PDB-9ffi: mScarlet (SG C5) - Directionality of Optical Properties of Fluore...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ffi

タイトル

mScarlet (SG C5) - Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins

要素

mScarlet

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Myskova, J. / Brynda, J. / Lazar, J.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins
著者: Myskova, J. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Lazar, J.

履歴

登録	2024年5月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ffi.cif.gz	63.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ffi.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ffi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/9ffi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/9ffi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6wC 9femC 9fenC 9feoC 9feqC 9ferC 9fesC 9fgiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mScarlet

ヘテロ分子

30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.892, 45.098, 58.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-414- HOH
2	1	A-483- HOH

#1: タンパク質	mScarlet 分子量: 30337.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: MVSKGEAVIK EFMRFKVHME GSMNGHEFEI EGEGEGRPYE GTQTAKLKVT KGGPLPFSWD ILSPQFMYG(NRQ)S RAFTKHPADI PDYYKQSFPE GFKWERVMNF EDGGAVTVTQ DTSLEDGTLI YKVKLRGTNF PPDGPVMQKK TMGWEASTER LYPEDGVLKG DIKMALRLKD ...詳細: MVSKGEAVIK EFMRFKVHME GSMNGHEFEI EGEGEGRPYE GTQTAKLKVT KGGPLPFSWD ILSPQFMYG(NRQ)S RAFTKHPADI PDYYKQSFPE GFKWERVMNF EDGGAVTVTQ DTSLEDGTLI YKVKLRGTNF PPDGPVMQKK TMGWEASTER LYPEDGVLKG DIKMALRLKD GGRYLADFKT TYKAKKPVQM PGAYNVDRKL DITSHNEDYT VVEQYERSEG RHSTGGMDEL YK 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 35 % v/v Polyethylene glycol 400 70 mM Sodium acetate 140 mM Lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91814 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91814 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 34204 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 10.92

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.5-1.54	1.26	2515	0.531	1.471	1
1.54-1.58	1.034	2451	0.616	1.206	1
1.58-1.63	0.794	2380	0.713	0.932	1
1.63-1.68	0.659	2341	0.73	0.779	1
1.68-1.73	0.552	2233	0.831	0.641	1
1.73-1.79	0.412	2180	0.935	0.478	1
1.79-1.86	0.305	2113	0.951	0.354	1
1.86-1.94	0.209	2022	0.978	0.242	1
1.94-2.02	0.153	1930	0.991	0.178	1
2.02-2.12	0.115	1859	0.991	0.134	1
2.12-2.24	0.097	1775	0.994	0.113	1
2.24-2.37	0.078	1684	0.994	0.093	1
2.37-2.54	0.069	1571	0.995	0.08	1
2.54-2.74	0.056	1471	0.997	0.065	1
2.74-3	0.043	1337	0.998	0.05	1
3-3.35	0.035	1208	0.998	0.04	1
3.35-3.87	0.029	1086	0.998	0.035	1
3.87-4.74	0.024	919	0.999	0.029	1
4.74-6.71	0.023	725	0.999	0.027	1
6.71-50	0.027	404	0.999	0.031	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→41.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.459 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22352	1706	5 %	RANDOM
R_work	0.18967	-	-	-
obs	0.19142	32419	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.085 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0 Å²	-1.32 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→41.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1784	0	5	84	1873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.868	1.671	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.463	1.591	4010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.506	5	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.178	22.17	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.327	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.631	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.179	2.965	904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.169	2.964	903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.826	4.439	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.829	4.44	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.691	3.31	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.665	3.301	983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.278	4.816	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.926	33.54	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.915	33.418	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.434	123	-
R_work	0.441	2344	-
obs	-	-	97.94 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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