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- PDB-8rmt: Galectin-3 with a bound inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rmt
タイトルGalectin-3 with a bound inhibitor
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor / fibrosis
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / signaling receptor inhibitor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / epithelial cell differentiation / neutrophil chemotaxis / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / : / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Mac Sweeney, A. / Sager, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: Discovery of Galactopyranose-1-carboxamides as a New Class of Small, Novel, Potent, Selective, and Orally Active Galectin-3 Inhibitors.
著者: Zumbrunn, C. / Remen, L. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Stamm, C. / Krusi, D. / Glutz, S. / Schmidt, G. / Nayler, O. / Iglarz, M. / Mac Sweeney, A. / Chambovey, A. / Muller, M. / Mueller, C. ...著者: Zumbrunn, C. / Remen, L. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Stamm, C. / Krusi, D. / Glutz, S. / Schmidt, G. / Nayler, O. / Iglarz, M. / Mac Sweeney, A. / Chambovey, A. / Muller, M. / Mueller, C. / Bourquin, G. / Meyer, S. / Huhn, E. / Cattaneo, C. / Vercauteren, M. / Gatfield, J. / Bolli, M.H.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6525
ポリマ－15,8321
非ポリマー8204
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.410, 57.800, 62.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15832.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物 ChemComp-A1H1W / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-~{N}-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-6-(hydroxymethyl)-3-methoxy-5-oxidanyl-~{N}-[(1~{S},2~{S})-2-oxidanylcyclohexyl]-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxane-2-carboxamide


分子量: 645.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29Cl2F3N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M Sodium malonate pH 7.0 (Index/C3)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→42.319 Å / Num. obs: 44848 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.83
反射 シェル解像度: 1.15→1.22 Å / 冗長度: 6.09 % / Num. unique obs: 7109 / CC1/2: 0.207 / Rrim(I) all: 2.79 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→42.304 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.55 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1740 4.971 %
Rwork0.1639 33260 -
all0.166 --
obs-35000 99.877 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 15.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.239 Å2-0 Å20 Å2
2--1.273 Å2-0 Å2
3---0.965 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1102 0 52 103 1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0121226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7051.8161673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6151.8132644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4275147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.50858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05310197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.8391059
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.21019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1430.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.150.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2360.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3931.406579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2861.395576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1422.515727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1422.517728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.861.663647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.811.656645
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.4712.955946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.4242.943944
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.20118.1331264
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.30216.5581243
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.64932375
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.25-1.2820.3391230.29724180.29925450.9440.94499.84280.282
1.282-1.3180.3121190.28623620.28824830.9270.9599.91940.266
1.318-1.3560.2671030.26323010.26324040.9630.9541000.243
1.356-1.3970.307870.26822750.26923650.9260.95599.87310.241
1.397-1.4430.2551140.22421680.22622850.9640.97199.86870.195
1.443-1.4940.261340.20420800.20722160.9530.97699.90970.169
1.494-1.550.2431080.18420200.18721310.9570.98199.85920.149
1.55-1.6130.1991260.1519290.15320550.9740.9871000.119
1.613-1.6850.208950.1518870.15319820.9740.9871000.119
1.685-1.7670.2031000.13617880.1418890.9770.9999.94710.108
1.767-1.8620.183800.12217270.12418070.9850.9921000.098
1.862-1.9750.179890.12616260.12917180.9870.99199.82540.106
1.975-2.1110.173890.12615230.12916130.9820.99199.9380.107
2.111-2.280.166850.12914350.13115230.9810.9999.8030.114
2.28-2.4970.235890.14413090.14813980.9640.9871000.13
2.497-2.790.202450.16112130.16312610.9760.98599.76210.151
2.79-3.220.246490.16510960.16811450.9690.9831000.165
3.22-3.9370.17590.1499050.159700.9830.98699.38140.16
3.937-5.5440.132240.1477490.1467740.990.98899.87080.169
5.544-42.3040.219220.2154410.2154700.970.96998.51060.251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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