PDB-9f9h: Laser excitation effects on BR: Reprocessed Extrapolated 10ps Lig...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f9h

タイトル

Laser excitation effects on BR: Reprocessed Extrapolated 10ps Light dataset recorded at 525 GW/cm2 from Nogly et al.

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

PROTON TRANSPORT / Bacteriorhodospin / Membrane / RETINAL / TIME-RESOLVED CRYSTALLOGRAPHY / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY / Laser excitation

機能・相同性

機能・相同性情報

light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Bertrand, Q. / Weinert, T. / Standfuss, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural effects of high laser power densities on an early bacteriorhodopsin photocycle intermediate.
著者: Bertrand, Q. / Nogly, P. / Nango, E. / Kekilli, D. / Khusainov, G. / Furrer, A. / James, D. / Dworkowski, F. / Skopintsev, P. / Mous, S. / Martiel, I. / Borjesson, P. / Ortolani, G. / Huang, ...

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f9h.cif.gz	162.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f9h.ent.gz	129.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f9h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f9bC 9f9cC 9f9dC 9f9eC 9f9fC 9f9gC 9f9iC 9f9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (10) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (8) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (10)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (8)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.950, 62.950, 111.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO 分子量: 25261.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物	ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT 分子量: 639.130 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / BR / Bacterioopsin / BO / 7-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₀H₂₈O / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Na/K Phosphate buffer pH 5.6 30 % PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→19.35 Å / Num. obs: 35453 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 194 % / CC star: 0.992 / R split: 0.083 / Net I/σ(I): 9.19
反射シェル	解像度: 1.55→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 3534 / CC star: 0.729 / R split: 0.9952 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
CrystFEL	0.9.1	データ削減
CrystFEL	0.9.1	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.66→16.02 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	1983	7.15 %
R_work	0.2308	-	-
obs	0.2335	27736	93.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→16.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1795	0	235	40	2070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.586	2824
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.576	810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.019	332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.7	0.5849	115	0.5432	1510	X-RAY DIFFRACTION	76
1.7-1.75	0.4703	128	0.4781	1684	X-RAY DIFFRACTION	87
1.75-1.8	0.4255	139	0.3942	1770	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8-1.86	0.3851	132	0.3812	1804	X-RAY DIFFRACTION	91
1.86-1.92	0.3408	142	0.3164	1820	X-RAY DIFFRACTION	94
1.92-2	0.3222	147	0.2751	1859	X-RAY DIFFRACTION	95
2-2.09	0.2757	146	0.2304	1881	X-RAY DIFFRACTION	96
2.09-2.2	0.2605	146	0.214	1878	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.34	0.2558	146	0.1979	1907	X-RAY DIFFRACTION	97
2.34-2.52	0.2662	152	0.1991	1888	X-RAY DIFFRACTION	96
2.52-2.77	0.2186	143	0.1951	1913	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-3.17	0.244	149	0.1909	1920	X-RAY DIFFRACTION	98
3.17-3.98	0.2349	145	0.2003	1940	X-RAY DIFFRACTION	98
3.98-16.02	0.2268	153	0.2027	1979	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6357	1.1773	-1.6781	4.137	-4.4978	7.8664	-0.1915	0.0874	-0.1939	-0.2566	-0.0761	-0.425	0.6353	0.6299	0.1288	0.1304	0.0414	0.0156	0.1592	-0.0158	0.3207	23.6663	27.3694	29.9601
2	1.0388	0.1062	-0.7521	1.6553	1.7013	2.3422	-0.0302	-0.1035	-0.0818	0.2446	-0.0008	-0.0672	0.2661	-0.072	0.0605	0.1299	0.0081	-0.0178	0.1051	0.0157	0.2534	15.318	27.99	41.4823
3	1.2786	-0.3343	-0.3189	1.4186	1.1379	5.8338	0.0406	0.1844	0.0772	-0.1159	0.01	-0.1161	-0.1028	0.0484	-0.0612	0.0974	-0.0059	0.0028	0.1297	0.0187	0.2373	12.7657	38.995	28.7212
4	1.6807	-0.2885	-0.2078	1.3661	-0.7413	7.2113	0.1293	-0.2022	0.0064	0.0745	0.1736	0.0369	0.1001	-0.2567	-0.2875	0.1235	0.0198	-0.0139	0.1484	-0.0016	0.246	7.5849	46.3313	37.5348
5	1.7862	-0.5495	0.6894	1.5846	-2.0699	3.8033	0.045	0.0276	0.1374	0.1842	0.0447	-0.0454	-0.565	0.3341	0.0388	0.1282	-0.0326	-0.0241	0.1157	-0.0105	0.26	13.1045	53.5841	32.9633
6	5.3697	-5.2926	4.9672	5.9973	-6.0199	6.2149	-0.5055	-0.9165	0.5079	1.2714	0.8068	0.0613	-1.2948	-1.0154	-0.321	0.7186	-0.0299	-0.0111	0.7429	0.0718	0.5086	17.6936	46.8838	58.0517
7	0.6301	-0.0964	-0.6497	0.8498	-0.7702	4.066	-0.0307	0.0454	-0.0487	0.0978	0.0096	-0.1688	-0.3225	0.2802	0.0281	0.1112	-0.0487	-0.0377	0.1691	0.0167	0.254	22.9686	42.3189	35.4743
8	5.0444	-0.7545	2.2566	1.49	-2.4688	4.3081	-0.0797	-0.077	-0.0881	0.4903	0.0193	-0.4582	0.6457	0.6893	-0.0007	0.3396	0.0043	-0.1775	0.5239	0.0936	0.1904	23.7694	32.0481	56.4697
9	5.3156	-3.2309	3.3036	1.9584	-2.0035	2.0506	0.4446	-0.8309	-0.4642	0.4602	-0.1308	-0.053	0.3901	-0.2604	-0.345	0.6973	-0.0751	-0.1182	0.3578	0.0561	0.1659	19.1678	30.3329	65.0597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 225 through 229 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 234 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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