PDB-9fer: wasCFP (SG P21) - Directionality of Optical Properties of Fluores...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fer

タイトル

wasCFP (SG P21) - Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins

要素

Fluorescent protein plum

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Fluorescent protein plum

機能・相同性情報

生物種

Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Myskova, J. / Brynda, J. / Lazar, J.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins
著者: Myskova, J. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Lazar, J.

履歴

登録	2024年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fer.cif.gz	109.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fer.ent.gz	80.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fer_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fer_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	9fer_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	9fer_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6wC 9felC 9femC 9fenC 9feoC 9feqC 9fesC 9ffiC 9fgiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein plum

B: Fluorescent protein plum

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorescent protein plum

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fluorescent protein plum

登録者が定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.320, 77.750, 96.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fluorescent protein plum 分子量: 29499.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S3G7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 200mM Sodium chloride 100mM TRIS 30% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日 / 詳細: Rigaku Osmic VariMax

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 105191 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 9.02

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.65-1.69	1.014	7560	0.535	1.224	1
1.69-1.74	0.865	7446	0.634	1.038	1
1.74-1.79	0.688	7320	0.75	0.822	1
1.79-1.84	0.6	7194	0.794	0.713	1
1.84-1.91	0.683	6932	0.844	0.813	1
1.91-1.97	0.401	6656	0.884	0.479	1
1.97-2.05	0.311	6519	0.922	0.371	1
2.05-2.13	0.246	6346	0.957	0.292	1
2.13-2.22	0.239	5966	0.963	0.285	1
2.22-2.33	0.242	5521	0.928	0.299	1
2.33-2.46	0.15	5512	0.978	0.181	1
2.46-2.61	0.145	5243	0.989	0.167	1
2.61-2.79	0.114	4927	0.993	0.129	1
2.79-3.01	0.083	4584	0.996	0.094	1
3.01-3.3	0.061	4177	0.998	0.069	1
3.3-3.69	0.051	3752	0.999	0.056	1
3.69-4.26	0.045	3318	0.999	0.049	1
4.26-5.22	0.038	2848	0.999	0.04	1
5.22-7.38	0.044	2185	0.999	0.047	1
7.38-50	0.032	1185	0.999	0.035	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→43.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 2.751 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2526	2794	5 %	RANDOM
R_work	0.2092	-	-	-
obs	0.21138	52922	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.115 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.65→43.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3467	0	0	329	3796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.031	1.676	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.496	1.6	7554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.065	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.693	23.155	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.053	15	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.178	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.092	1.749	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.023	1.746	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.945	2.614	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.959	2.618	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.894	1.979	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.823	1.98	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.296	2.855	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.348	20.186	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.308	19.95	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	189	-
R_work	0.299	3775	-
obs	-	-	96.64 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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