PDB-9fgi: LSSmOrange (P1) - Directionality of Optical Properties of Fluores...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fgi

タイトル

LSSmOrange (P1) - Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins

要素

nowGFP

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Myskova, J. / Brynda, J. / Lazar, J.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins
著者: Myskova, J. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Lazar, J.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fgi.cif.gz	107.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fgi.ent.gz	81.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/9fgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/9fgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6wC 9femC 9fenC 9feoC 9feqC 9ferC 9fesC 9ffiC 9fel PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: nowGFP

B: nowGFP

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: nowGFP

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: nowGFP

登録者が定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.260, 51.390, 195.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	nowGFP 分子量: 27537.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000 100 mM tri-Sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 51138 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 38.9 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.77-1.88	2.74	7970	0.497	2.33	1
1.88-2	1.545	3808	0.405	0.67	1
2-2.16	0.865	3484	0.681	0.38	1
2.16-2.37	0.464	3149	0.86	0.22	1
2.37-2.65	0.243	2772	0.945	0.284	1
2.65-3.06	0.123	2403	0.987	0.143	1
3.06-3.74	0.054	1954	0.997	0.062	1
3.74-5.28	0.034	1446	0.999	0.039	1
5.28-50	0.032	2131	0.999	0.036	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→49.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.08 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23958	2101	4.1 %	RANDOM
R_work	0.19874	-	-	-
obs	0.20041	49037	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.139 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.33 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.77→49.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3633	0	0	171	3804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.128	1.668	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.403	1.604	8064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.22	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.636	24.239	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.16	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.775	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.141	4.011	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.127	4.009	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.003	6.004	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.008	6.007	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.9	4.56	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.899	4.562	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.552	6.594	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.965	46.149	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.98	46.076	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.814 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	148	-
R_work	0.364	3446	-
obs	-	-	96.33 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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