PDB-9feo: LSSmOrange (P1) - Directionality of Optical Properties of Fluores...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9feo

タイトル

LSSmOrange (P1) - Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins

要素

mOrange

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / mOrange

機能・相同性情報

生物種

Discosoma sp. (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Myskova, J. / Brynda, J. / Lazar, J.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins
著者: Myskova, J. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Lazar, J.

履歴

登録	2024年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9feo.cif.gz	105.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9feo.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9feo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9feo_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9feo_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	9feo_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	9feo_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9feo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9feo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6wC 9felC 9femC 9fenC 9feqC 9ferC 9fesC 9ffiC 9fgiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: mOrange

C: mOrange

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mOrange

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: mOrange

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.955, 51.536, 53.892
Angle α, β, γ (deg.)	95.69, 90.01, 105.68
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	mOrange 分子量: 27864.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWW2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100mM MES, 5 % w/v Polyethylene glycol 8000 40 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 33363 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 52.6 % / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.407 / Num. measured all: 2036 / Num. unique obs: 1309 / CC_1/2: 0.755 / R_pim(I) all: 0.348 / R_rim(I) all: 0.537 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
CrysalisPro		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→26.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 4.672 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26201	1608	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20353	-	-	-
obs	0.2063	31726	91.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.55 Å²	0.71 Å²	0.06 Å²
2-	-	1.48 Å²	-0.41 Å²
3-	-	-	0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→26.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3435	0	0	231	3666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.897	1.687	4808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.357	1.608	7705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.803	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.19	23.315	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.182	15	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.13	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.883	2.131	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.883	2.13	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.626	3.188	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.625	3.19	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.931	2.452	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.931	2.452	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.532	3.55	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.859	24.977	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.827	24.832	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	63	-
R_work	0.274	1401	-
obs	-	-	53.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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