PDB-9fbs: Deletion mutant of chitinase MmChi60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fbs

タイトル

Deletion mutant of chitinase MmChi60

要素

Chitinase 60

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / Psychrophilic / Deletion mutant / Protein engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

endochitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.354 Å

データ登録者

Bejger, M. / Rypniewski, W.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2025
タイトル: Probing the structure and thermodynamics of a multidomain psychrophilic chitinase from Moritella marina.
著者: Bejger, M. / Malecki, P.H. / Biniek-Antosiak, K. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年1月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fbs.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fbs.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w5zC 9fboC 9fbpC 9fbqC 9fbrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase 60

ヘテロ分子

36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.764, 74.009, 172.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Chitinase 60 分子量: 36121.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Catalytic domain of chitinase MmChi60 / 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.4 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月28日 / 詳細: focusing mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 13787 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_rim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.35→2.5 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.961 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 2113 / CC_1/2: 0.762 / R_rim(I) all: 1.015 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.354→43.134 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 9.794 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	828	6.006 %
R_work	0.1859	12958	-
all	0.191	-	-
obs	-	13786	99.266 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.131 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.018 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.149 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.354→43.134 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	2	76	2629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.657	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.496	1.579	5460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.596	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.947	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.927	10	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.897	10	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.077	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.148	4.174	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.148	4.174	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.671	7.5	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.671	7.503	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.732	4.502	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.731	4.504	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.736	8.141	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.735	8.142	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.379	39.636	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.376	39.434	2867

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.354-2.415	0.418	55	0.39	850	0.392	995	0.918	0.913	90.9548	0.392
2.415-2.481	0.316	58	0.282	921	0.284	979	0.943	0.949	100	0.245
2.481-2.552	0.303	58	0.249	897	0.253	955	0.939	0.959	100	0.214
2.552-2.631	0.355	56	0.233	886	0.24	942	0.939	0.964	100	0.198
2.631-2.717	0.322	53	0.221	823	0.228	876	0.925	0.968	100	0.187
2.717-2.812	0.38	54	0.193	851	0.203	906	0.928	0.975	99.8896	0.155
2.812-2.917	0.219	50	0.184	775	0.186	828	0.967	0.979	99.6377	0.151
2.917-3.036	0.262	48	0.186	759	0.19	807	0.948	0.977	100	0.156
3.036-3.17	0.258	48	0.185	747	0.189	796	0.942	0.979	99.8744	0.158
3.17-3.324	0.255	44	0.184	687	0.188	732	0.96	0.979	99.8634	0.162
3.324-3.502	0.225	43	0.179	685	0.182	728	0.973	0.982	100	0.158
3.502-3.713	0.275	42	0.173	646	0.179	688	0.952	0.985	100	0.16
3.713-3.968	0.284	37	0.187	585	0.193	622	0.971	0.983	100	0.173
3.968-4.283	0.232	36	0.16	568	0.164	606	0.967	0.986	99.67	0.152
4.283-4.687	0.194	34	0.128	524	0.132	558	0.978	0.989	100	0.126
4.687-5.232	0.223	30	0.128	477	0.133	507	0.978	0.99	100	0.125
5.232-6.027	0.269	27	0.163	427	0.169	455	0.964	0.987	99.7802	0.155
6.027-7.346	0.256	24	0.18	372	0.185	396	0.976	0.983	100	0.179
7.346-10.241	0.23	19	0.16	289	0.163	308	0.975	0.987	100	0.169
10.241-43.134	0.338	12	0.356	189	0.355	203	0.966	0.948	99.0148	0.411

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)