PDB-9f8z: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f8z

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH13677

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / OGG1

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH13677
著者: Scaletti, E. / Stenmark, P.

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f8z.cif.gz	375.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f8z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: N-glycosylase/DNA lyase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.643, 82.369, 171.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	10 - 325	3 - 318
2	1	1	GLN	GLN	10 - 325	3 - 318
3	2	2	LEU	LEU	10 - 323	3 - 316
4	2	2	LEU	LEU	10 - 323	3 - 316
5	3	3	LEU	LEU	10 - 323	3 - 316
6	3	3	LEU	LEU	10 - 323	3 - 316

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-A1IBJ / ~{N}4-(5-chloranyl-6-methoxy-pyridin-3-yl)-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-4,6-diamine 分子量: 291.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀ClN₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Ethylene Glycols, 0.1 M sodium HEPES/MOPS pH 7.5, 50 % GOL_P4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→85.9 Å / Num. obs: 31051 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.71 Å / Num. unique obs: 1553 / CC_1/2: 0.705

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.503→85.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 14.767 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.39 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2771	1505	4.847 %
R_work	0.2252	29545	-
all	0.228	-	-
obs	-	31050	77.099 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.911 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.462 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.534 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→85.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7519	0	46	24	7589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	7779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.654	10594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.43	1.577	16441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.877	5	943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.62	5	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.105	10	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.498	10	370
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	6794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	3813
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.542	6.817	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.541	6.817	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.044	12.229	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.045	12.229	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.236	7.132	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.202	7.13	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.786	12.864	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.761	12.86	5866
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.479	65.434	8897
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.479	65.444	8896
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.117	0.05	10118
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.12	0.05	9850
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.114	0.05	9934

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11727	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11727	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1199	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1199	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11372	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11372	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.503-2.568	0.602	5	0.305	59	X-RAY DIFFRACTION	2.1865
2.568-2.638	0.342	18	0.311	471	X-RAY DIFFRACTION	17.2792
2.638-2.714	0.302	48	0.318	973	X-RAY DIFFRACTION	36.7266
2.714-2.798	0.304	93	0.319	1387	X-RAY DIFFRACTION	54.2323
2.798-2.89	0.381	88	0.306	1790	X-RAY DIFFRACTION	72.1198
2.89-2.991	0.362	138	0.301	2143	X-RAY DIFFRACTION	89.4159
2.991-3.104	0.333	91	0.304	2359	X-RAY DIFFRACTION	99.5126
3.104-3.23	0.376	119	0.289	2259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.374	0.26	95	0.259	2165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.374-3.538	0.303	106	0.254	2073	X-RAY DIFFRACTION	100
3.538-3.729	0.305	104	0.235	1979	X-RAY DIFFRACTION	100
3.729-3.955	0.283	67	0.226	1906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.955-4.227	0.248	100	0.205	1760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.227-4.565	0.293	68	0.188	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.565-4.999	0.233	87	0.179	1516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.999-5.587	0.236	72	0.183	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
5.587-6.447	0.291	62	0.202	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
6.447-7.884	0.229	46	0.182	1070	X-RAY DIFFRACTION	100
7.884-11.104	0.194	62	0.162	825	X-RAY DIFFRACTION	100
11.104-85.9	0.296	36	0.264	505	X-RAY DIFFRACTION	99.4485

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関連情報:EMDBヘッダ

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