PDB-9fbq: Deletion mutant of chitinase MmChi60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fbq

タイトル

Deletion mutant of chitinase MmChi60

要素

Chitinase 60

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / Psychrophilic / Deletion mutant / Protein engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

endochitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Rypniewski, W.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Probing the structure and thermodynamics of a psychrophilic chitinase
著者: Malecki, P.H. / Bejger, M. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fbq.cif.gz	92.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fbq.ent.gz	64.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fboC 9fbpC 9fbrC 9fbsC 4w5z C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase 60

ヘテロ分子

36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.114, 72.590, 174.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-798- HOH

#1: タンパク質	Chitinase 60 分子量: 36121.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Catalytic domain of MmChi60, a chitiniase from Moritella marina 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 45% (v/v) MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月19日 / 詳細: focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 54649 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 14.17
反射シェル	解像度: 1.48→1.57 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 8529 / CC_1/2: 0.635 / R_rim(I) all: 0.877 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→19.671 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.743 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	1039	1.901 %
R_work	0.1764	53610	-
all	0.177	-	-
obs	-	54649	99.624 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.499 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.189 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.309 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→19.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	9	354	2914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.658	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.579	5554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.467	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.579	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.475	10	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.771	10	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.137	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.679	1.759	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.675	1.76	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.41	3.162	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.415	3.165	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.477	1.976	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.466	1.972	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.757	3.529	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.756	3.53	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.462	21.412	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.414	20.754	3210

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.516	0.311	73	0.301	3753	X-RAY DIFFRACTION	95.6979
1.516-1.558	0.343	73	0.277	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.558-1.602	0.323	72	0.26	3732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.602-1.651	0.285	71	0.244	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.705	0.234	68	0.232	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.705-1.765	0.245	65	0.223	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.765-1.831	0.245	63	0.22	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.831-1.905	0.277	61	0.206	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.905-1.989	0.228	59	0.2	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.9675
1.989-2.085	0.232	56	0.195	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.085-2.196	0.194	54	0.179	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.196-2.327	0.223	51	0.172	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.327-2.486	0.193	48	0.162	2454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.486-2.681	0.228	45	0.161	2309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.932	0.171	41	0.168	2155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.932-3.269	0.189	38	0.156	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.269-3.757	0.202	34	0.144	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.757-4.56	0.117	29	0.115	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-6.282	0.147	23	0.127	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
6.282-19.671	0.124	15	0.16	752	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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