PDB-9fel: LSSmCherry1 - Directionality of Optical Properties of Fluorescent...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fel

タイトル

LSSmCherry1 - Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins

要素

PAmCherry1 protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / PAmCherry1 protein

機能・相同性情報

生物種

Discosoma sp. (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Myskova, J. / Brynda, J. / Lazar, J.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins
著者: Myskova, J. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Lazar, J.

履歴

登録	2024年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fel.cif.gz	113.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fel.ent.gz	84.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fel_validation.pdf.gz	488.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fel_full_validation.pdf.gz	494.3 KB	表示
XML形式データ	9fel_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	9fel_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6wC 9femC 9fenC 9feoC 9feqC 9ferC 9fesC 9ffiC 9fgiC 6ylo C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (4)
#42 - 2003年6月
緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein)
類似性 (4)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PAmCherry1 protein

L: PAmCherry1 protein

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PAmCherry1 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: PAmCherry1 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.540, 107.980, 58.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PAmCherry1 protein 分子量: 30347.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 遺伝子: PAmCherry, PAmCherry1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MPT3
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM Bis-Tris 200mM lithium sulfate 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 76295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 9.94

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.5-1.59	1.909	12303	0.433	2.067	1
1.59-1.7	1.222	11547	0.583	1.332	1
1.7-1.84	0.679	10772	0.852	0.737	1
1.84-2.01	0.338	9917	0.965	0.365	1
2.01-2.25	0.192	8965	0.985	0.207	1
2.25-2.59	0.132	7937	0.993	0.142	1
2.59-3.17	0.077	6696	0.997	0.084	1
3.17-4.47	0.045	5231	0.998	0.049	1
4.47-50	0.041	2927	0.999	0.044	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→39.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.402 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21321	2100	2.8 %	RANDOM
R_work	0.18913	-	-	-
obs	0.18979	74175	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.97 Å²	-0 Å²	-1.17 Å²
2-	-	-0.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3457	0	22	366	3845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.732	1.663	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.431	1.591	7816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.108	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.89	22.611	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.845	15	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.213	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.82	1.981	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.81	1.979	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.517	2.963	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.516	2.964	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.406	2.393	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.406	2.393	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.067	3.431	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.296	23.964	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.125	23.57	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	154	-
R_work	0.37	5444	-
obs	-	-	99.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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