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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f5s | ||||||||||||
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タイトル | EVA71 E096A native particle | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / native provirion intermediate | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Enterovirus A71 (エンテロウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kingston, N.J. / Stonehouse, N.J. / Rowlands, D.J. / Hogle, J.M. / Filman, D.J. / Snowden, J.S.S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024 タイトル: Mechanism of enterovirus VP0 maturation cleavage based on the structure of a stabilised assembly intermediate. 著者: Natalie J Kingston / Joseph S Snowden / Keith Grehan / Philippa K Hall / Eero V Hietanen / Tim C Passchier / Stephen J Polyak / David J Filman / James M Hogle / David J Rowlands / Nicola J Stonehouse / 要旨: Molecular details of genome packaging are little understood for the majority of viruses. In enteroviruses (EVs), cleavage of the structural protein VP0 into VP4 and VP2 is initiated by the ...Molecular details of genome packaging are little understood for the majority of viruses. In enteroviruses (EVs), cleavage of the structural protein VP0 into VP4 and VP2 is initiated by the incorporation of RNA into the assembling virion and is essential for infectivity. We have applied a combination of bioinformatic, molecular and structural approaches to generate the first high-resolution structure of an intermediate in the assembly pathway, termed a provirion, which contains RNA and intact VP0. We have demonstrated an essential role of VP0 E096 in VP0 cleavage independent of RNA encapsidation and generated a new model of capsid maturation, supported by bioinformatic analysis. This provides a molecular basis for RNA-dependence, where RNA induces conformational changes required for VP0 maturation, but that RNA packaging itself is not sufficient to induce maturation. These data have implications for understanding production of infectious virions and potential relevance for future vaccine and antiviral drug design. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9f5s.cif.gz | 163.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9f5s.ent.gz | 125.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9f5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9f5s_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9f5s_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9f5s_validation.xml.gz | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9f5s_validation.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50200MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35195.230 Da / 分子数: 1 / 変異: E096A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D4QGA2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26540.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D4QGA3 |
#3: タンパク質 | 分子量: 32781.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: A0A2L1GIK5, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#4: 化合物 | ChemComp-SPH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Enterovirus A71 / タイプ: VIRUS 詳細: Mutant virus recovered from in vitro transcribed RNA Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HeLa |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 31 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2739 / 対称性のタイプ: POINT |