PDB-9f83: SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant D63G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f83

タイトル

SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant D63G

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucleocapsid / N-terminal domain / Delta variant

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Dhamotharan, K. / Schlundt, A. / Guenther, S.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SCHL2062/2-1 and 2-2	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	161793742	ドイツ
Other government	Goethe-Corona-Funds
Other government	Johanna Quandt Young Academy at Goethe (stipend number 2019/AS01)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A core network in the SARS-CoV-2 nucleocapsid NTD mediates structural integrity and selective RNA-binding.
著者: Dhamotharan, K. / Korn, S.M. / Wacker, A. / Becker, M.A. / Gunther, S. / Schwalbe, H. / Schlundt, A.

履歴

登録	2024年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f83.cif.gz	207 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f83.ent.gz	162.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f83	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9evyC 9ewhC 9exbC 9ezbC 9f5jC 9f5lC 9f7aC 9f7cC 9fbgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

59.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.013, 55.665, 84.895
Angle α, β, γ (deg.)	90, 95.148, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	50 - 170	12 - 132
2	1	1	GLY	GLY	50 - 170	12 - 132
3	2	2	LEU	LEU	50 - 167	12 - 129
4	2	2	LEU	LEU	50 - 167	12 - 129
5	3	3	GLY	GLY	50 - 170	12 - 132
6	3	3	GLY	GLY	50 - 170	12 - 132
7	4	4	LEU	LEU	50 - 167	12 - 129
8	4	4	LEU	LEU	50 - 167	12 - 129
9	5	5	PHE	PHE	50 - 171	12 - 133
10	5	5	PHE	PHE	50 - 171	12 - 133
11	6	6	LEU	LEU	50 - 167	12 - 129
12	6	6	LEU	LEU	50 - 167	12 - 129

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 14836.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50mM HEPES pH 6.8 150mM Sodium Chloride 24% PEG 3350 2% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→84.55 Å / Num. obs: 59866 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-84.55	6	0.049	440	0.994	0.032	0.058
1.7-1.73	6.8	1.101	3151	0.736	0.688	1.303

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
BUSTER	2.10.4	精密化
Coot	0.9.8.8	モデル構築
BUCCANEER	3.5.2	モデル構築
Aimless	0.7.13	データスケーリング
pointless	1.12.15	データスケーリング
STARANISO	2.3.74	データスケーリング
autoPROC	1.17	データ削減
XDS	BUILT 20230630	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→50.479 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.754 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2802	2793	4.787 %
R_work	0.2291	55554	-
all	0.232	-	-
obs	-	58347	96.354 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.319 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.986 Å²	0 Å²	-0.312 Å²
2-	-	0.731 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3794	0	0	502	4296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.083	1.823	5307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.782	1.768	8336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.936	5	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.104	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.57	10	591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.513	10	178
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.121	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	34.72	3.721	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	34.72	3.72	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	27.5	6.578	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	27.495	6.578	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	42.49	4.286	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	42.511	4.283	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	38.383	7.304	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	38.377	7.306	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	34.447	36.498	4400
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	34.911	35.719	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.122	0.05	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.103	0.05	3552
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.138	0.05	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.115	0.05	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.127	0.05	3425

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08711	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08711	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12245	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12245	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10268	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10268	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13829	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13829	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11488	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11488	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12743	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12743	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.332	249	0.319	4150	0.32	4442	0.915	0.921	99.032	0.297
1.744-1.792	0.346	220	0.295	4068	0.298	4339	0.918	0.935	98.8246	0.272
1.792-1.844	0.311	194	0.283	3943	0.285	4247	0.923	0.94	97.4099	0.257
1.844-1.9	0.416	204	0.371	3671	0.374	4060	0.885	0.905	95.4434	0.353
1.9-1.963	0.608	151	0.574	2813	0.576	3969	0.682	0.716	74.6788	0.563
1.963-2.031	0.312	179	0.262	3693	0.264	3883	0.94	0.956	99.7167	0.241
2.031-2.108	0.304	182	0.215	3495	0.219	3691	0.941	0.97	99.6207	0.196
2.108-2.194	0.281	140	0.215	3412	0.218	3560	0.95	0.969	99.7753	0.198
2.194-2.291	0.457	140	0.42	2884	0.422	3450	0.805	0.829	87.6522	0.366
2.291-2.403	0.31	118	0.213	3138	0.216	3262	0.95	0.97	99.8161	0.195
2.403-2.533	0.284	139	0.196	3000	0.2	3147	0.958	0.978	99.7458	0.189
2.533-2.686	0.254	127	0.204	2820	0.206	2955	0.952	0.975	99.7293	0.198
2.686-2.871	0.295	149	0.202	2603	0.207	2765	0.948	0.975	99.5298	0.205
2.871-3.1	0.253	130	0.19	2477	0.194	2624	0.964	0.978	99.3521	0.197
3.1-3.394	0.265	112	0.211	2199	0.213	2384	0.961	0.975	96.9379	0.222
3.394-3.793	0.229	71	0.199	1882	0.2	2170	0.966	0.979	90	0.21
3.793-4.375	0.222	124	0.161	1802	0.165	1926	0.973	0.986	100	0.181
4.375-5.349	0.172	76	0.148	1572	0.15	1649	0.986	0.988	99.9394	0.176
5.349-7.522	0.213	43	0.158	1232	0.16	1275	0.971	0.986	100	0.185
7.522-50.479	0.197	45	0.194	700	0.194	755	0.977	0.973	98.6755	0.227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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