PDB-9f7a: SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P80R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7a

タイトル

SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P80R

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucelocapsid / N-terminal domain / Gamma variant

機能・相同性

機能・相同性情報

response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dhamotharan, K. / Schlundt, A.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SCHL2062/2-1 and 2-2	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	161793742	ドイツ
Other government	Goethe-Corona-Funds
Other government	Johanna Quandt Young Academy at Goethe (stipend number 2019/AS01)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A core network in the SARS-CoV-2 nucleocapsid NTD mediates structural integrity and selective RNA-binding.
著者: Dhamotharan, K. / Korn, S.M. / Wacker, A. / Becker, M.A. / Gunther, S. / Schwalbe, H. / Schlundt, A.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7a.cif.gz	61.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7a.ent.gz	42.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9evyC 9ewhC 9exbC 9ezbC 9f5jC 9f5lC 9f7cC 9f83C 9fbgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.753, 66.753, 121.214
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 14954.669 Da / 分子数: 1 / 変異: P80R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 22% PEG 3350 200mM Zinc Acetate dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→121.21 Å / Num. obs: 13269 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 36.4 % / CC_1/2: 1 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 815 / CC_1/2: 0.38 / Χ²: 0.97 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
Coot	0.9.8.8	モデル構築
BUCCANEER	3.5.2	モデル構築
Aimless	0.7.13	データスケーリング
pointless	1.12.15	データスケーリング
STARANISO	2.3.74	データスケーリング
autoPROC	1.1.7	データ削減
XDS	BUILT 20230630	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→57.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 10.779 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3477	692	5.239 %	RANDOM
R_work	0.277	12517	-	-
all	0.281	-	-	-
obs	-	13209	99.909 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.782 Å²	0.891 Å²	0 Å²
2-	-	1.782 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.782 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	921	0	1	50	972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	1.813	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.721	1.767	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.529	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.176	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.539	10	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.192	10	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.156	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.321	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.126	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.327	7.468	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.325	7.469	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.168	13.399	579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.162	13.406	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.361	7.976	483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.276	7.956	481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.108	14.39	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.101	14.396	714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.172	68.292	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.273	68.31	1015

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.548	55	0.521	885	0.522	941	0.769	0.775	99.8937	0.509
1.949-2.003	0.482	56	0.493	861	0.492	919	0.733	0.773	99.7824	0.473
2.003-2.061	0.478	61	0.453	835	0.455	898	0.792	0.8	99.7773	0.42
2.061-2.124	0.573	45	0.4	843	0.407	888	0.787	0.84	100	0.362
2.124-2.194	0.425	42	0.41	799	0.411	842	0.865	0.858	99.8812	0.379
2.194-2.27	0.316	47	0.376	781	0.372	829	0.91	0.878	99.8794	0.337
2.27-2.356	0.462	43	0.383	756	0.387	799	0.804	0.883	100	0.351
2.356-2.452	0.356	36	0.341	728	0.342	766	0.888	0.915	99.7389	0.299
2.452-2.561	0.51	34	0.329	718	0.338	752	0.86	0.931	100	0.287
2.561-2.686	0.395	30	0.337	682	0.34	712	0.903	0.923	100	0.299
2.686-2.831	0.384	27	0.352	655	0.353	682	0.886	0.913	100	0.315
2.831-3.002	0.348	33	0.317	616	0.319	650	0.933	0.926	99.8462	0.277
3.002-3.208	0.468	34	0.31	579	0.318	613	0.846	0.933	100	0.291
3.208-3.465	0.377	23	0.294	551	0.297	574	0.904	0.945	100	0.285
3.465-3.794	0.298	29	0.272	500	0.274	529	0.934	0.955	100	0.272
3.794-4.239	0.238	15	0.235	475	0.235	490	0.972	0.965	100	0.241
4.239-4.891	0.339	24	0.205	418	0.212	442	0.943	0.971	100	0.213
4.891-5.979	0.347	26	0.201	359	0.211	385	0.944	0.975	100	0.218
5.979-8.411	0.273	21	0.218	290	0.222	311	0.969	0.963	100	0.235
8.411-57.81	0.312	11	0.286	186	0.288	199	0.926	0.932	98.995	0.33

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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