PDB-9f7c: SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant S105I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7c

タイトル

SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant S105I

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucelocapsid / N-terminal domain

機能・相同性

機能・相同性情報

response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dhamotharan, K. / Schlundt, A.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SCHL2062/2-1 and 2-2	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	161793742	ドイツ
Other government	Goethe-Corona-Funds
Other government	Johanna Quandt Young Academy at Goethe (stipend number 2019/AS01)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A core network in the SARS-CoV-2 nucleocapsid NTD mediates structural integrity and selective RNA-binding.
著者: Dhamotharan, K. / Korn, S.M. / Wacker, A. / Becker, M.A. / Gunther, S. / Schwalbe, H. / Schlundt, A.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7c.cif.gz	137.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7c.ent.gz	91.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9evyC 9ewhC 9exbC 9ezbC 9f5jC 9f5lC 9f7aC 9f83C 9fbgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.616, 58.616, 111.588
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- ZN

#1: タンパク質	Nucleoprotein 分子量: 14920.671 Da / 分子数: 1 / 変異: S105I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 22% PEG 3350 200mM Zinc Acetate dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→41.45 Å / Num. obs: 13840 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 921 / CC_1/2: 0.938 / Χ²: 0.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
Coot	0.9.8.8	モデル構築
BUCCANEER	3.5.2	モデル構築
Aimless	0.7.13	データスケーリング
pointless	1.12.15	データスケーリング
STARANISO	2.3.74	データスケーリング
autoPROC	1.1.7	データ削減
XDS	BUILT 20230630	データ削減
CRANK2	2.0.339	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→41.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.288 / WR_factor R_work: 0.253 / SU B: 10.743 / SU ML: 0.15 / Average fsc free: 0.9104 / Average fsc overall: 0.9401 / Average fsc work: 0.9416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2733	685	4.978 %	RANDOM
R_work	0.2411	13075	-	-
all	0.243	-	-	-
obs	-	13760	99.761 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.817 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.817 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.633 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1046	0	2	52	1100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0	0.01	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.561	1.817	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	1.772	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.716	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.173	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.337	10	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.137	10	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.337	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.075	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.78	5.673	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.779	5.672	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.427	10.212	667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.423	10.207	668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.049	5.962	544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.047	5.969	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.983	10.803	802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.978	10.798	803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.054	68.248	4131
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.054	68.183	4109

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.382	41	0.365	914	0.365	978	0.872	0.862	97.6483	0.344
2.052-2.108	0.434	52	0.323	932	0.328	984	0.843	0.888	100	0.29
2.108-2.169	0.39	50	0.324	889	0.328	940	0.888	0.908	99.8936	0.303
2.169-2.235	0.293	40	0.278	872	0.278	912	0.946	0.934	100	0.25
2.235-2.308	0.27	47	0.301	831	0.299	881	0.956	0.928	99.6595	0.266
2.308-2.389	0.281	48	0.267	820	0.268	869	0.942	0.952	99.8849	0.236
2.389-2.479	0.351	36	0.282	796	0.285	834	0.923	0.949	99.7602	0.256
2.479-2.58	0.236	45	0.247	753	0.246	798	0.96	0.962	100	0.228
2.58-2.694	0.376	44	0.248	737	0.254	781	0.936	0.964	100	0.228
2.694-2.825	0.269	31	0.241	713	0.242	744	0.961	0.964	100	0.221
2.825-2.977	0.262	23	0.251	685	0.251	708	0.952	0.961	100	0.242
2.977-3.157	0.322	35	0.242	639	0.247	675	0.945	0.963	99.8519	0.243
3.157-3.373	0.281	39	0.266	603	0.267	642	0.958	0.957	100	0.268
3.373-3.642	0.231	38	0.249	559	0.248	597	0.964	0.965	100	0.252
3.642-3.986	0.332	27	0.233	532	0.238	559	0.935	0.969	100	0.242
3.986-4.451	0.19	26	0.195	482	0.194	508	0.98	0.976	100	0.221
4.451-5.13	0.271	20	0.186	430	0.189	450	0.958	0.976	100	0.214
5.13-6.259	0.248	18	0.225	380	0.226	398	0.968	0.968	100	0.28
6.259-8.753	0.239	12	0.257	310	0.257	322	0.947	0.953	100	0.302
8.753-41.45	0.28	13	0.281	196	0.281	210		0.946	99.5238	0.351

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.4779 Å / Origin y: 10.936 Å / Origin z: 17.8841 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0732 Å²	-0.0085 Å²	0.0393 Å²	-	0.0447 Å²	0.0253 Å²	-	-	0.0426 Å²
L	3.7488 °²	0.1273 °²	-0.8268 °²	-	5.8488 °²	1.8284 °²	-	-	5.363 °²
S	0.0026 Å °	-0.2411 Å °	-0.2079 Å °	-0.1629 Å °	-0.0345 Å °	-0.0818 Å °	0.2794 Å °	-0.2881 Å °	0.0319 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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