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- PDB-9f82: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage in complex with GVVRGA peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f82
タイトルArbitrium receptor from ATCC13952 phage in complex with GVVRGA peptide
要素
  • Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
  • GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Arbitrium receptor / AimR / AimP
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gallego del Sol, F. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN) スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
著者: Gallego del Sol, F. / Marina, A.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
B: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA
C: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
D: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA
E: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
F: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA
G: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
K: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,4428
ポリマ－183,4428
非ポリマー00
水43224
1
A: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
B: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8612
ポリマ－45,8612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
2
C: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
D: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8612
ポリマ－45,8612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
3
E: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
F: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8612
ポリマ－45,8612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
4
G: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
K: GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8612
ポリマ－45,8612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.343, 82.959, 146.86
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.88, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Arbitrium receptor from ATCC13952 phage


分子量: 45301.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: KS08_10720
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A7U4KS82
#2: タンパク質・ペプチド
GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA


分子量: 558.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 3000 0.1M CHES pH 9.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→146.84 Å / Num. obs: 29584 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Num. unique obs: 4750 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→146.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27694 1521 -RANDOM
Rwork0.22789 ---
obs0.23053 28034 99.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.59 Å20 Å2-0.59 Å2
2--4.11 Å2-0 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→146.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11464 0 0 24 11488
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.364 -
Rwork0.273 -
obs-99.77 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.35930.7505-1.28971.0781-0.49151.8433-0.1195-0.0621-0.0661-0.06210.0594-0.2798-0.0661-0.27980.06010.0801-0.0541-0.00450.1093-0.02410.041518.4468-9.362952.8712
25.4706-1.4635-1.27521.19650.55452.0444-0.02070.0727-0.03390.07270.030.2297-0.03390.2297-0.00940.0740.0052-0.00460.1027-0.01280.043432.4214-9.779190.6895
35.0752-0.66161.03021.2390.0222.01250.07080.0336-0.10170.0336-0.02880.3087-0.10170.3087-0.04210.18810.01020.02110.1388-0.00490.047433.70639.4056125.3383
45.21680.3771.04091.3444-0.18371.40150.3537-0.09930.1063-0.0993-0.166-0.26350.1063-0.2635-0.18770.33190.06520.05750.17670.0390.108817.53559.511717.9146
500000000000000-00.2377000.237700.2377000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 386
2X-RAY DIFFRACTION2C45 - 386
3X-RAY DIFFRACTION3E46 - 386
4X-RAY DIFFRACTION4G46 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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