[日本語] English
万見
- PDB-9fbg: SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fbg
タイトルSARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucelocapsid / N-terminal domain / Omicron BA. 4
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Dhamotharan, K. / Schlundt, A.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHL2062/2-1 and 2-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)161793742 ドイツ
Other governmentGoethe-Corona-Funds
Other governmentJohanna Quandt Young Academy at Goethe (stipend number 2019/AS01)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A core network in the SARS-CoV-2 nucleocapsid NTD mediates structural integrity and selective RNA-binding.
著者: Dhamotharan, K. / Korn, S.M. / Wacker, A. / Becker, M.A. / Gunther, S. / Schwalbe, H. / Schlundt, A.
履歴
登録2024年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
I: Nucleoprotein
J: Nucleoprotein
K: Nucleoprotein
L: Nucleoprotein
M: Nucleoprotein
N: Nucleoprotein
O: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein
Q: Nucleoprotein
R: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,92218
ポリマ－267,92218
非ポリマー00
水20,1051116
1
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
Q: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
R: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8851
ポリマ－14,8851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.111, 108.883, 146.272
Angle α, β, γ (deg.)90, 100.79, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 14884.554 Da / 分子数: 18 / 変異: P151S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Sodium HEPES pH 7.5 4.3M Sodium chloride / PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→47.9 Å / Num. obs: 95472 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4703 / CC1/2: 0.675 / Χ2: 1.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
REFMAC5.8.0425精密化
PDB-REDO8.06精密化
Coot0.9.8.8モデル構築
BUCCANEER3.5.2モデル構築
Aimless0.7.13データスケーリング
pointless1.12.15データスケーリング
STARANISO2.3.74データスケーリング
autoPROC1.1.7データ削減
XDSBUILT 20230630データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→47.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU R Cruickshank DPI: 0.604 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.615 / SU Rfree Blow DPI: 0.296 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2605 4743 -RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.2228 95468 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7051 Å20 Å26.703 Å2
2--12.9012 Å20 Å2
3----15.6063 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18516 0 0 1116 19632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00719034HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7925881HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6304SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3270HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19034HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2402SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14065SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.06
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3853 88 -
Rwork0.3067 --
obs0.3104 1910 99.69 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.76190.2144-0.07245.93590.72434.61690.09960.0441-0.45480.0441-0.1518-0.1015-0.4548-0.10150.05220.12-0.0694-0.02730.1724-0.02340.1548-9.466227.33465.6278
25.59810.10490.99916.05690.95843.4879-0.0485-0.2958-0.3547-0.2958-0.00440.0663-0.35470.06630.0530.01840.0589-0.0140.0075-0.02950.103831.626312.341553.3833
36.07750.26841.07825.71440.68443.8505-0.0588-0.0806-0.2981-0.08060.00720.3084-0.29810.30840.05160.12410.0495-0.03150.2510.01790.232229.078115.82245.2688
45.9038-0.0668-1.11755.489-0.64814.1562-0.1061-0.1805-0.1457-0.18050.02140.4457-0.14570.44570.08470.25620.0090.00570.08080.03730.268738.2752-0.4676-5.3029
56.3556-0.8812-0.08986.46910.99614.2991-0.0248-0.109-0.2551-0.109-0.0119-0.2585-0.2551-0.25850.0367-0.0531-0.012-0.00450.0406-0.00890.2295-5.156327.548353.4819
65.6606-0.3294-0.74665.72780.66893.3912-0.0549-0.26710.1377-0.2671-0.00710.4760.13770.4760.0620.16230.03160.01290.0266-0.01770.18439.4585-5.275442.8507
75.48160.13190.63025.2878-1.04483.6341-0.0207-0.12490.1267-0.1249-0.04030.25450.12670.25450.061-0.0451-0.0039-0.03390.0336-0.02940.12615.467456.957452.994
84.07520.03550.65844.1832-0.05693.6204-0.0374-0.36850.4108-0.3685-0.00280.00430.41080.00430.04030.0558-0.04760.00650.0372-0.03620.134425.506166.092242.6762
96.63850.14121.40135.53480.35163.4007-0.09450.0185-0.08530.0185-0.0022-0.3295-0.0853-0.32950.09670.10630.0201-0.0394-0.01180.03730.12729.941227.453590.6225
106.4849-0.4601-1.28625.59270.15173.5664-0.17110.06780.07360.0678-0.0075-0.22430.0736-0.22430.17860.0949-0.0189-0.0395-0.0080.02230.289957.065157.376853.3428
115.22410.57-1.03975.5208-0.6443.71880.0363-0.16820.3247-0.1682-0.0953-0.02440.3247-0.02440.05910.05040.0493-0.01610.00360.03330.319662.783717.699453.3089
126.13060.514-0.18136.2546-0.0753.7672-0.0179-0.14220.3552-0.14220.0119-0.34660.3552-0.34660.00590.18290.06660.07450.2776-0.00380.313164.945714.70245.4838
135.76890.0262-0.35876.0223-0.45694.31540.0544-0.3471-0.407-0.3471-0.07030.3065-0.4070.30650.01590.04950.07-0.00920.10890.00650.204813.589125.223242.2119
146.07280.69330.74875.38980.19494.057-0.0262-0.24860.2692-0.2486-0.0237-0.25680.2692-0.25680.04990.0460.0673-0.04440.1051-0.03190.1911-13.662758.835342.7572
155.9424-0.49830.76645.8422-0.08424.2141-0.0663-0.0822-0.1848-0.0822-0.1353-0.419-0.1848-0.4190.20160.19080.015-0.0350.0321-0.00980.317254.564835.475543.173
165.028-0.17370.2586.1828-0.68173.80670.14690.22090.42530.2209-0.21160.09530.42530.09530.06470.2236-0.0920.06240.24490.0120.34199.62958.09325.2343
176.29910.29020.59576.0394-0.08264.1698-0.1286-0.19890.2168-0.19890.1404-0.46020.2168-0.4602-0.01180.2931-0.0352-0.00150.1088-0.04920.288655.330631.1527-5.3488
185.8451-0.02270.69046.1842-0.74573.8824-0.19220.0302-0.47550.03020.0522-0.2251-0.4755-0.22510.140.1118-0.0612-0.09190.14130.05020.4375-25.968118.485142.9929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|42 - A|174 }A42 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|42 - B|174 }B42 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|41 - C|172 }C41 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|41 - D|171 }D41 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|42 - E|171 }E42 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|41 - F|174 }F41 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|41 - G|172 }G41 - 172
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|41 - H|174 }H41 - 174
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|41 - I|174 }I41 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|41 - J|172 }J41 - 172
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|41 - K|174 }K41 - 174
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|42 - L|174 }L42 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13{ M|42 - M|174 }M42 - 174
14X-RAY DIFFRACTION14{ N|42 - N|172 }N42 - 172
15X-RAY DIFFRACTION15{ O|41 - O|174 }O41 - 174
16X-RAY DIFFRACTION16{ P|41 - P|174 }P41 - 174
17X-RAY DIFFRACTION17{ Q|42 - Q|172 }Q42 - 172
18X-RAY DIFFRACTION18{ R|41 - R|172 }R41 - 172

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る