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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fet | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) bound to JA-47 | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase VRK2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Kinase / VRK2 / Inhibitor / JA-296 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane ...regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane / nuclear envelope / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / signal transduction / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, G.Q. / Amrhein, J.A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) bound to JA-47 著者: Wang, G.Q. / Amrhein, J.A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fet.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fet.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fet.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fet_validation.pdf.gz | 779.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fet_full_validation.pdf.gz | 782.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9fet_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fet_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fet | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36788.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q86Y07, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-REB / [ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG6000 -- 10% ethylene glycol -- 0.1M tris pH 7.5 -- 0.1M calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.918396 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918396 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→44.41 Å / Num. obs: 12986 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1328 / CC1/2: 0.855 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 14.842 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.541 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.088 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→44.41 Å
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拘束条件 |
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