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万見
- PDB-9fdc: Co-crystal structure of Galectin-3 with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fdc
タイトルCo-crystal structure of Galectin-3 with an inhibitor
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / signaling receptor inhibitor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / epithelial cell differentiation / neutrophil chemotaxis / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / : / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Mac Sweeney, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: Discovery of Galactopyranose-1-carboxamides as a New Class of Small, Novel, Potent, Selective, and Orally Active Galectin-3 Inhibitors.
著者: Zumbrunn, C. / Remen, L. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Stamm, C. / Krusi, D. / Glutz, S. / Schmidt, G. / Nayler, O. / Iglarz, M. / Mac Sweeney, A. / Chambovey, A. / Muller, M. / Mueller, C. ...著者: Zumbrunn, C. / Remen, L. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Stamm, C. / Krusi, D. / Glutz, S. / Schmidt, G. / Nayler, O. / Iglarz, M. / Mac Sweeney, A. / Chambovey, A. / Muller, M. / Mueller, C. / Bourquin, G. / Meyer, S. / Huhn, E. / Cattaneo, C. / Vercauteren, M. / Gatfield, J. / Bolli, M.H.
履歴
登録2024年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7214
ポリマ－15,7011
非ポリマー1,0203
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.59, 57.651, 63.338
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-A1IB4 / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-~{N}-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-6-(hydroxymethyl)-~{N}-methyl-3,5-bis(oxidanyl)-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxane-2-carboxamide


分子量: 547.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19Cl2F3N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→42.6 Å / Num. obs: 10503 / % possible obs: 80.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 525 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 1.46 / % possible all: 19.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→42.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.19 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 517 -RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.2018 10503 80.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8996 Å20 Å20 Å2
2---0.4887 Å20 Å2
3----0.4109 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→42.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1108 0 67 51 1226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091250HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.081697HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d455SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes213HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1250HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion150SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact994SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.26
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.92 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3837 20 -
Rwork0.2617 --
obs0.2673 421 16.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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