PDB-9f77: BAZ2A bromodomain in complex with acetylpyrrole derivative compou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f77

タイトル

BAZ2A bromodomain in complex with acetylpyrrole derivative compound 27-TND19

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

キーワード

TRANSCRIPTION / Four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

NoRC complex / rDNA heterochromatin / histone H4K16ac reader activity / rDNA heterochromatin formation / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / chromatin silencing complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / nuclear receptor binding / NoRC negatively regulates rRNA expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Caflisch, A. / Lolli, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unusual backfolded binding poses of BAZ2A bromodomain binders
著者: Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / D'Agostino, V.G. / Caflisch, A. / Lolli, G.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f77.cif.gz	154.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f77.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f77_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f77_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9f77_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	9f77_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f6wC 9f70C 9f71C 9f78C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

ヘテロ分子

38.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.683, 55.023, 141.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / Transcription termination factor I-interacting protein 5 / TTF-I-interacting protein 5 / Tip5 / hWALp3 分子量: 12492.001 Da / 分子数: 3 / 断片: Bromodomain (residues 1796-1899) / 変異: E1845H/L1848S / 由来タイプ: 組換発現詳細: Bromodomain (residues 1796-1899). First two residues SM derive from the expression tag. E1845H/L1848S 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UIF9
#2: 化合物	ChemComp-A1H99 / 4-ethanoyl-~{N}-[(1~{S},2~{R})-2-[4-(hydroxymethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]cyclohexyl]-3,5-dimethyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 359.423 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₅N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9997 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→70.58 Å / Num. obs: 63350 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 787267
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 1.593 / Num. measured all: 37744 / Num. unique obs: 3052 / CC_1/2: 0.692 / R_pim(I) all: 0.465 / R_rim(I) all: 1.661 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→36.523 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	3196	5.05 %
R_work	0.1797	-	-
obs	0.1807	63271	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→36.523 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2553	0	78	392	3023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	3869
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.32	1871
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	511

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.4412	0.3118	130	0.2841	2530	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4412-1.4637	0.2593	145	0.2595	2527	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4637-1.4877	0.2531	122	0.2292	2602	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4877-1.5134	0.2336	144	0.2229	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5134-1.5409	0.2119	131	0.2041	2525	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5409-1.5705	0.1914	142	0.1977	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5705-1.6026	0.2182	134	0.2004	2521	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6026-1.6374	0.2064	131	0.2066	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6374-1.6755	0.2332	169	0.1984	2538	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6755-1.7174	0.2402	143	0.198	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7174-1.7639	0.2167	162	0.2075	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8158	0.2489	151	0.1983	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8158-1.8744	0.2174	133	0.1939	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8744-1.9414	0.1889	136	0.1918	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9414-2.0191	0.2291	127	0.192	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.111	0.2053	140	0.1857	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.111-2.2222	0.2186	135	0.1793	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2222-2.3614	0.2118	114	0.1765	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3614-2.5437	0.2156	166	0.1849	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5437-2.7996	0.199	106	0.1847	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7996-3.2045	0.2161	129	0.1803	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2045-4.0366	0.1792	139	0.1514	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0366-36.523	0.1614	167	0.1627	2838	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2425	0.0976	-0.0302	0.0163	-0.034	0.0769	0.0216	0.0215	0.0051	0.0107	-0.0198	-0.0705	-0.0246	0.1514	0.0001	0.1746	0.0227	0.0326	0.1709	0.0036	0.1858	11.206	-9.3875	-23.3167
2	0.6109	-0.3261	0.2872	0.558	0.211	0.6174	0.0743	0.0696	0.0243	-0.0788	-0.0056	0.0961	-0.1032	-0.178	0	0.1533	0.0092	0.017	0.1435	-0.0019	0.1536	-1.4277	-5.5877	-19.0665
3	0.0015	-0.0038	-0.0064	0.009	0.0142	0.0223	-0.0317	-0.1127	0.2523	0.3091	0.125	-0.1304	0.1099	-0.0173	0.0005	0.2367	0.0116	-0.0236	0.2748	-0.0599	0.1937	2.9406	-3.5697	-0.5853
4	0.276	-0.0357	0.1751	0.1818	0.0598	0.1461	0.0283	-0.0698	0.0818	0.0179	-0.0105	-0.1948	-0.0525	0.3036	0.0002	0.118	-0.0201	0.0188	0.1547	-0.0166	0.1657	13.6831	-3.0235	-15.4735
5	0.1823	-0.0672	0.0964	0.2704	-0.1151	0.113	0.0686	-0.1747	-0.0889	0.0046	0.0143	-0.2914	-0.0236	0.1697	0.0019	0.1765	-0.0129	-0.0346	0.2226	-0.0056	0.1946	22.2157	18.3456	-25.5264
6	0.006	0.0056	0.004	0.0938	0.0288	0.0011	-0.2023	0.2195	0.4134	-0.034	-0.0281	-0.0433	-0.1992	-0.0388	0.0018	0.2072	-0.0014	-0.0089	0.223	0.0141	0.2195	11.0714	27.9857	-39.3879
7	0.3638	-0.0641	-0.1425	0.2728	-0.1296	0.1441	0.104	-0.1641	0.0864	0.0334	-0.0998	0.0131	-0.0136	-0.0787	0.0002	0.1834	-0.0272	0.0116	0.1923	-0.0446	0.1654	13.758	24.1416	-25.7795
8	0.2683	-0.0221	-0.031	0.4405	0.0224	0.0783	0.0894	-0.0465	-0.2128	0.0393	-0.0618	-0.0047	0.3107	-0.1559	-0	0.236	-0.0219	-0.0209	0.1596	-0.0027	0.184	14.4357	11.9116	-29.6635
9	0.1043	-0.0965	-0.1737	0.5019	0.0645	0.361	-0.0053	0.2185	-0.1043	-0.2843	-0.0649	0.0773	-0.1549	-0.0578	0.0066	0.2147	0.032	-0.0596	0.2199	-0.065	0.221	-1.0934	26.8688	-10.3578
10	0.3722	0.1718	-0.2386	0.5788	0.1996	0.2759	-0.0672	-0.0035	-0.1583	-0.0346	-0.0414	-0.0956	0.0661	-0.026	-0	0.1766	0.0048	0.0012	0.1621	-0.039	0.1728	4.4532	20.4151	-7.3849
11	0.5883	0.2475	-0.3977	0.7444	-0.5973	0.571	0.111	-0.25	0.2065	0.2303	-0.4305	0.5395	-0.0761	-0.4101	-0.8251	0.0758	-0.006	0.0288	0.261	-0.1377	0.2535	-7.0119	25.0707	-1.0837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1794 through 1818 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1819 through 1872 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1873 through 1877 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1878 through 1899 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1798 through 1818 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1819 through 1839 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1840 through 1872 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1873 through 1898 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1797 through 1829 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1830 through 1872 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1873 through 1898 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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