PDB-9fbp: Deletion mutant MmChi60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fbp

タイトル

Deletion mutant MmChi60

要素

Chitinase 60

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / Deletion mutant / Psychrophilic protein / Protein engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

endochitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.844 Å

データ登録者

Rypniewski, W. / Bejger, M. / Biniek-Antosiak, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Probing the structure and thermodynamics of a psychrophilic chitinase
著者: Bejger, M. / Malecki, P.H. / Biniek-Antosiak, K. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2025年9月24日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fbp.cif.gz	167.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fbp.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fbp_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fbp_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9fbp_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	9fbp_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fboC 9fbqC 9fbrC 9fbsC 4w5z C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase 60

B: Chitinase 60

ヘテロ分子

83.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitinase 60

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitinase 60

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.790, 172.829, 47.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.006, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chitinase 60 分子量: 41592.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Both Ig-like domains deleted; catalytic domain connected to CBD domain 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.5% Jeffamine ED-2001 and 0.1 M HEPES at pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9171 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月27日 / 詳細: focusing mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9171 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5324
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.4676

反射

解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 54492 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.02

反射シェル

解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 7740 / CC_1/2: 0.691 / R_rim(I) all: 0.577 / % possible all: 78.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.844→47.088 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 1.927 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	1007	1.848 %
R_work	0.1545	53484	-
all	0.156	-	-
obs	-	54491	88.795 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.936 Å²	-0 Å²	1.201 Å²
2-	-	-2.671 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.607 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.844→47.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5882	0	2	223	6107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	6044
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	1.643	8252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.62	1.573	12426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.242	5	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.367	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.59	10	914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.697	10	314
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	5208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.172	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.258	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.771	2.566	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.77	2.566	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.613	4.621	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.613	4.622	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.998	2.762	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.997	2.763	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.209	4.998	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.209	4.998	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.545	27.875	6985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.537	27.891	6970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.844-1.892	0.333	49	0.228	3103	X-RAY DIFFRACTION	69.3815
1.892-1.944	0.276	53	0.197	3650	X-RAY DIFFRACTION	83.3633
1.944-2	0.272	81	0.184	3932	X-RAY DIFFRACTION	94.6462
2-2.062	0.288	71	0.181	3841	X-RAY DIFFRACTION	93.6109
2.062-2.129	0.193	78	0.159	3728	X-RAY DIFFRACTION	93.4676
2.129-2.204	0.216	75	0.15	3484	X-RAY DIFFRACTION	92.0352
2.204-2.287	0.236	66	0.144	3276	X-RAY DIFFRACTION	89.0725
2.287-2.38	0.221	55	0.139	3385	X-RAY DIFFRACTION	93.7074
2.38-2.485	0.174	61	0.141	3213	X-RAY DIFFRACTION	92.8531
2.485-2.606	0.241	52	0.15	2971	X-RAY DIFFRACTION	91.5229
2.606-2.747	0.211	60	0.145	2723	X-RAY DIFFRACTION	88.6306
2.747-2.913	0.187	54	0.149	2648	X-RAY DIFFRACTION	90.7016
2.913-3.113	0.177	46	0.158	2536	X-RAY DIFFRACTION	91.1401
3.113-3.361	0.227	51	0.162	2301	X-RAY DIFFRACTION	88.9898
3.361-3.68	0.26	41	0.164	2017	X-RAY DIFFRACTION	86.1088
3.68-4.111	0.187	39	0.142	1938	X-RAY DIFFRACTION	89.782
4.111-4.742	0.209	20	0.125	1684	X-RAY DIFFRACTION	88.2444
4.742-5.792	0.233	27	0.149	1365	X-RAY DIFFRACTION	84.7231
5.792-8.131	0.187	15	0.177	1107	X-RAY DIFFRACTION	87.7934
8.131-47.088	0.198	13	0.138	582	X-RAY DIFFRACTION	81.1733

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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