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- PDB-9f9a: Crystal structure of MUS81-EME1 bound by compound 12. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f9a
タイトルCrystal structure of MUS81-EME1 bound by compound 12.
要素
  • Crossover junction endonuclease EME1
  • Crossover junction endonuclease MUS81
キーワードHYDROLASE / MUS81-EME1 / fragment / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process ...3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / heterochromatin / replication fork / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal ...EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Crossover junction endonuclease EME1 / Crossover junction endonuclease MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.911 Å
データ登録者Collie, G.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Fragment-Based Discovery of Novel MUS81 Inhibitors
著者: Collie, G.W. / Borjesson, U. / Chen, Y. / Dong, Z. / Di Fruscia, P. / Gohlke, A. / Hoyle, A. / Hunt, T.A. / Jesani, M.H. / Luo, H. / Luptak, J. / Milbradt, A.G. / Narasimhan, P. / Packer, M. ...著者: Collie, G.W. / Borjesson, U. / Chen, Y. / Dong, Z. / Di Fruscia, P. / Gohlke, A. / Hoyle, A. / Hunt, T.A. / Jesani, M.H. / Luo, H. / Luptak, J. / Milbradt, A.G. / Narasimhan, P. / Packer, M. / Patel, S. / Qiao, J. / Storer, R.I. / Stubbs, C.J. / Tart, J. / Truman, C. / Wang, A.T. / Wheeler, M.G. / Winter-Holt, J.
履歴
登録2024年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Crossover junction endonuclease EME1
C: Crossover junction endonuclease MUS81
D: Crossover junction endonuclease EME1
E: Crossover junction endonuclease MUS81
F: Crossover junction endonuclease EME1
G: Crossover junction endonuclease MUS81
H: Crossover junction endonuclease EME1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,54020
ポリマ－281,2168
非ポリマー1,32312
水00
1
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Crossover junction endonuclease EME1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 70.6 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6355
ポリマ－70,3042
非ポリマー3313
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
2
C: Crossover junction endonuclease MUS81
D: Crossover junction endonuclease EME1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 70.6 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6355
ポリマ－70,3042
非ポリマー3313
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
3
E: Crossover junction endonuclease MUS81
F: Crossover junction endonuclease EME1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 70.6 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6355
ポリマ－70,3042
非ポリマー3313
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
4
G: Crossover junction endonuclease MUS81
H: Crossover junction endonuclease EME1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 70.6 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6355
ポリマ－70,3042
非ポリマー3313
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.869, 124.348, 217.571
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Crossover junction endonuclease MUS81


分子量: 34159.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUS81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96NY9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質
Crossover junction endonuclease EME1 / MMS4 homolog / hMMS4


分子量: 36144.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EME1, MMS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96AY2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#3: 化合物
ChemComp-A1IA6 / 2-naphthalen-2-yl-5-oxidanyl-6-oxidanylidene-1H-pyrimidine-4-carboxylic acid


分子量: 282.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.911→83.166 Å / Num. obs: 40849 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.911→3.226 Å / Num. unique obs: 2042 / CC1/2: 0.72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.911→83.166 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 2.084 / SU Rfree Blow DPI: 0.46 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.474 / 詳細: Actual overall B factor is 74.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2782 2051 -RANDOM
Rwork0.2429 ---
obs0.2447 40849 60.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6022 Å20 Å20 Å2
2---0.8446 Å20 Å2
3---2.4468 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.911→83.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10001 0 92 0 10093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00710246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9213912HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3511SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1727HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10246HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1354SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7861SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.28
LS精密化 シェル解像度: 2.911→3.09 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4292 57
Rwork0.3275 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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