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万見
- PDB-9f84: Structure of Choline O-acetyltransferase in complex with 1-Methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f84
タイトルStructure of Choline O-acetyltransferase in complex with 1-Methyl-4-[2-(1-naphthyl)-2-(propylthio)ethyl]pyridinium at 1.9 Angstrom resolution
要素Choline O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ChAT / complex / inhibitor / reversible
機能・相同性
機能・相同性情報


choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / acetylcholine biosynthetic process / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / phosphatidylcholine biosynthetic process / neuromuscular synaptic transmission / neurotransmitter transport / Synthesis of PC / neuron projection / synapse ...choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / acetylcholine biosynthetic process / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / phosphatidylcholine biosynthetic process / neuromuscular synaptic transmission / neurotransmitter transport / Synthesis of PC / neuron projection / synapse / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Choline O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Forsgren, N. / Ekstrom, F.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Other government スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of choline O-acetyltransferase in complex with 1-Methyl-4-[2-(1-naphthyl)-2-(propylthio)ethyl]pyridinium at 1.9 Angstrom resultion.
著者: Forsgren, N. / Ekstrom, F.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4603
ポリマ－68,1131
非ポリマー3462
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.660, 76.766, 164.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Choline O-acetyltransferase / CHOACTase / ChAT / Choline acetylase


分子量: 68113.352 Da / 分子数: 1 / 変異: E225A,D226A,E227A,K518A,E519A,K582A,E583A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Engineered mutations: E225A, D226A, E227A, K518A, E519A, K582A, E583A Residues 346-358 from UniProt sequence replaced with PELVRSPMVP,Engineered mutations: E225A, D226A, E227A, K518A, E519A, ...詳細: Engineered mutations: E225A, D226A, E227A, K518A, E519A, K582A, E583A Residues 346-358 from UniProt sequence replaced with PELVRSPMVP,Engineered mutations: E225A, D226A, E227A, K518A, E519A, K582A, E583A Residues 346-358 from UniProt sequence replaced with PELVRSPMVP,Engineered mutations: E225A, D226A, E227A, K518A, E519A, K582A, E583A Residues 346-358 from UniProt sequence replaced with PELVRSPMVP,Engineered mutations: E225A, D226A, E227A, K518A, E519A, K582A, E583A Residues 346-358 from UniProt sequence replaced with PELVRSPMVP
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHAT / プラスミド: pJ301 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28329, choline O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-A1IAP / 1-methyl-4-[(2S)-2-naphthalen-1-yl-2-propylsulfanyl-ethyl]-4H-pyridine / CHITOTRIOSE


分子量: 323.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25NS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 10 %(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→82.16 Å / Num. obs: 55320 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 25.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 3496 / CC1/2: 0.719

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→34.78 Å / SU ML: 0.177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 1135 2.06 %
Rwork0.168 54095 -
obs0.1686 55230 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 0 24 434 4946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00924702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91036387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0603718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.90861738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.990.29621440.236626X-RAY DIFFRACTION99.25
1.99-2.090.20871370.18446669X-RAY DIFFRACTION99.44
2.09-2.220.20061350.16076660X-RAY DIFFRACTION99.52
2.22-2.390.19581550.15826691X-RAY DIFFRACTION99.69
2.39-2.630.21191300.16476736X-RAY DIFFRACTION99.77
2.63-3.020.2031450.17886771X-RAY DIFFRACTION99.94
3.02-3.80.21361400.16736845X-RAY DIFFRACTION99.97
3.8-34.780.16091490.15667097X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9199912759320.0889542404214-0.3090560205241.1522451696-0.1661077378781.788701289830.0300690928948-0.0345795638058-0.102907698561-0.1358387054780.001666095831750.03874688047720.1221980724640.116139071963-0.02034569471690.1196955911220.00171346122282-0.0349726706020.158287369662-0.0002748641769450.1767536691114.09344368957-5.4106980498367.9240187751
21.13546203486-0.1069043864040.07336500452511.228999920220.2326354272891.549679213980.02952751922090.271967053837-0.00421420341425-0.502035428109-0.01522978608930.107771239414-0.12741259433-0.0931865274138-0.02260281628690.3571328197410.0331718224155-0.04806956201940.2397693302690.01456546798310.1705932621242.671844437697.3942414245847.3878543462
30.7955640261350.1855831188080.3369990598130.7162118344880.01897621890370.5420625634030.0457603999735-0.0358442903136-0.04000181576160.0437282360789-0.0248513006712-0.029514101974-0.01385266590210.00451985743069-0.01767956059110.1603837270680.00731937345525-0.001025024435750.157164912498-0.002538712868080.1606851170112.71035907144.7907862955577.3258070976
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 8 through 152 )8 - 1521 - 142
22chain 'A' and (resid 153 through 398 )153 - 398143 - 370
33chain 'A' and (resid 399 through 606 )399 - 606371 - 578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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