0.2418	348	0.1812	7008	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.92-3.08	0.247	378	0.184	6985	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.08-3.27	0.2221	427	0.1885	6949	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.27-3.52	0.2069	350	0.1711	7052	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.52-3.88	0.203	375	0.1599	7054	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.88-4.44	0.1704	371	0.1369	7064	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.44-5.59	0.1646	405	0.1327	7130	X-RAY DIFFRACTION	99.91
5.59-45.05	0.1833	410	0.1649	7356	X-RAY DIFFRACTION	99.21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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