PDB-9fbr: Deletion mutant of chitinase MmChi60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fbr

タイトル

Deletion mutant of chitinase MmChi60

要素

Chitinase 60

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / Psychrophilic / Deletion mutant / Protein engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

endochitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.743 Å

データ登録者

Bejger, M. / Rypniewski, W.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Probing the structure and thermodynamics of a psychrophilic chitinase
著者: Bejger, M. / Malecki, P.H. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fbr.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fbr.ent.gz	63.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fbr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fboC 9fbpC 9fbqC 9fbsC 4w5z C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase 60

ヘテロ分子

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.499, 74.086, 175.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-765- HOH

#1: タンパク質	Chitinase 60 分子量: 36121.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Catalytic domain of MmChi60, a chitiniase from Moritella marina 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% (w/v) Poly(acrylic acid sodium salt) average Mw ~5100 Da, 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, with N,N',N'', N'''-tetraacetylchitotetraose (NAG4 )

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9168 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月3日 / 詳細: focusing mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9168 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 33204 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 9.97
反射シェル	解像度: 1.74→1.85 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 5274 / CC_1/2: 0.603 / R_rim(I) all: 0.99 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.743→43.892 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.498 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	1030	3.102 %
R_work	0.1764	32174	-
all	0.178	-	-
obs	-	33204	97.364 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.521 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.871 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.743→43.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	32	288	2871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.662	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.525	1.578	5579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.207	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.396	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.42	10	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.658	10	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.057	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.065	2.464	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.054	2.465	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.018	4.418	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.017	4.422	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.028	2.754	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.964	2.747	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.53	4.938	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.529	4.941	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.584	26.309	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.473	24.947	3088

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.743-1.789	0.445	75	0.417	2339	0.418	2504	0.898	0.913	96.4058	0.413
1.789-1.837	0.339	73	0.366	2271	0.365	2392	0.946	0.93	97.9933	0.352
1.837-1.891	0.322	72	0.299	2251	0.299	2370	0.927	0.948	98.0169	0.281
1.891-1.949	0.293	70	0.275	2192	0.275	2318	0.947	0.952	97.5841	0.247
1.949-2.012	0.266	64	0.24	2011	0.241	2206	0.951	0.963	94.0616	0.208
2.012-2.083	0.273	65	0.22	2019	0.221	2126	0.955	0.968	98.0245	0.19
2.083-2.161	0.278	64	0.2	2000	0.203	2090	0.948	0.974	98.756	0.174
2.161-2.249	0.241	61	0.178	1902	0.18	2012	0.962	0.98	97.5646	0.155
2.249-2.349	0.204	59	0.174	1846	0.175	1938	0.97	0.981	98.2972	0.152
2.349-2.463	0.23	55	0.169	1746	0.17	1830	0.968	0.981	98.4153	0.147
2.463-2.596	0.254	52	0.162	1601	0.165	1749	0.958	0.983	94.5112	0.142
2.596-2.753	0.205	51	0.158	1590	0.16	1669	0.974	0.984	98.3223	0.14
2.753-2.942	0.207	48	0.15	1515	0.152	1575	0.97	0.987	99.2381	0.138
2.942-3.177	0.169	46	0.162	1422	0.163	1488	0.984	0.986	98.6559	0.153
3.177-3.478	0.169	40	0.162	1279	0.163	1349	0.986	0.987	97.7761	0.157
3.478-3.886	0.203	36	0.142	1125	0.144	1234	0.984	0.989	94.0843	0.143
3.886-4.481	0.191	34	0.124	1056	0.125	1105	0.984	0.991	98.6425	0.132
4.481-5.474	0.207	29	0.129	893	0.131	942	0.989	0.992	97.8769	0.139
5.474-7.682	0.213	22	0.17	679	0.172	747	0.984	0.99	93.842	0.183
7.682-43.892	0.186	14	0.167	437	0.168	458	0.983	0.985	98.4716	0.189

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)