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- PDB-9f6c: Cardiac myosin motor domain in the pre-powerstroke state co-cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f6c
タイトルCardiac myosin motor domain in the pre-powerstroke state co-crystallized with the inhibitor aficamten
要素Myosin-7
キーワードMOTOR PROTEIN / cardiac myosin / modulator / cardiomyopathy / force production
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin filament / adult heart development / muscle filament sliding / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding ...myosin filament / adult heart development / muscle filament sliding / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Robert-Paganin, J. / Hartman, J.J. / Morgan, B.P. / Malik, F.I. / Houdusse, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Cardiovasc Res / 年: 2024
タイトル: Aficamten is a small-molecule cardiac myosin inhibitor designed to treat hypertrophic cardiomyopathy.
著者: Hartman, J.J. / Hwee, D.T. / Robert-Paganin, J. / Chuang, C. / Chin, E.R. / Edell, S. / Lee, K.H. / Madhvani, R. / Paliwal, P. / Pernier, J. / Sarkar, S.S. / Schaletzky, J. / Schauer, K. / ...著者: Hartman, J.J. / Hwee, D.T. / Robert-Paganin, J. / Chuang, C. / Chin, E.R. / Edell, S. / Lee, K.H. / Madhvani, R. / Paliwal, P. / Pernier, J. / Sarkar, S.S. / Schaletzky, J. / Schauer, K. / Taheri, K.D. / Wang, J. / Wehri, E. / Wu, Y. / Houdusse, A. / Morgan, B.P. / Malik, F.I.
履歴
登録2024年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-7
B: Myosin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,53411
ポリマ－178,6302
非ポリマー1,9049
水5,945330
1
A: Myosin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3156
ポリマ－89,3151
非ポリマー1,0005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myosin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2195
ポリマ－89,3151
非ポリマー9044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.424, 128.326, 103.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Myosin-7 / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac ...Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta


分子量: 89315.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MYH7 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q9BE39

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非ポリマー , 6種, 339分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-6I6 / aficamten / ~{N}-[(1~{R})-5-(5-ethyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-1-methyl-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 337.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 23% PEG3350; 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→103.496 Å / Num. obs: 51951 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.33→2.59 Å / Num. unique obs: 2599 / CC1/2: 0.608

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.795 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2562 4.93 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 51942 67.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 198.01 Å2 / Biso mean: 74.86 Å2 / Biso min: 28.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0892 Å20 Å2-3.8411 Å2
2---4.8846 Å20 Å2
3---5.9738 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11465 0 121 330 11916
Biso mean--57.06 63.56 -
残基数----1423
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4237SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes322HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1746HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11860HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1521SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13446SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11860HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16011HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.85
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 8 6.3 %
Rwork0.21 119 -
all0.214 127 -
obs--2.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88160.503-0.49751.4894-0.96161.342-0.0314-0.02470.03150.0130.04790.04280.11820.1242-0.0165-0.1755-0.0112-0.0701-0.1959-0.0435-0.062111.22968.346143.5798
21.1976-0.97830.94913.0527-2.0762.6345-0.0653-0.0331-0.0055-0.1749-0.1088-0.1362-0.00640.21470.1741-0.292-0.0354-0.0325-0.2992-0.0285-0.172478.4311-12.32127.944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A33 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B33 - 781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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