PDB-9fdb: Co-crystal structure of Galectin-3 with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fdb

タイトル

Co-crystal structure of Galectin-3 with an inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: Discovery of Galactopyranose-1-carboxamides as a New Class of Small, Novel, Potent, Selective, and Orally Active Galectin-3 Inhibitors.
著者: Zumbrunn, C. / Remen, L. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Stamm, C. / Krusi, D. / Glutz, S. / Schmidt, G. / Nayler, O. / Iglarz, M. / Mac Sweeney, A. / Chambovey, A. / Muller, M. / Mueller, C. ...

履歴

登録	2024年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fdb.cif.gz	158.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fdb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fdb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fdb_validation.pdf.gz	676.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fdb_full_validation.pdf.gz	676.9 KB	表示
XML形式データ	9fdb_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	9fdb_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rmtC 8rmuC 8rmvC 9fdcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.486, 57.886, 62.417
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-A1IB3 / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-~{N}-cyclopropyl-~{N}-(2-hydroxyethyl)-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxane-2-carboxamide 分子量: 472.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃F₃N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→31.23 Å / Num. obs: 19897 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 995 / CC_1/2: 0.503 / R_rim(I) all: 1.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→31.228 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.244 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.085
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	982	4.935 %
R_work	0.1802	18915	-
all	0.182	-	-
obs	-	19897	87.161 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.736 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.47 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.734 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1100	0	42	85	1227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.435	1.845	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.666	1.76	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.612	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.593	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.233	10	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.572	10	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.024	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.295	1.235	595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.272	1.228	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.157	2.207	751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.159	2.209	752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.522	1.329	658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.521	1.328	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.446	2.407	959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.445	2.406	960
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.848	14.781	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.843	14.779	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.316	3	2427

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.315	13	0.311	321	0.311	1671	0.791	0.926	19.988	0.308
1.488-1.529	0.315	20	0.269	697	0.27	1613	0.946	0.944	44.4513	0.261
1.529-1.573	0.309	52	0.251	1021	0.254	1558	0.939	0.949	68.8703	0.239
1.573-1.621	0.273	61	0.266	1312	0.267	1515	0.929	0.95	90.6271	0.255
1.621-1.674	0.268	75	0.241	1372	0.243	1487	0.953	0.959	97.31	0.223
1.674-1.733	0.285	64	0.228	1372	0.231	1454	0.922	0.967	98.762	0.207
1.733-1.798	0.207	80	0.202	1286	0.202	1366	0.974	0.974	100	0.178
1.798-1.871	0.228	69	0.184	1273	0.186	1342	0.969	0.981	100	0.16
1.871-1.954	0.164	52	0.161	1237	0.161	1289	0.984	0.986	100	0.14
1.954-2.049	0.202	83	0.158	1152	0.161	1235	0.979	0.987	100	0.141
2.049-2.159	0.196	57	0.151	1134	0.152	1191	0.977	0.986	100	0.137
2.159-2.29	0.166	38	0.159	1060	0.159	1098	0.981	0.985	100	0.147
2.29-2.447	0.182	60	0.17	991	0.17	1051	0.979	0.981	100	0.158
2.447-2.641	0.244	56	0.182	937	0.185	994	0.972	0.98	99.8994	0.17
2.641-2.891	0.207	44	0.181	864	0.183	908	0.978	0.981	100	0.176
2.891-3.229	0.184	40	0.174	793	0.175	833	0.981	0.98	100	0.179
3.229-3.722	0.122	34	0.151	704	0.15	738	0.99	0.986	100	0.165
3.722-4.543	0.22	34	0.146	605	0.149	639	0.97	0.987	100	0.167
4.543-6.357	0.201	31	0.167	477	0.169	508	0.985	0.984	100	0.2
6.357-31.228	0.321	19	0.222	307	0.226	326	0.943	0.964	100	0.282

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)