PDB-9f69: Crystal structure of human triose phosphate isomerase with methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f69

タイトル

Crystal structure of human triose phosphate isomerase with methyl malonic acid ligand

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Metabolic regulation / glycolysis / modular inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / Gluconeogenesis / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / Glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Jonatansdottir, Y.Y. / Hjorleifsson, G.J.

資金援助

Iceland, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Human glycolysis isomerases are inhibited by weak metabolite modulators.
著者: Jonatansdottir, Y.Y. / Rolfsson, O. / Hjorleifsson, J.G.

履歴

登録	2024年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f69.cif.gz	192.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f69.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f69_validation.pdf.gz	828.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f69_full_validation.pdf.gz	828.2 KB	表示
XML形式データ	9f69_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	9f69_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/9f69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/9f69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fcwC 9ffcC 9fhfC 9fkcC 9fkfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Run against protein standards, homology
53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.466, 48.466, 341.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH
2	1	A-597- HOH
3	1	A-641- HOH

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM / Methylglyoxal synthase / Triose-phosphate isomerase 分子量: 26314.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPI1, TPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 参照: UniProt: P60174, triose-phosphate isomerase, methylglyoxal synthase
#2: 化合物	ChemComp-DXX / METHYLMALONIC ACID / メチルマロン酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl. Reservoir: 0.14 M KBr, 24% PEG 2000 MME. Hanging drop: 1.5:1.5:1.0 ul - Reservoir-Protein (8 mg/ml)-Seed stock. Cryoprotectant = 20% glycerol; ...詳細: Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl. Reservoir: 0.14 M KBr, 24% PEG 2000 MME. Hanging drop: 1.5:1.5:1.0 ul - Reservoir-Protein (8 mg/ml)-Seed stock. Cryoprotectant = 20% glycerol; Ligand soaking performed for 5-6 min in a mixture containing 24 mM methylmalonate (pH adjusted to 7.4), mother liquor, and cryo-protectant Ligand soaking and cryoprotectant were performed simultaneously Temp details: Room temp

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl. Reservoir: 0.14 M KBr, 24% PEG 2000 MME. Hanging drop: 1.5:1.5:1.0 ul - Reservoir-Protein (8 mg/ml)-Seed stock. Cryoprotectant = 20% glycerol; ...
Temp details: Room temp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→31.83 Å / Num. obs: 82312 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 34.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.39 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1163 / R_pim(I) all: 0.01965 / Net I/σ(I): 23.55
反射シェル	解像度: 1.17→1.212 Å / 冗長度: 20.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 8037 / CC_1/2: 0.437 / CC star: 0.78 / R_pim(I) all: 0.6615 / % possible all: 99.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.17→31.83 Å / SU ML: 0.1152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1837	4096	4.98 %
R_work	0.1465	78135	-
obs	0.1484	82231	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→31.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1850	0	9	302	2161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	1899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	2574
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0756	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0106	335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.7625	261

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.17-1.18	0.3071	149	0.2835	2600	X-RAY DIFFRACTION	98.14
1.18-1.2	0.3077	144	0.2761	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.2-1.21	0.2748	142	0.2604	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.21-1.23	0.2686	145	0.2416	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.23-1.25	0.3148	137	0.226	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.25-1.26	0.2257	140	0.2118	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.26-1.28	0.2587	122	0.2126	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.28-1.3	0.2491	137	0.2026	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.3-1.32	0.2752	139	0.2003	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.2557	144	0.1979	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.35-1.37	0.2452	146	0.1844	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.37-1.4	0.2819	136	0.1744	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.4-1.43	0.2118	163	0.1625	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.2025	129	0.1409	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.46-1.49	0.1942	137	0.139	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.53	0.1737	146	0.1374	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.53-1.57	0.2046	168	0.13	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.57-1.62	0.1897	124	0.1229	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.62-1.67	0.146	149	0.1112	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.67-1.73	0.1763	120	0.1155	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.73-1.8	0.1955	143	0.1166	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.8-1.88	0.1602	132	0.119	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.88-1.98	0.1592	128	0.1202	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.98-2.1	0.1429	119	0.1174	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.1-2.26	0.1444	141	0.119	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.49	0.1492	142	0.1334	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.49-2.85	0.1798	132	0.1377	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.85-3.59	0.1602	166	0.1359	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-31.83	0.189	176	0.1609	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.88

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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