PDB-9f5j: SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Q58I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f5j

タイトル

SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Q58I

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucelocapsid / N-terminal domain

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Dhamotharan, K. / Schlundt, A.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SCHL2062/2-1 and 2-2	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	161793742	ドイツ
Other government	Goethe-Corona-Funds
Other government	Johanna Quandt Young Academy at Goethe (stipend number 2019/AS01)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A core network in the SARS-CoV-2 nucleocapsid NTD mediates structural integrity and selective RNA-binding.
著者: Dhamotharan, K. / Korn, S.M. / Wacker, A. / Becker, M.A. / Gunther, S. / Schwalbe, H. / Schlundt, A.

履歴

登録	2024年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f5j.cif.gz	234.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f5j.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f5j_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f5j_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9f5j_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	9f5j_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9evyC 9ewhC 9exbC 9ezbC 9f5lC 9f7aC 9f7cC 9f83C 9fbgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.78, 49.715, 114.248
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 14912.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200mM Ammonium sulfate 10mM Cadmium chloride 25% PEG Smear Medium 100mM HEPES pH 7.5 30mM Manganese chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.8929 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.8929 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→114.25 Å / Num. obs: 14476 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 43.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.06 / Net I/av σ(I): 25 / Net I/σ(I): 25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
9.07-114.25	34.2	0.06	48.9	263	0.999	0.012	0.061	0.79
2.2-2.27	33.7	0.611	6.4	1257	0.987	0.148	0.629	1.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
BUSTER	2.10.4	精密化
PDB-REDO	8.12	精密化
Coot	0.9.8.8	モデル構築
BUCCANEER	3.5.2	モデル構築
CRANK2	2.0.339	位相決定
Aimless	0.7.13	データスケーリング
pointless	1.12.15	データスケーリング
STARANISO	2.3.74	データスケーリング
autoPROC	1.1.7	データ削減
XDS	BUILT 20230630	データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→57.124 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 9.209 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2423	718	4.982 %
R_work	0.2024	13693	-
all	0.204	-	-
obs	-	14411	99.868 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.466 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.053 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.428 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→57.124 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1896	0	4	138	2038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.001	0.01	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.804	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.686	1.763	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.53	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.758	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.567	10	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.257	10	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.596	3.569	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.596	3.57	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.812	6.396	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.814	6.4	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.392	3.97	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.383	3.962	983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.161	7.096	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.159	7.1	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.036	44.325	7606
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.015	44.058	7540

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.221	54	0.229	997	0.229	1055	0.958	0.966	99.6209	0.214
2.257-2.319	0.315	44	0.215	955	0.219	1005	0.953	0.972	99.403	0.197
2.319-2.386	0.268	43	0.217	970	0.219	1015	0.951	0.971	99.803	0.203
2.386-2.459	0.292	57	0.203	889	0.208	948	0.949	0.974	99.789	0.188
2.459-2.54	0.252	49	0.217	886	0.219	936	0.962	0.971	99.8932	0.202
2.54-2.629	0.274	44	0.208	857	0.211	901	0.954	0.977	100	0.197
2.629-2.728	0.215	46	0.185	810	0.187	859	0.97	0.979	99.6508	0.18
2.728-2.839	0.224	39	0.207	824	0.208	863	0.967	0.973	100	0.198
2.839-2.965	0.223	33	0.205	778	0.205	811	0.963	0.974	100	0.198
2.965-3.109	0.19	34	0.208	757	0.207	791	0.972	0.973	100	0.203
3.109-3.277	0.275	40	0.212	689	0.215	730	0.946	0.972	99.863	0.209
3.277-3.475	0.294	47	0.219	659	0.224	706	0.963	0.972	100	0.22
3.475-3.714	0.258	34	0.215	633	0.217	667	0.967	0.973	100	0.216
3.714-4.01	0.314	25	0.193	601	0.197	626	0.948	0.978	100	0.198
4.01-4.39	0.235	26	0.169	546	0.172	572	0.974	0.98	100	0.176
4.39-4.905	0.213	26	0.173	509	0.175	535	0.977	0.98	100	0.185
4.905-5.657	0.206	33	0.18	436	0.182	469	0.971	0.98	100	0.189
5.657-6.911	0.182	20	0.206	394	0.204	414	0.982	0.975	100	0.213
6.911-9.703	0.316	14	0.198	311	0.202	325	0.945	0.971	100	0.208
9.703-57.124	0.173	10	0.29	192	0.283	202	0.978	0.93	100	0.297

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6546	0.2303	-0.6234	2.7456	-0.2006	2.2101	0.0344	-0.2045	0.1715	0.1974	-0.0825	0.0104	0.0181	-0.1115	0.0482	0.0163	-0.0104	0.0043	0.0302	-0.0202	0.0153	37.1706	7.6783	92.2073
2	1.8257	0.4133	-0.2656	2.6499	0.0972	4.0236	-0.0388	0.1273	0.0299	-0.1573	0.0747	0.2302	-0.1581	-0.1071	-0.0359	0.0656	0.0006	-0.0117	0.0427	-0.0095	0.0429	32.0804	2.7934	65.0852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	48 - 177
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	48 - 174

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)