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- PDB-9f78: BAZ2A bromodomain in complex with acetylpyrrole derivative compou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f78
タイトルBAZ2A bromodomain in complex with acetylpyrrole derivative compound 28-TN23
要素Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
キーワードTRANSCRIPTION / Four helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / nuclear receptor binding / : / NoRC negatively regulates rRNA expression ...NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / nuclear receptor binding / : / NoRC negatively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif ...Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Caflisch, A. / Lolli, G.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchMFAG 2017 - ID. 19882 イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unusual backfolded binding poses of BAZ2A bromodomain binders
著者: Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / D'Agostino, V.G. / Caflisch, A. / Lolli, G.
履歴
登録2024年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4574
ポリマ－24,7102
非ポリマー7472
水4,612256
1
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7282
ポリマ－12,3551
非ポリマー3731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7282
ポリマ－12,3551
非ポリマー3731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.024, 54.360, 90.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / Transcription termination factor I-interacting protein 5 / TTF-I-interacting protein 5 / Tip5 / hWALp3


分子量: 12354.839 Da / 分子数: 2 / 変異: L1848S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Bromodomain (residues 1796-1899). First two residues SM derive from the expression tag. L1848S.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UIF9
#2: 化合物 ChemComp-A1H98 / 1-[4-ethyl-5-[4-[(5-ethyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)methyl]piperazin-1-yl]carbonyl-2-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]ethanone


分子量: 373.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.55 Å / Num. obs: 22981 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 127373
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Num. measured all: 6749 / Num. unique obs: 1148 / CC1/2: 0.924 / Rpim(I) all: 0.192 / Rrim(I) all: 0.484 / Χ2: 0.56 / Net I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→38.829 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1158 5.05 %
Rwork0.2088 --
obs0.211 22933 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 54 256 2002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8332507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3521116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.77740.32831220.26522619X-RAY DIFFRACTION94
1.7774-1.87110.30481520.26092625X-RAY DIFFRACTION94
1.8711-1.98830.30431500.24732664X-RAY DIFFRACTION96
1.9883-2.14180.29111480.22992702X-RAY DIFFRACTION96
2.1418-2.35730.28161500.21712766X-RAY DIFFRACTION98
2.3573-2.69840.27461430.2172799X-RAY DIFFRACTION98
2.6984-3.39940.22451480.20282786X-RAY DIFFRACTION97
3.3994-38.8290.21441450.18042814X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9496-0.6878-1.39123.20930.44555.5502-0.2193-0.3529-0.06780.0270.1360.29970.2959-0.54820.06890.1681-0.0335-0.0190.23630.00820.1671-9.8312-7.609724.9452
21.8247-0.3389-2.0112.42720.91857.0888-0.03170.00830.13340.0051-0.022-0.0738-0.1729-0.0040.00580.13110.0159-0.01920.16460.01670.1788-2.3981-3.057226.3783
33.75530.14911.27344.76930.02471.25720.06490.33650.2353-0.3368-0.17010.5411-0.3708-0.81620.13240.25190.0816-0.08210.37490.04290.2633-12.30780.506817.7092
45.2179-0.57-0.42861.7033-0.02544.16830.1745-0.1880.1859-0.0961-0.0801-0.10990.03350.4902-0.06250.17120.0132-0.02070.1667-0.01260.179910.0367-4.94644.1121
53.31530.5717-1.48152.1661-0.07045.62760.0906-0.13860.05050.01140.03370.0112-0.02070.0586-0.10130.08730.0046-0.01360.1317-0.0060.1572.7538-1.407544.1466
64.0151-1.30333.18614.61480.58864.26050.2964-0.40240.6083-0.1702-0.0881-0.9379-0.57111.2235-0.05750.2586-0.1410.07710.3415-0.11010.415614.10264.679748.2714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1797 through 1829 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1830 through 1872 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1873 through 1898 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1796 through 1829 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1830 through 1877 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1878 through 1898 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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